红丸案与移宫案
万历四十八年（1620年）七月，万历驾崩，享年57岁。
在皇帝死后，朱常洛随即发布一系列诏令，从内库中发银补充军饷，召回矿监税使，补充缺位官僚。在万历临死前，他给儿子朱常洛交代了一件事情，那就是将来立郑贵妃为皇太后。朱常洛本是个性宽厚之人，对于父皇的这个要求他自然答应。因为此时皇帝的王皇后和自己的母亲王贵妃已经逝世。但此举与儒家礼法不符，因为郑贵妃并非万历的正室，而且她也不是朱常洛的生母。所以，这自然又遭到文官的反对。
在梃击一案中，因为太子朱常洛的出色表现，维护了万历和郑贵妃的声誉。同时，郑贵妃也明白了朱常洛的地位已经是不可动摇。她改变了策略，开始讨好朱常洛。加上此时太子妃郭氏已经故去，所以朱常洛身边是缺乏女性的。郑贵妃开始陆续送了一些女人给朱常洛，其中朱常洛后来所宠爱的妃子李选侍就是这个时候送来的。
皇宫中的皇子们由于食物过于精细，以及长期的缺乏锻炼，所以体质大多不好，而朱常洛又是在担惊受怕的环境下长大，身体比较弱。万历四十三年（1615年），通过东林党人运作梃击案，才使朱常洛的地位得到改观，他终于可以轻松了。按照一般的历史观点，在这5年当中，他的房事过于频繁，对于身体损耗过大。万历驾崩后，他又连续处理了20天公务，所以从万历四十八年（1620年）八月一日登基起，到八月十日他便病倒了。
八月十四日，朱常洛服用了管御药房太监崔文升的药，当天夜里腹泻不止，第二日病情更为加重。这个时候，朱常洛已经意识到自己快不行了，便于当月二十九日召见群臣商量后事。在此之前，有鸿胪寺官员李可灼献上红丸一枚。但鉴于崔文升用药不当导致病情加重，所以，首辅方从哲便禁止皇帝用此药。
皇帝听说有此事后便让李可灼进药，死马当活马医。由于此种红丸包含有金属成分，人食用后会感到兴奋。二十九日皇帝服用了一粒，感到效果较好，到了夜晚又服用了两颗。第二天，也就是九月一日凌晨，皇帝去世。
那么，新皇帝的死因究竟是什么？朱常洛由于长期的心理负担，大约一直有慢性病。在万历死后，他由于操劳过度，导致疾病复发。再加上崔文升用错了方子，所以，到了此刻，朱常洛已经走到了生命的尽头。至于服用红丸，不过是加速了他的死亡而已。事后，东林一系的人借此大做文章。他们攻击郑贵妃，说是贵妃郑氏指使崔文升和李可灼用药害死了朱常洛。实际上，郑贵妃没有害朱常洛的理由。朱常洛对郑氏还算尊重。万历死后，郑氏就想争个皇太后，但是，如果朱常洛死去，郑氏成为皇太后的可能性就终结了，垂帘听政更不可能。在已经成熟的文官政治体系下，君主政治和女人政治在帝国早已结束。
除了攻击郑氏，东林党更将矛头对准具有浙党色彩的首辅方从哲。由于万历皇帝坚决不用东林党的人，所以，东林党企图利用红丸案进行全面翻盘。如此一来，红丸一案就具备了浓厚的党争色彩。
东林党对方从哲的非难，是因为方从哲按照光宗朱常洛遗诏对崔文升、李可灼进行了褒奖。从此也可以看出，朱常洛对自己的病情是知晓的，绝非药物能够改观。方从哲对崔、李二人的褒奖似乎做实了某种口实。面对东林党要求处死两个人的要求，方从哲又将崔文升票拟为司礼监处理，将李可灼票拟为罚俸一年，后又改票为驱逐回乡。
东林党对方从哲的攻击就由此而来。在方从哲抵挡住的情况下，他们又把矛头对准了乾清宫的那个女人。李选侍是泰昌的宠妃。万历死后，郑氏想运作皇太后，她则想运作皇后。现在泰昌一死，郑氏则想运作太皇太后，李氏则想运作皇太后。如若想达到这个目的，只有将朱由校控制在手里。此时，郑氏居住在慈庆宫，李氏则将15岁的朱由校弄到了乾清宫。
司礼监掌印太监王安赶紧跟众大臣商议，说李氏与郑氏密谋控制朱由校以此来垂帘听政。众大臣听说了，立即商议以进宫祭奠光宗的名义，将朱由校领出来。主意一定，首辅方从哲率吏部尚书周嘉谟、礼部尚书刘一璟、御史左光斗、兵科给事中杨涟等人连忙进宫。他们来到乾清宫外时，有内侍挡驾。杨涟一顿猛喝，没等到宦官回过神来，众人推开挡驾之人，径直走进乾清宫。
众人对着光宗的灵柩哭灵完毕，发现朱由校并没有在灵前守灵，便望向王安。众人见王安向暖阁会意，众人便一起走到暖阁前跪下要求见朱由校。李选侍哪里见过这般场景，顿时不知所措。事实表明，无论是郑贵妃，还是李选侍，想跟文官斗法，完全是天方夜谭。
这时候，王安入内对李选侍说，让朱由校跟文官们见个面就领进来。说完，王安便将朱由校牵了出去。众人见朱由校出来了，不由分说地将朱由校拥到了外面的轿子里。周嘉谟、刘一璟、杨涟、张维贤亲自抬轿，将朱由校抬到了应该属于太子居住的慈庆宫。
要说朱由校还是向着郑贵妃和李选侍。众人让朱由校即日登基，朱由校不允，只说九月初六日登基。接下来，众人联名上疏要求李选侍移出乾清宫，搬到仁寿宫去居住。理由是李选侍既不是光宗皇帝的正室，也不是朱由校的生母。李选侍当然不愿意搬，一直僵持到五日，因为第二天就是朱由校登基之日。左光斗上疏将李选侍比作武则天。李选侍听说左光斗将其比作武氏，顿时大怒。李氏派宦官去质问左光斗。面对内侍的质问，左光斗毫无惧色，反而当着内侍的面将李选侍臭骂一顿。面对群臣的滔滔凶势，以及司礼监掌印太监王安的恐吓，这个无知而又可怜的女人只得乖乖地抱着她的女儿皇八妹移居仁寿宫。由此我们可以看出，封建王朝，除了皇后外，其他妃子的地位是如何的微不足道。
万历四十八年（1620年）九月六日，朱由校即位，宣布本年余下时间改元泰昌，明年改元天启。
从万历皇帝死，到天启登基，短短40多天的时间里发生了两件大事。这实际上是国本之争的延续，是国本之争的余震。这是文官们内心深处的担心折射到现实的反映，他们所维护的仍然是儒家的伦理规范。天启的继位并不标志着事情的完结。在几年后，魏忠贤为了打击东林党，编了《三朝要典》，将梃击、红丸、移宫三个事件称为三大案，并对三大案重新定性，借此打击东林党。晚明三大案由此而来。
天启皇帝朱由校
天启皇帝跟其他大多数明代中后期的皇帝一样，都是生于深宫，长于深宫。他同时也跟他的父皇朱常洛一样，自幼承受着极其沉重的心理负担。朱常洛有什么样的感触，这位皇太孙也有着什么样的感受。他跟他的父亲一样，也是迟迟得不到册立，迟迟得不到出阁豫教。
但跟朱常洛不同的是，朱由校在这种沉闷的空气中并没有消沉下来。他依然有着孩童般的天真。他喜欢四处戏耍，甚至爬到树上去掏鸟窝。万历四十三年（1615年）梃击案发生后，万历在紫禁城召见群臣。即便是在这样庄严肃穆的环境下，朱由校居然也东张西望，后来被万历一声厉责。
朱由校是一个十分聪明的孩子，这种聪慧程度超过了他的父亲和祖父。天启元年（1621年），内阁首辅叶向高上疏说：“我皇上聪明天纵，朝讲时临，真可谓勤政好学之主矣。尝见皇上发拟本章，每多传谕，以此仰窥圣心留神庶政。臣等欲一一言之，则不胜其烦，欲默而不言，则又失辅弼之职。皇上尤于燕闲游豫之时，览观经史，深戒怠荒，此宗社苍生之大幸也。”
叶向高认为天启聪颖好学，早上的经筵时常出席，皇帝对政事的处理也很频繁。但叶向高也同时劝诫天启在闲暇的时候也要多读书。
叶向高的上疏实际上对天启的聪颖、好学表示了赞同，另一方面，也透露了一个信息，那就是天启平日里贪玩。天启在回疏中是这样说的：“朕在宫中，每日披阅文书，览诵经史及祖宗训录，兼时事忧劳，何有多暇？卿为辅弼元老，正赖责难陈善，匡朕不逮。览奏具悉忠悃。”
天启表示，他在宫中多批阅奏章，诵读经史，十分操劳，并没有多余的时间。叶向高作为元辅，就应该匡正朕的得失。
杜车别在《对天启皇帝评价》一文中写道，天启在军事、边事上自有一套理论，在某些方面甚至超过了统兵的边帅。天启六年（1626年），宁远兵备佥事袁崇焕上疏说，在关外依靠修城屯田就可以让后金投降。天启接到奏疏后批示道：
“作何给授，使军民不相妨？作何分拨，使农战不偏废？作何演练，使农隙皆兵？作何更番，使营伍皆农？作何疆理，足以限戎马？作何收保，不致资盗粮？一切事宜，该抚悉心区处具奏。这本内说，奴子不降，必定成擒，诸臣诸不乐闻。以朕计之，奴未必降，降不足信也；战必能胜，胜无轻谈也。蹈实而做，需时而动。正也，奇在其中矣。该抚饶为之，亦善为之。”
天启的意思就是告诫袁崇焕老老实实地做好实事，少搞一些大言不惭的把戏。此时天启只有21岁。处于深宫之中的他，其头脑冷静和务实态度已经在袁崇焕之上。
天启四年（1624年），皮岛总兵毛文龙的一份塘报说，女真人有跟蒙古人勾结，从喜峰口入关的可能性。天启接到塘报后批示道：
“上谕内阁，朕览登莱巡抚塘报，准平辽总兵官毛文龙揭前事。为屡获活夷，斩首级，得获鞑马夷器等件。虽功微小，实挫贼锋。其复辽之基，端在斯乎。朕心岂不嘉悦。外呈称奴酋与亲信奸人李茂隆等，昼夜商议，欲以贿买西虏，更换旗帜，借路潘家口等处，进攻谋逆。朕思奴酋所谋，其志不小，更甚于昔也，倘以假道长驱，为害非浅，是以朕不无东顾之忧。卿等传示兵部，作速马上差人前去传与枢辅，总督镇巡，当详计塘报，作何料理？作何策应？筹度周全，务保无虞。其沿途各路，并东征将士，俱要仔细防御，谨慎备尝。及各隘口守把将官，都要昼夜不时防守。还仔细盘诘进贡出入夷人，其中恐有奸细夹带情形。仍传户工二部，并专督辽饷等官，详确毛帅，如果缺粮乏器真情，并拨船及应用器械，一并速发解去军前应用，不得迟滞，有误军机，责有所归。特谕。”
然而天启的老师孙承宗却看不出这份塘报里面的厉害性，对潜伏的危险无法预计。孙承宗说道：
“奴狡而计稳，必不出此。又恐关城谓虏由他道，便可缓防，以为声东击西之计。”
事实证明，崇祯二年（1629年），皇太极的确率军从喜峰口入关。由此可以看出，天启在一些问题上的看法比孙承宗更加成熟。这大概是由于两个人不同的人生经历所导致。天启是在险恶的环境中生活和成长，他需要始终保持警惕性，提防他人陷害自己。而出身缙绅的孙承宗走的是进士、翰林院这条线，并无实际政务经验。所以，两个人对待同一问题得出不同的结论也就不奇怪了。天启年间，辽东局势稳定下来了，正是皇帝冷静的头脑所起的作用。
天启不仅能对一些事情做出独立判断，而且对于边事还十分关心。他为了获取真实的边报，便时常让东厂的人前去刺探。《明熹宗实录》对于朱由校发内帑给边军的记载也是比比皆是。而且，为了解决早已存在的财政支付问题，天启除了保持万历朝征收商业税的政策不变之外，还对农田的买卖征税，这一方面扩大了财源，另一方面还抑制了土地兼并。从这一点可以看出，这个小皇帝在制定政策方面的针对性。
天启除了对军事、国事关心之外，对身边的人也很好。他将自己的奶娘封为“奉圣夫人”。为了避免自己的老师孙承宗受党争所害，他对孙承宗也严加保护。除此之外，他对皇后张氏和信王朱由检也是维护的。由于张皇后和朱由检不喜欢魏忠贤和客氏，多次在朱由校面前说魏忠贤和客氏的坏话，所以，客氏和魏忠贤一直想找皇后和朱由检的麻烦。但是，由于天启的维护，无论客、魏二人掀起多么大的风浪，两个人都能如堤坝一般屹立不倒，从而使客氏、魏忠贤知难而退。
《明季北略》中记载了这么一件事情：
“顺天府丞刘志选，劾后父张国纪，上下旨切责。后贤明，客氏忌之。上幸后宫，顾几上书一卷，问何书？后曰：赵高传也。上默然。忠贤怒，次日伏甲士于便殿，上搜得之，送厂卫。忠贤诬后父谋立信王，欲兴大狱。王体乾曰：‘上凡事愦愦，独于兄弟夫妇间不薄，脱有变，吾辈无类矣。’忠贤惧，乃杀甲士以灭口。”
原来皇后张氏曾将客氏叫到宫里训斥一顿，并多次让皇帝处理魏、客两个人。但皇帝对客氏有感情，加上皇帝需要用魏忠贤制衡文官，所以，天启对张皇后说的这件事一直置之不理。眼见皇帝维护了自己，魏忠贤便散布流言，说皇后是强盗孙二的女儿，而不是张国纪的女儿。接着，魏忠贤便指使顺天府丞刘志选弹劾张国纪。哪知天启根本不去管这些乌七八糟的事情，直接降职斥责刘志选。
这件事情过去没多久，皇帝来到皇后的宫中，发觉桌案上有本书，上书《赵高传》。皇帝知道皇后要表达什么，他没说什么便离开了。不久，皇帝在殿上发现有几个带着兵器的人。皇帝便让人将这几个人带到东厂审讯。东厂审出来的结果是这几个人受张国纪指使，要杀掉皇帝，然后立信王为帝。这件事情自然很搞笑，张国纪放着好好的国丈不当，要帮助一个跟自己关系更远的信王。这很难让人信服。
司礼监秉笔太监王体乾对魏忠贤说道：“这件事情你搞得有些离谱了。虽然皇帝平日里对你不闻不问，但并不代表你什么事情都可以做，当心灭你九族。”
王体乾的话使魏忠贤如梦方醒。他终于找准了自己的位置，然后将他指使的那几个人杀了灭口。
除了这些特点外，这位年轻的皇帝还有心灵手巧的特点。明太监刘若愚在《酌中志》中写道：
“先帝好驰马，好看武戏，又极好作水戏，用大木桶、大铜缸之类，凿孔削机启闭灌输，或涌泻如喷珠，或澌流如瀑布，或使伏机于下，借水力冲拥圆木球，如核桃大者，于水涌之大小般旋宛转，随高随下，久而不坠，视为戏笑，皆出人意表。”
“圣性又好盖房，凡自操斧锯凿削，即巧工不能及也。又好油漆匠，凡手使器具皆御用监、内官监办用。先帝与亲昵近臣如涂文辅、葛九思、杜永明、王秉恭、胡明佐、齐良臣、李本忠、张应诏、高永寿等，朝夕营造，成而喜，喜不久而弃，弃而又成，不厌倦也。且不爱成器，不惜天物，任暴殄改毁，惟快圣意片时之适。当其斤斫刀削，解服磐礴，非素昵近者不得窥视，或有紧切本章，体乾等奏文书，一边经管鄙事，一边倾耳注听。奏请毕，玉音即曰：‘尔们用心行去，我知道了。’”
从上面这些叙述中我们可以对天启有一个大致的了解。他聪颖、好学，对手工业有着异乎寻常的兴趣；他对军事、边防尤其关心，而且会有自己的独立判断；他头脑冷静，不人云亦云；他是一个有情有义的人，在某些方面，不像万历那样薄情寡义。更令人钦佩的是，他有着独特的治国手段。当他发觉文官难以驾驭的时候，便启用魏忠贤这个强权人物加以制约。但我们也明显看出，这个皇帝跟嘉靖一样喜欢隐藏在幕后指挥一切。很多时候，他更喜欢不闻不问，充当一个重大纠纷最后仲裁的角色。他的内心阴暗、狠毒，幼年的成长经历培养了他能够洞悉一切的能力，或许帝国发生的一切事情都不能在这个孩子心中激起任何波澜。
当朱由校继位后，他并不像他的父亲那样对这些帮助过自己的文官产生一丝一毫的感激。他很快就发现了文官们的特点，而司礼监掌印王安却又跟外廷一体。在这种情况下，他的当务之急是除掉王安。
天启元年（1621年），朱由校念王安有拥戴之功，便将王安由司礼监秉笔升为掌印。而王安对朱由校处理熊廷弼、杨涟一事不满，便对担任司礼监掌印一事坚辞不就。客氏和魏忠贤乘机在天启面前进谗言，说王安对圣上不满，这样的人绝不能用。对于魏、客二人而言，必须治王安于死地，如果此次没能成功的话，将来王安与外廷联手一定会置自己于死地，李选侍就是一个例子。对于朱由校来说，他对王安的态度也感到不满，他也不希望内外廷联成一体来约束自己。在魏忠贤的安排下，王安被贬到南海子。南海子是皇家猎场。此时南海子的总管是李选侍宫中的太监刘朝。因为李选侍曾经栽在王安手里，所以，魏忠贤将王安安排到这里，其目的可想而知。
在魏忠贤的授意下，刘朝不给王安吃饭。但附近村民敬重王安的为人，便偷偷送一些食物。刘朝发现后，便将这些村民喝退。王安又偷偷挖了一些胡萝卜藏在袖子里面，等没人注意的时候再偷偷吃。但是，刘朝已经等得不耐烦了，便让人直接处死了王安。
当魏忠贤将王安“病死”的消息告诉天启的时候，这位皇帝知道是怎么回事，但他也懒得去问，装作不知道算了。
王安的悲剧的根源在某种程度上是跟汪直、刘瑾、怀恩、冯保等宦官一样的，那就是跟文官联系过于紧密。身为宦官，他没能认清自己的职责。帝王的思维自然是从全局考虑，任何妨碍这一思维的人和事，无论亲情还是恩情，都会舍去。
《东林点将录》
万历皇帝向来对东林党没有好感，他们的问题在于善于占据道德的制高点来打击一切政敌。而且这个党派的人大多以道德君子自称，实际上并无实际的政务经验。从万历中期一直到万历末期，皇帝对这个党派的人都是严防死守。但是，到了光宗皇帝继位，形势顿然改观。
由于在“国本之争”中，东林党人出力很大，所以，朱常洛对东林党人很有好感。在他的推动下，万历朝被斥退的东林党纷纷回归朝堂。天启继位后，仍旧坚持这一用人方针。东林党人刘一璟、韩爌加入内阁，吏部、户部、礼部、兵部皆被东林党人把持，邹元标、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗这些东林大佬也把持了都察院。但此时的东林党人似乎并不想就此罢手，因为内阁还有位首辅方从哲在。
方从哲虽然籍贯是浙江，但他在北京长大，严格说来他并不是浙党。他实际上是一个在各个政治团体之间舞蹈的人。他既然不肯跟东林党同流合污，东林人自然不会放过他。东林党弹劾方从哲的理由仍然是红丸案与移宫案。东林党说方从哲在处理崔文升、李可灼，以及逼李选侍移宫上态度暧昧。
泰昌元年（1620年），礼部尚书孙慎行上疏说，方从哲指使李可灼进献红丸。即便方从哲没有“弑君”之意，但也有“被弑”之实。在移宫案上，众人让李选侍移宫，唯独方从哲迟迟不愿实行。
与此同时，内阁的韩爌也上疏要求对三案重新定案，要求对崔文升、李可灼、郑国泰重新进行处分。此次，内阁阁臣与部院遥相呼应，的确是大明朝少有的事情。在三案已经定案的情况下，现在不仅连红丸案和移宫案重新翻了过来，就连5年前由万历亲自定案的梃击案也翻了过来。从这一点上，我们可以明显地看出东林党翻旧案后面的党争色彩。
在东林党人猛烈地攻击下，方从哲有些吃不消了。朝政已经全部由东林党人掌控，方从哲一人是独木难支。而皇帝刚登基，对于一些事情还没有理出头绪，暂时也只能按照惯性走。而东林党中的温和派韩爌跟方从哲私下里达成协议，让方从哲致仕了事。方从哲一走，跟东林党走得较近的叶向高第二次成了内阁首辅。
虽然东林党人揪住三案不放，但有一个事实他们没有搞清楚，那就是天启皇帝对此态度如何？事实上，皇帝早就对此案没兴趣了。“梃击案”是万历亲自定的案，“红丸案”是泰昌定的案，朱常洛让方从哲奖赏崔文升、李可灼就是这个意思。而“移宫案”则是天启亲自定的案。但是，现在东林人说打人的张差是郑贵妃指使，那实际上就是把万历定的案子给否定了，而东林党对红丸案的翻案更是公开表明朱由校的父亲是被人毒死的。这些对朱由校来说都是无法接受的。
朱由校一直认为他的父亲之所以死亡是因为有旧病。皇帝一再强调自己的父亲“素有旧疾，嗣因皇帝殡天哀痛，劳瘁过伤，以致医药无效”。不仅如此，皇帝还替崔文升、李可灼辩解，说他们是“进药不效，殊失敬慎，但亦臣子爱君之意”。
从皇帝自己的话来看，朱由校对光宗妃子李氏也多维护。他曾经说道：“朕今奉养李氏于岁鸾宫，月分年例，供给钱粮，俱仰尊皇考遗爱，无不体悉。外廷误听李党渲谣，实未知，朕心尊敬李氏之不敢怠也。”
当御史杨涟上疏历数李氏罪恶的时候，天启又解释道：“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵；厚养选侍及皇八妹，以尊皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣。”
从皇帝的语气中我们可以发现，虽然皇帝对文臣弹劾李选侍的奏章随声附和，但他明显不想再理此事，所以，不断以“知道了”“李选侍，朕已经责罚了”等话语来搪塞。
虽然如此，但御史杨涟就是听不出弦外之音，他还是坚持他的老一套，一定要皇帝就此事给个说法，并将李选侍比作武则天，要求皇帝对李氏重处。杨涟的行为被客氏和魏忠贤看在眼里，两个人开始合计整治杨涟。
魏忠贤散布流言蜚语，说由于杨涟等人不断地没事找事，李选侍自尽了，李选侍唯一的女儿皇八妹投井死了。实际上，两个人都活得好好的。接着，魏忠贤又煽动御史贾继春说杨涟勾结司礼监秉笔太监王安逼走方从哲，自己想当首辅。
此时的杨涟被搞得百口莫辩，他只有采取以退为进的策略。泰昌元年（1620年）十二月，杨涟向朱由校打了辞职报告。朱由校此时对杨涟已经有些烦了，便批了杨涟的辞职报告。这样一来，不仅杨涟惊愕，就是东林党人也惊愕。他们没想到杨涟真的就这么莫名其妙地回家了。
从天启元年（1621年）正月开始，不断有东林党派系的人上疏要求召回杨涟，朱由校都没有理会。朱由校本来对扶其上位的东林党人颇有好感，但东林党人纠住三案不放，颇令他头大。另外，杨涟和其他几个官僚总是在上疏中有意无意地提醒皇帝他们在皇帝登基过程中所立下的功劳，这些也构成了朱由校反感他们的理由。
在李选侍问题上，皇帝与文官看待问题的角度不同。李选侍胁迫朱由校只是想要个封号。皇帝考虑的是全局，他不会注重后宫这些婆婆妈妈的事情。但从文官那里来说，情况就不同了。他们要维护儒家礼法，这是他们为什么紧紧地咬住李选侍不放的重要原因。
除了李选侍问题，文官们喋喋不休地吵闹也同样令皇帝反感。天启二年（1622年）二月，皇帝下旨吏部、都察院：
“上谕：朕览科道官，屡疏纷嚣，全无正论。辽左继陷，皆因经抚不和，以致官民涂炭。朕深切惊忧，昨张鹤呜慷慨自请视师，具见忠义为国。江秉谦妄言乱政，已从轻薄罚，今又结党渎奏，各逞已见。不恤国家之急，臣谊何在？尔部院便传与大小各官，以后务要虚心，协力共图宗社大计。将当行事，务着实整理，毋事空言。再有仍前乱言，溷淆是非的，决不姑息。”
皇帝的意思是辽东都失陷了，这些大小官员整日吵闹不休，拿不出一个切实可行的应对方案，故而下旨斥责。
皇帝的斥责自然是毫无效果，大小官员仍旧是吵闹不休。不久皇帝又下旨斥责：
“上谕吏部都察院：朕自御极以来日夕冰兢，守我祖宗之法，惟恐失坠。每见科道各官屡次纷嚣，前有旨，不许擅出私揭。昨览报，又见揭帖，显是不遵。全无为国为民，肆行狂噪，嚣讼弗已，是何景象？其中是非公论难泯，自奴酋发难以来，徵兵转饷，军民涂炭已极，皆因偏见党论，致使经抚不和，故将辽左疆土尽行失陷。未见恢复奇谋，朕深痛恨。新进后辈，遽司耳目，全无秉公，专行报复，逞意妄言，淆乱国政。本当杖褫。姑从轻薄惩，已后科道各官俱要虚心尽职，共襄国事。再有结党排诬的，朕遵祖制宪章决不姑息。”
应该说皇帝对外廷的评价是相当有水平的，完全超过了其祖父万历，将万历想说而说不出来的话都说出来了。尤其是“全无为国为民”“嚣讼弗已”“皆因偏见党论”“全无秉公，专行报复，逞意妄言，淆乱国政”这几句总结得非常到位。但皇帝对文官的处罚也是隔靴搔痒，跟他的祖父一样，通常只是罚俸了事。大小臣工仍然是喋喋不休。眼看三案翻不动，他们便将矛头对准了魏忠贤，而皇帝依托着魏忠贤也渐渐显出了他的辣手。
天启三年（1623年）是朝局转向的关键一年。从这一年开始，皇帝逐渐改变东林主持政局的局面，开始任命一些非东林党人士。先是让顾秉谦代替孙慎行担任礼部尚书，接着又让顾秉谦、魏广微入内阁，而此时魏忠贤也提督东厂，很快又选用反东林党人士郭巩、阮大铖担任给事中。这些都是明确的信号，山雨欲来风满楼。东林党这些官僚感受到了吗？很快，受东林党排挤的齐、楚、浙、昆以及从东林党内部分出来的赣党纷纷投靠魏忠贤，从而形成一个整合后的阉党，东林党的命运再次变得扑朔迷离。
汪文言是安徽歙县的一名库吏，因为偷盗仓库被判流放，逃至京城后，结交了王安，充当东林党和王安之间的联络人。天启四年（1624年）四月，刑科给事中傅魁弹劾御史左光斗、给事中魏大中，说他二人勾结汪文言乱政。汪文言是东林党人的联络人，掌握了东林党人活动的许多秘密。阉党拿这样一个小人物开刀实际上是有考量的。他们想通过汪文言在东林党身上打开一个缺口。
接到奏疏的魏忠贤下令逮捕汪文言，将他关进镇抚司严加审讯，试图让他乱咬人。汪文言究竟来路不正，关键时刻东林党人开始弃卒保帅，纷纷上疏撇清跟汪文言的关系。与此同时，左光斗、魏大中也上疏攻击傅魁，说傅魁公报私仇。紧接着，首辅叶向高竟也上疏替左光斗、魏大中辩护，希望能将此事淡化处理。天启接到叶向高的奏疏，也只是说了一些不痛不痒的话。所有的人似乎都在等着审讯结果。
经验告诉某些人，一味地傻等绝不是最佳方案，内部运作才是最佳选择。东林党人惴惴不安。他们知道一旦汪文言供出来了什么，那就是自己末日的到来。御史黄尊素找到了负责此事的锦衣卫同知刘侨。刘侨跟黄尊素交好，而且跟一些东林党人也有来往。魏忠贤考虑周全，到来头却没想到输在了这个岔路上。在刘侨的干涉下，锦衣卫没有审出任何名堂，汪文言被无罪释放。紧接着，魏忠贤迅速撤了刘侨的职务，换上了自己人。
天启四年（1624年）四月份的这场争斗，由于刘侨的作用，东林党人暂时躲过去了。但双方已经是势同水火，东林党人似乎是骑虎难下。在这场政治斗争中没有退缩者，必须勇往直前，扳倒对方，才能赢得最终的胜利。
历史上的权臣大都由皇帝支持。皇帝支持他们是出于政局平衡的需要。有些事情帝王不方便去做，便让他们去做。所以，扳倒权臣并不是依靠反对者的强悍，而是要捕捉到那个点，也就是皇帝对其厌烦的那个点，从而抓住时机一击而中。
对于东林党人来说，这个时机很快来到。五月份，魏忠贤因为在皇帝面前骑马得罪了天启，天启便让他回家住几天。东林党人认为，这是皇帝对魏氏厌烦的信号。他们便推动御史杨涟上疏弹劾魏忠贤。
杨涟于天启元年（1621年）致仕，天启三年（1623年），皇帝又将其召回。杨涟丝毫没有汲取上次事情的教训，这次又当了别人的靶子，只是这次运气没有那么好了。事实上，东林党对这件小事情完全是一种误判。皇帝赶魏忠贤回家，绝不意味着皇帝对他厌烦，实际情况恰恰相反，皇帝对他的圣眷只是刚刚开始。
对于杨涟上疏一事，东林党内部也有不同的看法。他们认为杨涟作为党内翘楚，倘若一击不中，则没有回旋的余地。还不如让小臣试探着攻击，倘若有戏，再让大臣上疏弹劾。但个性急躁的杨涟已经等不及了。六月一日，左副都御史杨涟将写好的奏疏递进宫里。接到奏疏的宦官顿时倒吸了一口凉气。此份弹劾魏忠贤的奏疏措辞之激烈前所未有，完全是匕首见红，不给人留有一点儿余地。杨涟完全是一副要杀人的模样。
杨涟在这份奏疏中列举了魏忠贤的二十四大罪状，从魏忠贤的出身一直谈到魏忠贤平日的所为，并说魏忠贤欺负皇亲国戚，害死了皇帝宠爱的妃子，皇后流产也是他下的黑手。杨涟最后总结道，现在人们只知道有忠贤，而不知道有皇上。所以请皇上立即将魏忠贤明正典刑，并让“奉圣夫人”搬出去住。
门房的宦官看完了此疏，便连忙将此疏转交给了魏忠贤。魏忠贤看完此疏大惊失色。他连忙拿着此疏找到内阁次辅韩爌。内阁首辅叶向高和次辅韩爌虽然也属于东林派系，但由于两个人位高权重，所以两个人也不敢跟底下的小臣走得太近。然而，魏忠贤认为老奸巨猾的叶向高不会替他说话，所以他就找到了韩爌。令他失望的是，韩爌根本就不买账。事情到了这个份儿上，魏忠贤只有去找皇帝解决。
魏忠贤在天启面前大哭。天启看完奏疏后不禁怒从心起，他知道这份奏疏就是对着他来的。魏忠贤是他用的人，现在杨涟弹劾魏忠贤，实际上就是弹劾皇帝，这一点已经很明显了。朱由校知道必须保住魏忠贤，这是关系到他权力的问题。一旦在魏忠贤这里顶不住，那么，他自己的结局只能是像他的祖父万历皇帝那样。
皇帝降旨对杨涟进行了斥责，说杨涟捕风捉影，造谣中伤。无论杨涟弹劾魏忠贤的理由如何冠冕堂皇，这些都构不成皇帝丢弃魏忠贤的理由。天子处罚宦官的理由，往往只有一个，那就是宦官结交外臣。很显然，魏忠贤在这个问题上并没有触犯天子的忌讳。
东林党人一击不中，便希望叶向高能出头。叶向高作为首辅自然跟他们考虑的角度不同，叶向高反对廷臣们这种激烈的方式。这种方式不仅于事无补，反而使事情更加糟糕。这就是阁臣与廷臣总也谈不拢的原因。
叶向高自有他的处事方式。叶向高说，魏忠贤并非像人们所认为的那般使坏。有一次皇帝要爬梯子抓鸟，魏忠贤没让他爬。还有一次皇帝要赏赐小太监衣物，魏忠贤认为这不符合规制，阻止了这件事情。叶氏的这番言论一旦打出，顿时舆论大哗。东林党人没有想到叶向高竟然说出此番言论，杨涟带头来到叶府上破口大骂。此时，继杨涟弹劾魏忠贤一事已经过去10天了，叶向高必须要表态了。
六月十一日，叶向高上了一个折子，折子中没有对魏忠贤进行过分指责，只是提到目前舆情激愤，希望皇帝将魏忠贤免职了事。实际上此议跟杨涟说的要杀了魏忠贤并无什么区别，都是让皇帝折了一只臂膀。天启既然不满意，就下旨否了叶向高的提议。
叶向高才知道自己这次彻底失算了。他的和稀泥不仅令东林党不满意，也令皇帝不满意。老谋深算的叶向高开始想办法补救。他令人放出流言，说自己的上疏是受东林党人所逼，并非自己所愿。不管皇帝相信不相信叶向高的说辞，这件事情似乎已经过去了。
这件事情根本就没有过去。投靠阉党的诸党分子和魏忠贤，以及司礼监掌印太监王体乾一致同意恢复自嘉靖朝以来中断的本朝旧制——梃杖。此时，如何处理东林党，帝国已经达成了共识。
工部郎中万燝负责朱常洛陵寝的营建工作，但是缺铜。有人告诉万燝说宫中的破铜烂器堆积如山。实际上并无此事，所以魏忠贤接到万燝请求拨给铜器的奏书后便没有理睬。魏忠贤的态度触怒了万燝。本来这个时候正是文官反对魏忠贤的关键时刻，现在万燝想要一些破铜烂铁也得不到满足。万燝一怒之下上了一道奏疏，大骂魏忠贤。这样一来，内廷精心准备的梃杖之刑首先用到了万燝身上。
天启下令将万燝杖责100，这100杖打得非常重，基本上就是往死里打。打完后，万燝还有一口气，回家4天后死去。
这件事情过去没多久，又发生了林汝翥事件。御史林汝翥是首辅叶向高的外甥，因为杖打了几个犯事的太监，被司礼监掌印王体乾和魏忠贤得知。两个人命宦官去抓捕林汝翥。提前得知消息的林汝翥逃出了京城。宦官们找不到林汝翥，便包围了叶向高府，找叶向高要人，虽然这件事情最终以林汝翥回到京城而告终，但它却对叶向高的刺激很大。叶向高知道了自己这个首辅在皇帝心目中的位置，他更知道自己在东林党人那里也沦为了笑柄。
天启四年（1624年），叶向高已经失去了舆论的同情。七月，叶向高离开朝堂回到家乡，皇帝赐予路费，还派专人护送。虽是如此，叶向高内心依然是波涛起伏。他仍旧在纠结于朝堂之上的是是非非。历史发展到了这里，这种飘忽的体制已经使得首辅的任何调和统统归结于失败。它只能在血淋淋的冲杀中才能获得重生。
叶向高的致仕对于东林人来说就是一个明确的信号。他们终于发现这个年轻的皇帝不是一个和善的主，但他们绝不甘心就此放弃权力归隐山林。在接下来的廷臣会推中，东林党人仍旧是从团体内选拔，这惹怒了天启皇帝。他在给廷臣的旨意中以“朋党”定义东林党，此举基本上给这个团体定了性。大明朝的舆论似乎第一次向君主倾斜。
叶向高离职后，韩爌接任了首辅，但内阁三辅顾秉谦、四辅魏广微都是阉党分子。紧接着，朱由校又发布了一道诏书，以更激烈的言辞来斥责东林党。皇帝指责他们：“内外连结，呼吸答应，盘踞要地，把持通津，念在营私，事图颠倒，朋比为奸，恣行愈甚，将使朕孤立无与而后快。”天启的话有如一通暴风雨一样，“噼里啪啦”将东林人士打懵了。无论杨涟等人如何善辩，此刻似乎再也无话可说。高攀龙、赵南星愤而辞职。这样东林人士控制的部门只剩下吏部和都察院。由于吏部尚书赵南星、都察院左都御史高攀龙已经离职，所以吏部便会推吏部侍郎陈于廷担任吏部尚书，都察院副都御史杨涟担任都察院左都御史，报上来的结果又令天启愤怒。因为这对于他来说仍旧是东林党引用私人。他干脆将陈于廷、杨涟以及参加会推的其他东林党官员一股脑免职了事。此时留在朝堂上的东林党只剩下内阁首辅韩爌一人。事实表明，东林党人的阵地不在庙堂，而在民间。在民间，他们可以通过煽动市民起来抵抗皇权。但如果皇帝煽动了更底层的民众起来，那么，结果又该如何呢？但我们在17世纪的中国并没有看到这一现象。
此时的内阁阁臣有首辅韩爌、次辅朱国桢、三辅顾秉谦、四辅魏广微，韩爌是东林党人，朱国桢属于中间派，顾、魏两个人是阉党的骨干。从嘉靖以后，由于权归内阁，所以首辅开始位高权重，票拟权基本上都控制在首辅手中，其他阁臣基本上只有建议权而没有决策权。如今韩爌既为首辅，他的票拟也多数不对朱由校的心思。朱由校便下了一道旨意，要求韩爌在拟票的时候跟其他阁臣共同商议，如此一来就是通过顾、魏二人架空韩爌。韩爌看到自己也得不到皇帝的信任，阉党那种逼人的态势一天比一天强烈。他似乎也明白了叶阁老的处境，便在天启四年（1624年）秋天离开了朝堂。对于韩爌的离职，天启丝毫没有挽留，反而催促他快点儿离职。这些阁臣跟藩王一样，一旦到了离开的时点，则是半天也不得停留。政治的势力与冷漠，人情的冷暖都在这一刻显露无遗，可是谁又不是置身其中呢？
韩爌走后，按照轮序的原则，次辅朱国桢接替了首辅。他吸取韩爌的教训，对政务不管不问，完全交给顾秉谦、魏广微去折腾，但这也不能使其独善其身。在天启朝的内阁中，任何人想尸位素餐都是不可能的。朱国桢终于明白了，自己跟叶向高、韩爌相比，并不比他们高明多少。在天启四年（1624年）年底，朱国桢便也致仕了。
天启四年（1624年）这场轰轰烈烈的斗争以东林党的全面失败而告终，但它远远还没有到结束的时候。
魏忠贤害怕东林余孽卷土重来，所以有必要将所有的东林党徒罗列一遍，以免有漏网之鱼。从天启五年（1625年）开始，各种版本的东林党名单开始流传，其中最出名的是归安县韩敬编写的《东林点将录》。这篇《东林点将录》按照梁山一百单八将的形式搜集了108个东林党成员并且排了一个座次，位列第一位的就是托塔天王李三才，再加上其他107个成员，可以说此份名单既形象直观，又能将东林党人一网打尽。创作者可谓是挖空心思。魏忠贤有了这样一份名单在手，在日后的斗争中自然有了针对性。尤其是那些隐藏在东林党内部的人，这次完全暴露在阳光下面。日后每一个臣僚的上疏，魏忠贤都会按照这份名单比对；每一次吏部会推，魏忠贤也会按照这份名单比对；遇到京察年，魏忠贤更会按照此份名单比对，这样才能做到知己知彼。
魏忠贤的担心是害怕东林党卷土重来，自己能在这个位置上待多久还不知道。或许他也知道皇帝的身体不行，一旦东林党回归，那面临的将是更大的反弹。魏忠贤开始赌上了他的地位，赌上了他的生命，赌上了他的千古名声。不管他于公还是于私，此刻他已经不管不顾了。
经过阉党成员的集体谋划，他们打算沿着天启三年（1623年）的思路走下去，那就是从汪文言这里打开缺口。按照阉党们的想法，汪文言作为官场中的运作分子，一定干了不少阴私之事。只要拿住他严刑拷打，就一定能获取有利信息。一旦拿到口供，就能凭此抓人。
天启五年（1625年）正月，阉党授意左都御史乔应甲上疏炮轰东林党，弹劾担任南京户部尚书的李三才收受汪文言贿赂。紧接着，大理寺丞徐大化又上疏重提移宫案。他说：“杨涟自恃是光宗留下的顾命大臣，和御史左光斗一起勾结内侍王安，逼迫李选侍移宫，这置先帝于何地？汪文言本是一罪犯，奈何能授中书舍人，昼夜游走于尚书、都宪、侍郎、科道之家？还有杨涟、左光斗之人不追究熊廷弼丧师失地之罪，反而收其贿赂予以营救。”
从后面的发展态势我们可以看出，阉党最终抓住了东林党人收受熊廷弼家人的贿赂一事大做文章，最终将几个东林党首魁判死。关于熊廷弼一事，我们后面还要详细论述。
天启接到徐大化的奏疏后立刻下旨逮捕汪文言进京。其实这个案子审不审意义已经不大，东林党人接受熊廷弼家人请托是尽人皆知的事情。但魏忠贤还是想将案情扩大。
三月份汪文言被押解进京，关进锦衣卫镇抚司。汪文言受刑不过，供出甘肃巡抚李若星花了5000两银子托他活动巡抚这一职位。天启听说后，立即将李若星削职为民。这个结果显然不能令皇帝满意，魏忠贤便指使锦衣卫逼供。
这次阉党的目标非常有针对性。他们知道“移宫案”是一个大而空的话题，只要揪住东林党接受熊廷弼贿赂这一事件就可以了。锦衣卫指挥使许显纯暗示汪文言往杨涟、左光斗身上攀扯。此时汪文言已经被打得昏死过去。许显纯开列了一个长达二十人的名单，上面罗列了受贿数字，还包括收受杨镐的贿赂。许显纯让汪文言在这份供状上画押签字，然后就拿着它去找魏忠贤了。
朱由校看到审出了口供，便让人将杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人抓捕进京。为了防止汪文言翻供，魏忠贤指使许显纯将汪文言秘杀。
魏忠贤让许显纯将杨涟等六人关进镇抚司诏狱后开始严刑拷打，让杨涟等人承认指定的数字。杨涟等人受刑不过，只得承认。所以，最终审定的结果是杨涟接受熊廷弼贿赂2万两，左光斗收了2万两，周朝瑞收了1万两，顾大章收了4万两，袁化中收了6000两，魏大中收了3000两。
天启既然坐实了六人的罪名，下一步就是追赃。面对数额如此巨大的款项，六人自然拿不出来。天启命锦衣卫追赃又迫害，结果六人全部惨死狱中。既然以纳贿的罪名判定六人，那么现在六人既死，追赃还得继续。所以皇帝又下旨继续追赃，六人的家产全部没收。这样一来不仅搞得六人家破人亡，还连累了他们的族人。为了凑齐“赃款”，他们家乡的民众也纷纷捐款。
天启五年（1625年）阉党与东林党的对决，弄得帝国腥风血雨，帝国似乎又重回专制时代。本来天启打算重用东林党人，魏忠贤也希望跟这个团体搞好关系，甚至在皇帝面前说赵南星的好话。但东林党人总是纠住“三案”不放，试图将皇帝操纵在手中，并最终陷皇帝于不义之地。在这种情况下，天启在方从哲和叶向高都不能用的情况下，只得用魏忠贤充当一个缓冲区。东林党人的结局其根源还是在于自身过于跋扈。这场争斗并没有结束，它在天启六年（1626年）导致了第二次苏州民变。所有的这一切并不重要，重要的是它导致了另一个人蒙受千古奇冤，并导致帝国在错误的辽东战略上越陷越深。
《三朝要典》与五人墓碑记
辽东问题一直是帝国一个很棘手的问题。辽东自古以来控制不易，也就是从宋代棉花技术引进后，有了穿棉衣的士兵才使得控制这一地区成为可能。明王朝控制辽东达200多年，已实属不易。但这是建立在东北少数民族虚弱的基础上的，一旦有人统一了各个部落，那么对方就会迅速强大起来。这时候要想继续控制辽东已不可能，最实际的办法是退到关内来，以此减少人力、物力的消耗。
事实证明，万历最大的优点是识人能力。他知道熊廷弼是解决辽东问题最适当的人选。如果再给万历10年的时间，他是能够解决辽东问题的。熊廷弼也意识到此刻的明军根本不是后金军的对手，那么现实的办法就是固守，实行坚壁清野策略，并派小股部队出边骚扰，以此削弱后金的力量。
所以当熊廷弼来到辽东后，努尔哈赤两次进攻沈阳都被击退，此后再也不敢动了。但熊廷弼脾气暴躁，好骂人，为此得罪了不少同僚。再加上举朝皆想迅速扑灭努尔哈赤，对熊廷弼一意固守的策略不理解。眼看熊廷弼几个月没动静，一些按捺不住的御史开始弹劾熊廷弼“一意坐守，空耗银饷”。而刚上台的天启虽然于军事上有自己的独到见解，但是对于前线并不了解，尤其是对熊廷弼不了解。就这样，朱由校将熊廷弼罢免，换上袁应泰任辽东经略。
袁应泰主政辽东后开始放弃熊廷弼主守的战略，开始主攻。而且袁应泰治军不严，导致纪律涣散。天启元年（1621年），沈阳、辽阳相继陷落，袁应泰自杀。此刻，帝国在辽东只剩广宁可守。
事实上，在这种局面下，直接将辽东放弃即可。因为山海关的防守效率高，可以节约防守成本，但根本没有人意识到这一点。天启大概也意识到辽东的陷落跟罢免熊廷弼有关，于是重新启用熊廷弼为辽东经略，与此同时，又任命王化贞为辽东巡抚。
熊廷弼抵京后便提出三方布置策略：以广宁作为一路；山海关作为一路；登莱、天津的海路作为一路。天启同意了熊廷弼的三方布置策略，便让熊廷弼挂兵部尚书、左副都御史衔，驻山海关，经略辽东。由于王化贞在朝中有东林党支持，加上此时朝廷政策仍然是主攻，所以虽任命熊廷弼为经略，但实际上熊廷弼已被架空，辽东局势完全由王化贞掌控，兵部尚书张鹤鸣和王化贞之间的奏疏来往完全绕过熊廷弼。
王化贞犯了跟袁应泰一样的毛病，那就是轻敌冒进，将兵力分散化布置。当金军进攻的时候，他不是凭城固守，而是把主力拉到外线去。天启二年（1622年）正月，广宁失陷，王化贞随着逃亡的军士逃出了广宁城。此刻，整个辽东再也无险可守。逃到后方的王化贞见到熊廷弼，他请求和熊廷弼一起守宁远和前屯。但此时的熊廷弼却显得十分开心，因为经过近一年的争论，事实证明他的主张是正确的。但熊廷弼也明白此时大局已经无法挽回，目前要做的就是将士兵和辽民尽皆迁入关内，将辽西变成一片焦土。
熊廷弼虽然有自己的想法，但朝廷上下还是奉行“保有疆土”的原则。熊廷弼主动放弃辽西，自然和王化贞一起被下狱。本来朱由校对王化贞打算重判，对熊廷弼轻判，但随后发生的一些事情完全改变了这种情况。
东林党是支持王化贞的，但当他们看到广宁失陷完全是王化贞的责任的时候，他们便丢弃了王化贞，转而来保熊廷弼。而熊廷弼也让家人给东林党人汪文言送钱，作为营救他出狱的活动经费。东林党人收了这笔钱，这件事情在京城传得沸沸扬扬，尽人皆知。也就是因为这件事，魏忠贤劝皇帝丢弃熊廷弼作为将来打击东林党的一颗棋子。只有将熊廷弼判死，才能将东林党往接受死囚贿赂上靠。此时的熊廷弼已经完全沦为党争的棋子。辽东局势已经无可挽回，熊廷弼冤屈与否已经不重要。为了获取更大的目的，这些政治家什么都可以舍去。
天启二年（1622年）四月，熊廷弼和王化贞一起被判死。但一直到天启五年（1625年），朱由校杀了杨涟等六人后，才将熊廷弼处死。由此我们可以看出，这位年轻的皇帝和他的爪牙们从天启二年（1625年）就已经开始了布局。
当一场政治斗争结束后，获胜者必定要以某种书面形式对前一阶段的斗争进行总结，以获取舆论上的高度支持。嘉靖七年（1528年）修《明伦大典》正是基于此。
经过天启五年（1625年）的政治清洗，东林党的嚣张劲头暂时被打压下去了，一直让天启如鲠在喉的三案问题此刻到了必须定性的时候。天启六年（1626年）正月，天启便指派内阁首辅顾秉谦、内阁阁臣冯铨担任《三朝要典》的编纂总裁。这部《三朝要典》历时5个月完成，全书共分24卷，其中主要是介绍梃击、红丸、移宫三案。所谓的晚明三案即由此而来。在这部书中罗列了政治事件、群臣的奏书和皇帝的批示，还有评语。《三朝要典》完全从君主的角度对三案进行了重新定义，得出了跟文官截然相反的观点。
《三朝要典》从万历十四年（1572年）的国本之争开始，本着正本清源之目的，对东林党人狠扒。其着重指出，以东林党人为首的文官势力集团，几十年来喋喋不休地借助一些琐事损毁君主的名声，以达到他们险恶的政治目的。
《三朝要典》认为，皇祖正值壮年之际，册立东宫稍迟，即遭到群臣的诽谤。这样陷皇祖于尴尬境地，反而使局势难以回旋。等到外廷争论平静下来后，皇祖自然册立先帝为太子。皇祖之所以这样做，无非是想让事情出自己断。如果皇祖真想谋害先帝，在宫禁严密的情况下，自然可以采取其他办法，有必要让一个疯子持木棍去东宫打人吗？那张差经过审讯早就认定是疯癫之人，可是刑部主事王之寀居心险恶，故意指使张差往别处攀扯，幸亏皇祖在慈宁宫召见群臣才揭露事实真相。
关于红丸案，皇上早就说明先帝身体向来虚弱。皇祖死后，先帝哀伤过度，加上日理万机，导致旧疾发作。而当时竟有人说先帝之疾是由于御女太多导致，这岂是臣子应该说的话吗？事情过去几年了，邪党成员孙慎行突然发难，诬蔑先帝是被红丸鸩杀，而首辅方从哲就是主谋，还试图让皇上处死首辅。幸亏皇上声明“皇考进药亦升天，不进药亦升天”，才杜绝了邪党罗织罪名。
至于移宫一案，先帝在临终之前反复交代两件事，一是让阁臣辅助皇上，二是在皇上登基之前册封李选侍为皇贵妃。由于李选侍侍奉先帝，自然得居乾清宫，先帝驾崩后，李选侍自当移居别宫，但也应等皇上封妃后才是。当时从首辅到其他文臣皆以万岁称呼皇上，为何刘一燝、杨涟、左光斗等人不以万岁称呼皇上，反而要以拥戴之功自居？皇上继位乃天经地义，何须别人拥戴。杨涟、左光斗又勾结内侍王安散播流言，说李选侍欲封皇后，行垂帘听政之举。加上王安从中阻挠，使得选侍封妃一事遇阻，幸亏皇上遵先帝遗命封李选侍为康妃，并治王安之罪。
以上就是《三朝要典》对“三案”的定性。《三朝要典》对“三案”已经提出截然相反的观点，皇帝跟东林党们关于“三案”扯皮的事情，我们没必要去纠结。“三案”的事实真相究竟如何，我们也没必要去澄清。但有一点我们需要明白，那就是斗争的双方围绕着“三案”喋喋不休，实际上就是为了获取舆论权，最终还是权力之争。无论是万历、泰昌，还是天启，他们都要维护皇家的声誉。但正像《三朝要典》说的那样，东林党围绕着“三案”的确显得有些无事生非、上纲上线，而在《三朝要典》的结尾处编纂者也流露出对东林党将来反扑的担忧。
《三朝要典》的编纂人冯铨称赞《三朝要典》是：“《春秋》之绝笔，《孝经》之微言，读此使乱臣贼子惧，忠臣孝子感。”天启年间的这场政治斗争似乎跟嘉靖年间的那场政治斗争有相似之处。嘉靖的皇位是依照中国宗法制伦序而继，这一点在帝国已经是公开的秘密。正德的母亲在数年以前就开始运作此事，硬说嘉靖是杨廷和扶上皇位则有些牵强。至于天启更是在万历时期就确立了他的皇储身份，若说杨涟有拥戴之功，则更是天方夜谭。除此之外，杨廷和和杨涟在新皇帝继位后，又不断地提醒皇帝自己的拥戴之功，这自然招致帝王的反感。
天启六年（1626年）元月份开始修《三朝要典》。阉党的文官们绘声绘色地向天启描述了三案的前前后后。天启越听越明白，越想越明白。以前皇帝不知道的很多事情现在都知道了。以前皇帝想说但说不出口的很多事情现在全都被文官表述出来了。天启越想越恨，遂于二月份派东厂去南方抓捕周宗建、缪昌期、周起元、周顺昌、高攀龙、李应升、黄尊素等七人。上回派锦衣卫去抓杨涟、左光斗的时候就遭到其家乡民众的抗议，只是人们认为杨涟等人会被放回来，才没有酿成民变。如今厂卫又来捕人，一场大的市民运动已经不可避免。
三月十五日，北京来的厂卫抵达苏州，吴县县令前往周顺昌家中传达此事。周顺昌被关押在吴县县衙期间，当地百姓自发地围聚在县衙门前不愿散去。十八日，周顺昌被从县衙押到西察院，一路上百姓夹道执香，哭声震天。巡抚、巡按、知府、县令的轿子被挤得不能通行。好不容易到了西察院，百姓立刻将院子团团围了起来。很多人都站在墙头上、屋脊上，墙上墙外遥相呼应、呐喊。
看此情形，应天巡抚毛一鹭让人将大门打开，放百姓们进来。几位本地秀才领着众人当头走来。秀才质问毛一鹭：“今日人情如此，明公难道不为自己的千秋声誉着想吗？何不据实奏闻，请皇上开恩，周顺昌不必解往北京，由抚、按勘治。”
毛一鹭时阴时阳的，不知道他心里在想什么，他只是随声附和。此时围观的百姓群情激昂地喊道：“周爷若死，民亦不愿生。”
厂卫们看到毛一鹭被几个秀才缠住说个没完没了，不耐烦道：“今日之事，干秀才何干？囚犯何在？”
此刻，群众强压心中的怒火，犹如随时可能爆发的火山，一触即发。苏州市民颜佩韦站了出来，劈手夺过一名厂卫手里的棍子。接着，市民马杰、沈扬、杨念如、周文元也跳了出来。众人开始围殴从京里来的厂卫。两名厂卫被打死，剩下的翻墙逃走。
到了夜晚，苏州城内有人开始大呼小叫。原来前往浙江抓捕黄尊素的官船正停靠在苏州胥关，不知被何人侦知，便有人跑到城内喊人。众人听说有逮人官船停靠在胥关，便纷纷出动。市民们拥到城外痛打厂卫，并将他们扔进水中。众人接着放火焚烧了官船，连带朝廷的驾帖、信牌也被烧毁。
为了缓和局势，毛一鹭将带头闹事的颜佩韦、马杰、沈扬、杨念如、周文元抓捕。颜佩韦是商人，马杰是卖苦力的，沈扬是市场经纪人，杨念如是卖服装的，周文元是轿夫，五个人都是典型的市民。
毛一鹭将五个人判死。行刑那天，五个人意气扬扬，谈笑风生，引颈就戮。事后有人出50金买下五个人的头颅，将五个人全尸合葬于苏州城外虎丘山。崇祯元年（1628年），复社领袖张溥写了纪念五个人的碑文，名叫《五人墓碑记》。
张溥写道：“时值阉党惑乱天下，天下缙绅能够保持独立操守的能有几人，而这五个人身份低微，没受过圣人教诲，却能如此激昂大义、蹈死不顾。他们的英勇行为令那些身份高贵之人何其羞愧。他们五人死得其所，正是他们的死使得阉党有所顾忌，最终保护了苏州百姓。”天启六年（1626年）的第二场苏州市民运动因厂卫开读圣旨而引发，所以也被称作“开读之变”。
天启命令抓捕的那七人除了高攀龙在家自缢外，其他六人分别由厂卫或者地方官押送进京，在狱中折磨致死。天启五年（1625年）死的那六个人被称为“六子”，天启六年（1626年）死的东林党这七人被后世人称为“七子”。
从天启四年到天启六年（1624年到1626年），经过天启的血腥清洗，并毁禁天下书院，帝国正式结束了波澜壮阔的东林时代。从此历史进入小东林时代，也就是复社时代，并且在下一个朝代继续影响着政局。
崇祯的雷霆手段
天启皇帝大概跟他的父亲泰昌一样患有某种慢性疾病，在一次落水后便一病不起。天启七年（1627年），22岁的皇帝突然走到了生命的尽头。熹宗曾有过子嗣，但都夭折，皇位将第四次进入外藩手里，这是我们不得不注意的问题。事实表明，外藩继位由于继位者的自卑和惶恐而导致的一些偏激的行为会在日后显露出来。猜忌、刻薄、求治心切都将在他们这类帝王身上表现出来。稍有不慎，此种行为甚至会将帝国搞得崩溃。但是，我们仍要搞清楚一个问题，即使是以外藩身份继位，他也是按照宗法制的伦序原则继位。在这方面，继位者拥有无人可置疑的合法性。
天启七年（1627年）八月，朱由校的弟弟朱由检登上皇位，次年改元崇祯，是为崇祯皇帝。朱由检跟朱由校一样，他的母亲也是早死。朱常洛大概害怕万历知道他的妃子刘氏死亡，便让人悄悄地埋在了西山上。此时西山上有个申懿王朱祐楷的坟墓。朱祐楷是宪宗皇帝的第十四子，在还没有就藩的时候就去世，所以埋在了西山。当朱由检思母心切的时候，便偷偷地问宫中宦官：“西山上有申懿王的墓吗？”
内侍答：“有。”
朱由检又接着问道：“申懿王附近有刘娘娘墓吗？”
内侍答：“有。”
听到这里，朱由检幼小的心灵便悲切起来。他便让宦官偷偷地去祭奠。待到宦官回宫回复的时候，朱由检不禁泪流满面。朱常洛知道后，便让宠妃李选侍照料朱由检。此时李选侍已经在照料朱由校。由于朱由检是次子，李选侍对待朱由校和朱由检的态度明显不同。这种冷暖朱由检自知，所以，他的童年似乎过得比朱由校还要艰苦。但随着李选侍生下皇八妹，这种情形似乎开始改观。
由于李选侍产下八妹，朱常洛便将照顾朱由检的任务交给庄妃来做。由于庄妃没有子女，所以对朱由检格外照顾，这无疑使朱由检度过了一段快乐的时光。也正是庄妃的过分溺爱，所以使得朱由检养成了任性的性格。
在朱常洛死后，朱由检似乎失去了依靠。文官们的疯狂表演，李选侍的哭闹，还有宫内关于朱常洛死亡的种种流言，这些都使得只有10岁的朱由检瞪大眼睛望着这一切。这不需要他思考什么，他也思考不了什么。
好在皇兄朱由校爱护朱由检，将朱由检封为信王，还不用去就藩，仍旧住在宫中。天启四年（1624年），庄妃逝世，朱由检的周围再次面临真空状态。这个时候，宫内开始传播流言蜚语，说是魏忠贤和客氏害死了庄妃。不仅如此，朱由检对魏忠贤和客氏的跋扈早就看在眼里。在这方面，他跟天启的皇后张氏结成了联盟，似乎成了宫中专门跟魏、客两人作对的一支力量。
也就是在这个时候，这种冷峻的宫廷生活养成了朱由检谁也不相信的性格。按照常理说，宫廷生活莫不如此，但这些因素无疑在朱由检身上放大了。朱由检这个时候便显示出了双重性格：他时而冷静，时而暴躁；时而显得有主见，时而又显得语无伦次。天启七年（1627年），朱由检大婚，选的是大兴县生员周奎的女儿。天启还特地将信王府修缮一新，供朱由检居住。
当朱由检登上皇帝宝座后，那种发自内心深处跃跃欲试的冲动开始油然而发。他面临的首要问题就是剪除以魏忠贤为首的阉党。因为魏忠贤一直作为自己的对立面存在，他甚至在天启面前控告自己要谋反。虽然崇祯已经做出了这样一个决定，但他并不明白皇兄为什么要重用魏忠贤。
天启的死和崇祯的上台对于受苦受难的东林党人来说无疑是一种福音。他们期盼着局势能有所改观，但这也不是举手之间的事情。阉党势力已经渗透到各个行业、各个部门，事情仍旧需要步步为营。
崇祯继位后一切仍是照旧，王体乾、魏忠贤这两个宦官依旧大权在握。崇祯还不断地询问他们前朝的政事安排，或者向他们咨询。崇祯继位后，一切都是有条不紊地进行，也显得很安静。可是这种安静却令魏忠贤感到不安。按理说，作为魏忠贤死对头的朱由检上台后，应该清算魏忠贤才对，可是一切照旧。这的确太不正常了。魏忠贤的分析是对的，越是不正常的事情越令人担心，因为你看不见未来的结局。
为了试探崇祯皇帝，魏忠贤开始主动出击。九月，他向皇帝提出辞去东厂提督一职。崇祯皇帝不仅没有答应，反而劝慰一番。崇祯的此番举动令魏忠贤悬着的心更悬了，他决定继续试探。魏忠贤又上疏请求免去宫中治丧香蜡上的3万两花费，崇祯这次准了。这样一来，魏忠贤心里又在忐忑不安，皇帝同意减免天启的治丧费用，意味着对前朝旧事并非完全留恋，但是却又对自己一再挽留，魏忠贤摸不透皇帝的心思。
眼见自己试探不出来个所以然，魏忠贤便让掌印王体乾去试探。因为从崇祯对王体乾的态度就可以看出崇祯对自己的态度。在香蜡事件后的第二天，王体乾就上疏请辞，崇祯同样是宽慰一番，没有答应。接着，魏忠贤第三次出马试探，他要求各地停止修建自己的生祠。面对这番请求，崇祯给予批准。崇祯答应了魏忠贤的这番请求，正是以安其心。如果对于停建生祠的请求皇帝不批准，反而显得皇帝在防范他，因为修建生祠的确跟规制不符。
魏忠贤的几番试探都被崇祯化解，但他仍然没有看出个所以然。他又让江西巡抚和巡按分别上疏请求为他建生祠，以试探皇帝的进一步反应。到了这个时候，皇帝仍然有耐心陪他继续玩下去。面对江西巡抚和巡按的上疏，崇祯以“前番已有旨意”糊弄过去。
为了彻底打消魏忠贤的疑虑，崇祯开始对阉党成员大加封赏，赏钱、赏物、赏名号、赏官职。经过崇祯皇帝不厌其烦的表演，魏忠贤的疑虑虽然没有完全打消，但心里也稍稍安定了下来。
魏忠贤这边歇了下来，但是皇帝并没有歇下来。从天启七年（1627年）底，崇祯就将原信王府的太监调入宫中担任自己的近侍，又将跟自己关系亲密的徐应元调入司礼监，接着将跟魏忠贤关系密切的宦官纷纷斥退到南京。就这样，皇帝不动声色地将内廷悄悄地控制在手中。皇帝这边在跟魏忠贤过招，天下的臣僚也看在眼里。这里有失势的东林党，但更多的却是阉党文官。他们大多是官场上的投机分子，他们在揣摩这位新皇帝的心思，随时准备跟上皇上的脚步。
事实证明，阉党就是一个松散的联盟。皇帝还没有动手，这个党派就已经开始互相咬了起来。天启七年（1627年）十月份，都察院云南道御史杨维垣大概嗅到了什么味道，他便上疏弹劾阉党骨干分子兵部尚书崔呈秀。杨维垣属于阉党成员，虽然在对“三案”重新定性中出力不少，但长期得不到重用。现今政治气候陡然生变，杨维垣便产生了改头换面的想法。
杨维垣的上疏并没有使崇祯皇帝表现出过多的兴奋，他对杨的奏疏置之不理。杨维垣接着又第二次上疏，对崔呈秀进行更加激烈的弹劾。这回皇帝受理了杨维垣的上疏，勒令崔呈修回家。崇祯此举无疑是向外廷释放出了一个强烈的信号。天下官僚终于摸准了皇帝的旨意，弹劾阉党的奏疏纷纷飞进乾清宫，而且矛头逐渐指向魏忠贤。
我们看到，皇帝还没有对外廷动手的时候，外廷就已经自乱阵脚。天启七年（1627年）十一月份，新皇登基3个月后，崇祯开始处理魏忠贤。崇祯一一列举魏忠贤的罪状，将魏忠贤贬至凤阳守陵，将客氏打发到浣衣局洗衣服。魏忠贤行至河北阜城县时自尽身亡，客氏在浣衣局也被虐待至死。接着，各部院的阉党文官皆被一一罢免或定罪充军。
崇祯皇帝在崇祯元年（1628年）到来之前，以雷霆手段将阉党骨干一网打尽，其速度不可谓不快，手段不可谓不猛，帝国正在遭受剧烈的变动。崇祯的行为反映了他对阉党的刻骨仇恨，但这一行为却轻易地击碎了天启好不容易获取的稳定局面。失去制衡的帝国再次变得重心不稳，并在17年后轰然倒塌。
温钱互攻
阉党既除，东林党自然迎来了春天，东林党人韩爌再次成为内阁首辅，东林党的其他人李标、钱龙锡纷纷进入内阁。帝国再次迎来东林内阁的时代。我们可以将之冠以后东林时代，因为这个时代的东林人士较前期要圆润得多。他们或许汲取了天启朝的那种血淋淋的教训，在一些问题上开始变得踌躇起来。
与此同时，朝中还有一批无党派人士，这些无党派人士仍旧被东林党冠以阉党。为了区分方便，我们将这些无党派人士称为后阉党。
此时的崇祯皇帝踌躇满志。他似乎想大干一番。但有一个不容忽视的问题，那就是朝堂是空的。不仅如此，从中枢到地方，甚至在军队，过去万历、天启朝的那些精英都到哪里去了？无论对于历史学家来说，还是对于读者来说，崇祯朝出现的大都是一些陌生的名字。我们甚至不知道他们突然从何处冒出来的。原来经过天启和崇祯两朝的政治清洗，一批精于政务的成熟官僚皆被斥退。
崇祯二年（1629年），崇祯让韩爌内阁开始拟定阉党的名单。韩爌开列了几次都不能令朱由检满意，皇帝明显是想将这次政治清洗扩大化。最终确定的名单高达300多人：首逆同谋6人，判斩；结交近侍19人，判斩；结交近侍次等11人，充军；逆孽军犯35人，充军；谄附拥戴军犯15人，充军；结交接近侍又次等129人，削籍为民；结交接近侍减等44人，致仕。另外，魏忠贤和客氏的亲属以及宦官又有50多人受到处罚。
在这300多人中，从内阁首辅到部院大臣，各道御史、各科给事中，还有各省、各府、州县的官员，包括边关统帅诸如蓟辽总督阎鸣泰、王大臣等人。崇祯年间的政治清洗无疑比天启年间的政治清洗规模更大。他不仅使帝国丧失了大批成熟的官僚精英，更使得群臣之间离心离德，在朝之人惴惴不安，在野之人针锋相对。虽然崇祯年间的党争不似万历、天启两朝那么尖锐，但这种温吞吞的内耗往往更伤精力。这种无情的扩大打击面的行为既反映了崇祯皇帝偏激的性格，更反映了这个皇帝本身的稚嫩性。他的这种性格缺陷还将会影响这个帝国的平稳运转。
崇祯即位后就将阉党内阁斥退，所以在崇祯元年（1628年）组建一套新的内阁班子已经是迫在眉睫。崇祯皇帝曾经想成为一个独立的、不受党争支配的皇帝，但在崇祯元年（1628年）的这场内阁阁臣会推中，他还是不可避免地卷入廷臣的党争之中。
礼部尚书温体仁、礼部侍郎周延儒无疑是崇祯朝非东林人士中的活跃分子。跟崇祯朝的大多数官僚一样，周延儒也是由南京任上调到北京。他跟温体仁一样属于无党派人士，这类人士在崇祯朝廷注定将会是孤独者。崇祯元年（1628年）冬，皇帝命吏部会推阁臣。由于温、周二人都不是东林党人，所以此次会推两个人自然不在考虑之列。
在东林党人钱谦益的运作之下，此次会推的入选名单全部是东林党人。这的确不是一种正常现象，因为礼部几个侍郎都入选了，但是温体仁这个礼部尚书和周延儒这个礼部侍郎却没有入选。崇祯元年（1628年）的政治生态似乎又重回天启元年（1621年），皇帝似乎对天启为什么要那么严厉地打击东林党人有了初步的认识。因为这个党派跟其他党派不一样，它过于自私，过于党同伐异。
周延儒的落选比温体仁的落选更让人不可思议，因为周延儒一直是深得崇祯信任的人。崇祯元年（1628年）锦州士兵因为欠饷而哗变。群臣都劝皇帝赶快发饷安抚，但此时财政困难。崇祯对此问题很谨慎。周延儒体会到了崇祯的心思，便上疏说道：“现在朝廷需防山海关到宁锦的官兵，前番宁远哗变，朝廷发饷抚之。如今锦州又效仿，长此以往，各地皆效仿之。况且各地驻军粮食充足，单纯的缺饷引不起哗变，所以士兵的哗变一定是军官在煽动。”
周延儒的看法正符合崇祯的心思。他认为这个人跟自己是一条心，从此越发依靠周延儒。在吏部会推阁臣这件事情上，崇祯跟吏部打过招呼。如今周延儒落选，崇祯自然认为这里面有猫腻。看来自己想避免党争是不可能的，真是树欲静而风不止啊。
周延儒和温体仁认为这是打击东林党的好时机。周延儒四处散播钱谦益操纵会推的事实，温体仁更是上了一道《直发盖世神奸疏》，揭发天启二年（1622年）钱谦益主试浙江时收受童生钱千秋的贿赂，以一句水平不高的诗“一朝平步上青天”作为依据定为乡试第一名。由于此事跟此次会推都涉及人事方面，所以不由得崇祯对钱谦益更加产生怀疑。
崇祯决定召钱谦益和温体仁当面对质。钱谦益到了文华殿，就看见温体仁和部院、科道大臣立在那里。崇祯劈头盖脸地就问前朝早已结案的科考舞弊案，钱谦益顿时被问蒙了。他没想到皇帝竟然翻出前朝旧案。
接着，崇祯便令钱谦益跟温体仁对质。
钱谦益说道：“此案是由金保之、徐时敏做下的，况且此案已结，刑部有案卷在。”
温体仁说道：“事发后，钱千秋在逃，来刑部过堂的金保之、徐时敏都供称你是主谋，此事既有人证在，如何能隐得？”
两个人扯皮扯了良久也没能说出个所以然，崇祯便命人将温体仁参钱谦益的参疏和钱谦益的辩书一起拿来观看。由于崇祯对这些人不熟悉，所以此次推选阁臣崇祯采取的是将被推举的名单放在瓶子里，以抓阄的方式来决定阁臣的最终名单。故而此次最终决定人选带有占卜的味道。所以，当崇祯看见温体仁的奏疏中称“神奸结党欺君”“枚卜大典一手握定”等字句时便向温体仁问道：“奸党是谁？枚卜大典谁人一手握定？”
温体仁答道：“谦益之党甚多，臣还不敢尽言。至于此番枚卜，皇上本来希望能公正地推举一些真才实学之人，但实际上一切都是谦益在背后操纵。”
温体仁说完，吏科给事中章允儒说道：“钱千秋一案早已了结，体仁因为人品不行，所以此次会推没有入选，故而放炮。如果谦益真涉及千秋一案，为何体仁不在会推之前放炮？”
温体仁立即反驳道：“章云儒替钱谦益说话，正可见科道官员都是钱谦益一党。枚卜之前，谦益无足轻重，我参他做甚？如今谦益成了入阁的热门人选，为了替皇上把好用人关，我自然要参他。”
章允儒随即又反驳道：“历来小人陷害君子，皆冠之以‘党’字，昔日魏广微陷害赵南星、杨涟皆是如此。”
崇祯听见章允儒将温体仁往阉党身上攀扯，不禁大怒，立即让锦衣卫将章允儒架了出去。接着，温体仁又说道：“吏部尚书王永光屡次上疏乞休，且谢门不出，钱谦益指使瞿式耜上门去让王永光将此次会推交给吏部侍郎张凤翔主持。”
听体仁这么一说，崇祯便质问王永光。王永光不好得罪东林党人，只好让皇帝去问科道官员耽志炜。听王永光这么说，体仁继续紧跟不放，他连忙说道：“你是六卿之长，执掌会推大事，为何要推到司官身上。”
御史房可壮奏道：“臣等会推是公议。”
“会推推的是钱谦益这样的人，难道能说是公议？诸臣奏来。”崇祯反诘道。
阁臣李标接着说道：“浙江科考一案的确跟谦益无关。”
温体仁又连忙说道：“陛下你看到了吧，满朝皆是钱谦益一党，钱谦益若不受贿，钱千秋现在就在京师，而且经常往谦益府上跑，就是希望谦益能够入阁，自己好继续参加会试。”
李标又说道：“前次已经召钱千秋对质了。”
崇祯连忙说道：“钱千秋闪烁其词，不可凭信。”
眼看皇帝完全倒在了温体仁这一边，周延儒连忙上前帮腔：“皇上再三让臣等回奏，为什么诸臣不敢奏呢？一者畏惧天威，二者碍于情面，总之，钱千秋一案有凭有据，陛下不必再问臣等。”
崇祯听周延儒这么说，又连忙说道：“朕让九卿科道会推，竟然推的是这样的人，为何不奏？”
周延儒又说道：“大凡会推，表面上看起来公，实际上就是一二人把持，臣等说也没有用，徒引来灾祸而已。”
周延儒此举等于是将所有责任推到东林党一边。温体仁乘机又补充道：“臣乃孤身之人，满朝俱是谦益一党，臣哪敢说啊。此次上疏也是面对会推如此大事，也是为了陛下，为了江山社稷不得已而为之。此事过后，谦益一党必定要报复。臣恳请陛下批准臣回归故里。”
崇祯说道：“汝既为国劾奸，何必求去。”
到了此刻，温体仁、周延儒已经做足了戏。崇祯元年（1628年）十一月份这场臣僚之间的对质以温体仁、周延儒的完胜，钱谦益的完败而结束。因为温、周二人都是有备而来，毫无思想准备的钱谦益和他的同僚们面对皇帝咄咄逼人的问话早已显得语无伦次。无论双方如何交锋，崇祯元年（1628年）的这场温钱互攻在它开始之前就已经定了胜负，因为皇帝的重心已经倾斜。
钱谦益被免职回乡听堪，钱千秋被刑部重新提审，其他的涉案官员章允儒、房可壮、瞿式耜、梁子璠被一一降职。温体仁、周延儒皆以礼部尚书兼东阁大学士的头衔入阁，两个人弹冠相庆。由此崇祯朝依然没有逃脱党争的宿命。
事实表明了东林党在政治上的幼稚。他们丝毫没有从历史中汲取教训，他们并不甘心，很快就有御史毛九华弹劾温体仁在杭州给魏忠贤建生祠，还作诗歌颂他；接着又有御史任赞化弹劾温体仁娶妓女为妻、收受贿赂、欺男霸女、夺人田产、干涉诉讼，又说周延儒跟阉党内阁成员冯铨来往紧密。由此可见，东林党千方百计地将温、周二人往阉党阵营里划。实际上此时温体仁、周延儒已经深得崇祯信任，如今毛九华、任赞化上疏弹劾温体仁、周延儒只能使崇祯对东林党的疑心更重，正所谓“攻者愈力，疑者愈坚”。
崇祯皇帝又令温体仁跟毛九华、任赞化对质。温体仁说：“我若给魏逆写诗，必有原稿，但现在原稿在何处，为何只见一个木刻本，陛下可让人找到刻字的木匠，问他原稿从何处而来？”
听完温体仁的叙述，崇祯便让毛九华答话。毛九华说：“这个木刻是八月份在路上买的。”
崇祯问：“八月份买的，为何到了十二月份才报告？”
九华答：“我十月份要考试。”
体仁连忙说道：“我参谦益是在十一月份，既然九华十月份要考试，为何不在考完试立刻参臣，反而要等到十二月份臣参完谦益再来参臣？臣入仕三十年来从未弹劾过别人，只因参了钱谦益，才导致攻者四起。只要能杀臣逐臣者无所不用其极，毛九华系谦益一党无疑。”
“体仁辩的是。”崇祯说道。
接着，崇祯又召任赞化进宫奏对，崇祯对任赞化说道：“九华参体仁写诗一事况且不实，汝为何又说那些无根之事？”
任赞化支支吾吾地对不上来，温体仁又赶紧说道：“赞化疏全是诬捏，凡去过臣家乡者都知道，臣娶的是陈与郊的女儿，乃正经人家之女。此一查可明，事事无影，虚捏如此。”
任赞化又连忙奏道：“臣之所言乃采访公论，京城的人都是这么说。”
温体仁又连忙将任赞化与钱谦益结党的证据一一罗列出来。就这样，这场东林党人事后发动的反扑运动被温体仁轻松化解，皇帝将毛、任两人降级外放。事实上，温体仁和钱谦益都不是善类。但在这场崇祯元年（1628年）的政治互攻中，温体仁凭借他那种雄辩的口才和抓住崇祯的心理，以及高超的政治攻击技巧，在东林党人正准备卷土重来之际，凭借一己之力就将这伙人打得集体噤声。在魏忠贤刚刚自尽而去的时候，温体仁就接着向东林党人开炮，无疑显示出了一种超强的胆量。
也许东林党人至死也不明白，为什么总有这么多人前仆后继地跟他们这个团体作对。他们这种锲而不舍的精神同样碰到了那些具备锲而不舍精神的人。崇祯元年（1628年）的这场内阁会推事件，已经让皇帝对东林党产生了不信任感，而崇祯二年（1629年）的“己巳之变”却使得东林党的垮台加速到来。
己巳之变和东林内阁的垮台
从后金进攻大明那天起，这个新兴的政权没有一天不想跟明廷议和。他们只是想通过战争的方式来获得更好的生存环境，获得更自由的贸易条件。努尔哈赤在打下抚顺后就希望跟明廷议和，但被万历皇帝所拒绝。天启二年（1622年），广宁之败后，努尔哈赤就提出议和条件：将辽河以西、大凌河以东作为缓冲区，后金为明廷附属汗国，明廷承认后金对辽河以东土地的占领，双方每年互贡，并开放民间贸易市场。
从天启二年（1622年）一直到天启五年（1625年），明金之间处于休战状态。努尔哈赤一直等着明朝方面派使来议和，结果不仅没有等来议和，反而是明廷在辽西大修关宁锦防线，乃至天启五年（1625年）孙承宗偷袭耀州。天启六年（1626年）正月，努尔哈赤率大军进攻宁远明显带有以战逼和的意味。
在努尔哈赤死后，皇太极执掌权柄。皇太极依然奉行跟明廷议和的对外政策，但此时明廷上下根本没有考虑过此议。自从故宋灭亡后，明政权十分忌讳对外议和。当时间到了晚明，这一僵硬的对外政策仍旧束缚了大明王朝的手脚，从而牵制了帝国过多的资源。
蓟辽总督袁崇焕在处理后金的关系方面实行灵活政策，他一直希望能通过议和来解决辽东问题。在皇太极上位后，他们之间便开始了书信往来。从崇祯二年（1629年）元月起皇太极就迫不及待地派郑信和任大良携带自己的亲笔信去宁远见袁崇焕，商讨议和。
七月初十日，皇太极派任大良携带给袁崇焕的回信前往宁远。皇太极的这封议和信比前几次写得更加详细，更加诚恳，以显示自己的议和诚意。皇太极在信中说道：
金国汗致书于大明国袁大人，我看了我派去的使臣带回来的信，你在信中说辽人祖先的坟墓都在辽东，让我归还辽东土地，我认为此议不妥。辽东之地乃是我们夺取的，并不是你们赐予的。昔日我们两国并没有间隙，和睦相处，你们占据九州万方之地，也太不满足了，还要掠夺我们的土地，私自划界三十里，不让我们越过，至此导致战端开启。老天爷辨别是非，将辽东之地赐我，所以辽东乃上天赐予我们的，怎么能归还呢？
自古以来，兴衰不取决于你们大国，夫天下者，非一人之天下，乃众人之天下也，天赐于谁，则谁得之。昔日大辽为天子，金太祖是大辽的属国，后来大辽皇帝不仁道，而金太祖乃正直之人，所以上天将大辽的辽东土地赐予金太祖，金汗予跟大辽和好，而大辽妄自尊大。后来大辽征讨金国，上天又将大辽之地赐予大金，天赐之地，大金岂能复归还大辽。后来金帝不道，上天将大金西边的土地赐予大元，元太祖派遣使臣议和，金国将使臣羁押，后来上天又将大金土地赐予大元。天赐之地，大金岂能复得乎？后来大元悖逆不道，大元被明太祖取而代之，如果蒙古人向大明索要土地，岂能还之？
至于你在来信中质问我们为何要征朝鲜，这就更荒谬了，历史上一直是朝鲜在征我们，将我们的先人从鸭绿江以南赶杀到鸭绿江以北，朝鲜征了我们那么多次，我征一次有何不可？再说了，我征朝鲜干你们明国什么事？
辽东虽然有小民遗骸，但难道没有大汗和诸贝勒的坟墓，我向以忠心相处，而万历帝不容，无故欲伐我，迫不得已，告天征之。若不被迫，我等小国岂敢征讨大国耶，天不问国之大小，但论事之是非，故以辽东、广宁地方赐我，若非天赐，辽东、广宁诸坚固之城，及数万之兵守之，即以我少数之兵士，何能克之？自古以来，各国相善则敬之，相恶则报之，此皆自然之理，大人之所知也。我愿罢兵，共享太平。
尔国官员文士都可以向尔帝进言，然而你们都视尔帝如在天上，你们又将自己看作是神，总是拿议和不能跟你们的皇帝说来搪塞，又拿议和不合你们大臣的心意来推脱，不让我们的信使直达京城面见皇帝，总是就地遣返之，这比当年大辽欺负大金尤甚。今诚心遣使，切盼大人复言。另外，上回虽然没有议和成功，但仍旧优待我使臣并遣返，今特此致谢。
皇太极的这封书信可以说写得声情并茂，有血有肉，声泪俱下，读之让人感慨不已。由此可见皇太极有极高的汉学修养。他首先驳斥了袁崇焕让他归还辽东一说，接着重点指责袁崇焕从中作梗，不让他的信使直接抵达京城面见崇祯皇帝，从而导致明金之间一战再战。
正月十六，袁崇焕让赵登科携带回信给了皇太极。袁在信中说道：
奉帝命巡辽调兵之兵部尚书袁复书于汗陛下：今观汗复来之信，才知道大汗顺天造福的善心，天之心即汗之心，亦即我之心也。汗若诚心，我岂可弄虚；汗若实心，我岂可作假。两国兴衰均在于天，虚假何用？只是十载军旅，一旦罢之，虽奋力为之，也不是三四人所能胜任，三言两语所能了结。白喇嘛我见过两次，请再思之。
到了七月十八日，皇太极的回信就来了。皇太极在这封信中措辞强硬。
金国汗致书于大明国诸臣：我欲息兵以享太平，曾屈尊遣使议和。据闻尔兵部不愿和好，仍愿再战。尔等出能御敌，入能治民，但我每次发兵兴讨，尔等军士被杀，人民被掠，尔等出而不战，袖手坐观；我欲修好，尔等毁坏和议，不念将士军民之死伤，更出大言，导致战争不息。尔等若想和好而我不从，导致起兵端，我民被杀，则非尔等杀之，乃是我自杀之；但是我欲和好，而尔不从，致起兵端，尔民被诛则并非我诛之，乃尔自诛之也。
通过七月十八日这封信可以看出皇太极已经对袁崇焕打的太极拳厌烦了。在前面来往的书信中，袁崇焕一直说议和的事情必须让边臣来谈，让阁臣参与进来不妥当。而皇太极不想让袁当中间人，他想让袁将书信直接呈递崇祯皇帝。但袁崇焕实行的议和政策乃是私下议和，况且当时的大明根本没有议和的政治氛围，谁谈议和就是死路一条。皇太极根本不知道这点，反而被袁崇焕不断地忽悠。
崇祯元年（1628年），袁崇焕入京的时候曾经跟内阁阁臣钱龙锡、兵部尚书王洽商讨过此事。钱龙锡、王洽皆不同意议和，关键是议和跟明王朝的对外政策不符。若非最高统治者做出此决定，其他大臣皆不敢提及此事。
但袁崇焕显然对此很热衷。他清楚地看到以明王朝当时的实力根本不可能战胜后金，唯一的出路就是议和。所以在努尔哈赤逝世的时候，他便派喇嘛去吊唁，跟皇太极商讨议和的事情。但他自己又做不了主，所以一直在跟皇太极打太极。他希望在崇祯不知道的情况下，他能够以边帅的身份跟皇太极达成私下里的议和。崇祯二年（1629年）六月，袁崇焕去双岛杀了皮岛总兵毛文龙，也正是给私下里议和扫清了障碍。因为毛文龙手下的东江军时常骚扰后金。但皇太极需要的是堂堂正正的议和，他的根本目的还是为了通过贸易获取所需要的物资。
崇祯二年（1629年），皇太极对袁崇焕议和的诚意产生了怀疑。他想带兵绕过袁崇焕来到北京城下，将议和的意思直接告诉崇祯皇帝。
这个时候后金境内的饥荒已经由不得皇太极继续拖延下去了，他急需议和成功，这样好用后金境内的人参、貂皮、东珠来换取粮食、布匹。
崇祯二年（1629年）十月份，皇太极率领7万大军越过喜峰口向遵化杀来。十一月十七日，皇太极的大军抵达北京城郊牧马场。此时朝廷乱成一锅粥，从内阁到兵部拿不出任何有效的应对措施。朱由检在那里不停地骂。当皇太极的大军抵达京城牧马场的时候，朝廷还以为他的大军在遵化。大同总兵满桂在没有接到兵部调兵函的情况下，自行带兵进京勤王。
很快各路勤王之师向京城奔来。十一月二十日，大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄在德胜门击退后金军的进攻。王承胤部不战而退。袁崇焕、祖大寿带领关宁军稍战且退，将他们后面沙窝门前充当预备队的京营暴露给了后金军队。京营士兵在游击刘应国、罗景荣和千总窦浚三位将军的率领下正面迎击后金军，一直追击到运河，杀敌千余，自己损失数百人。
至此，京城保卫战结束。二十二日，皇太极让被俘虏的王姓太监送议和书进城给崇祯，眼见递进去的议和书了无音信。十二月初一，皇太极率大军开拔，在京畿附近又劫掠了一些物资。
京城保卫战后，崇祯知道是由于袁崇焕在底下瞎议和导致皇太极入关。袁崇焕既然想议和，所以不可能跟后金死战。所以无论是有意识，还是无意识，袁崇焕在蓟镇放跑了皇太极。基于这些因素，朱由检便将袁崇焕下狱。由于袁崇焕在议和的事情上跟内阁钱龙锡和兵部尚书王洽商量过，所以，此事最终还牵扯到在朝的东林党人。而对于皇太极来说，他还是过于理想化。他简单地认为带书信给崇祯皇帝就能促成和议，他也简单地认为带兵入关能够逼和；但是，他不知道即使打入北京城绑了崇祯皇帝，大明朝廷在南京另立一个皇帝也不一定会议和。这一点是在洪武宪法里就已经明确了的，包括皇帝在内，没人敢提出议和，即便他们想议和。
崇祯二年（1629年）的这场皇太极入关事件被称作“己巳之变”。这可以看作崇祯元年党争的延续，因为这一突发事件最终摧垮了东林党内阁。
“己巳之变”对于非东林党人来说，或者对于“后阉党”成员来说无疑是一个机会。锦衣卫在狱中拿到了袁崇焕的供词。袁崇焕说，关于杀毛文龙和议和等事情曾经跟内阁阁臣钱龙锡、兵部尚书王洽商量过。袁崇焕以为抬出这两个人可以解救自己，但殊不知，不仅没能解救自己，反而害了自己。接着，御史高捷、史范相继以袁崇焕的事情弹劾钱龙锡、王洽，结果钱龙锡被迫致仕，王洽被下狱。
后阉党分子除掉了钱龙锡与王洽，但内阁还有首辅韩爌、次辅李标。接着，阉党分子又继续发动对韩爌的攻击，将袁崇焕杀毛文龙的事情往韩爌身上攀扯。韩爌自从再次入阁以来，毫无建树，不能设一策，不能拨一人，坐视成败。他已经感到时事不可为，便主动辞去职务。韩爌既走，李标接任首辅。阉党分子接着又弹劾李标。李标走后，周延儒成为首辅。这样，从崇祯元年（1628年）冬天的这场党争一直到崇祯三年（1630年）才基本平息下来。这场党争的主要原因是东林党在会推中应对失策，但深层原因还是朱由检在执政中发现了这个党派的一些问题，那就是东林党出身的官员不合用，只会空谈，在面对“己巳之变”这样的突发事件时毫无对策。这个时候，朱由检跟朱由校一样产生了将东林党人全部罢斥的想法，而“己巳之变”无疑加速了这种想法的实施。
崇祯三年（1630年）八月份，皇帝将袁崇焕凌迟处死，钱龙锡被下狱。皇帝固然痛恨袁崇焕私自议和招来了皇太极，但深层原因还是为了给打击东林党确立一种合法性。在这方面袁崇焕似乎跟熊廷弼之死有些类似，但崇祯残酷地对待袁崇焕也显示出了这个皇帝偏激的性格。
崇祯二年（1629年）的“己巳之变”，跟正统十四年（1449年）也先携明英宗进北京，还有嘉靖二十九年（1550年）俺答进犯北京，皆有异曲同工之处，都是部落民族在议和不成的情况下，直接率兵来到明王朝的首都，一来直接带信给皇帝，二来带有逼和的味道。
当年也先也是通过英宗宦官喜宁来跟北京议和，后来每次议和书信都被于谦阻挡。在这种情况下，也先便携明英宗前往京城议和。嘉靖年间，蒙古俺答部也是在长期议和无望的情况下，在严重的生存危机威胁下，才于嘉靖三十九年（1560年）进入大明境内劫掠。
现在看来，当天启皇帝正准备收拾东林党的时候，如果熊廷弼不让家人贿赂汪文言，也许他就不会死。同样，当崇祯皇帝正在一步步地斥退东林党的时候，如果袁崇焕不在私下里跟钱龙锡、王洽密谈，或者在锦衣卫审问的时候不交代此事，他大概也不会这么快惨死。毕竟像杨镐、王化贞这样比袁崇焕更失职的文官也是在被关押多年后才死去。如果形势有好转，他们不会死也不是没有可能。
当崇祯想罢黜东林内阁的时候，苦于找不到理由，所以便将袁崇焕定成死案。东林人既然跟死案分子有接触，那么自然就可以凭借此事打人。关于这一点，黄宗羲有清晰的看法。他在写给钱龙锡的墓志铭中写道：“逆党之恨公者，以为不杀崇焕，无以杀公。”
无论如何，洪武成例有许多准则是人们要遵守的，尤其是阁臣切勿接近边臣。
中兴之梦
崇祯以外藩继位，他跟永乐皇帝一样希望成为一代伟大的君主，挽救明王朝衰弱的局面。但此时的明王朝经过200多年的运转已经积重难返。无论崇祯皇帝如何殚精竭虑，中兴之梦始终成为一场泡影。
崇祯继位之初也将经筵作为一个重点来进行，他甚至将日讲也保留了下来。但崇祯跟其他皇帝明显不同，他不满足于讲课先生的照本宣科，他希望让讲课先生联系实际，他甚至提出一些问题让讲课先生回答。但是，讲课先生受制于水平有限，通常不能给予令朱由检满意的回答，这个时候免不了使得这位新皇帝对这些儒生失望。
一次他问内阁阁臣周道登：“‘宰相当用读书人’何解？”周道登支支吾吾地答不上来，便说道回去查查书再来。接着，崇祯又问道：“近来大臣奏疏中多提到‘情面’二字，何为‘情面’？”周道登支支吾吾又无法应对。
一次在礼部右侍郎徐光启讲完《中庸》后，崇祯向徐光启问道：“‘知天地之化育’和‘其孰能知之’这两者是一回事吗？”徐光启答道：“一个强调内知，一个强调外知。”崇祯笑道：“‘知’难道有内外之分吗？”虽然崇祯对儒家经典的理解有些肤浅，但这也反映了他敢于怀疑经典的精神。
崇祯的风格无疑跟前代皇帝不同。每次经筵或者日讲，对讲官来说不再是他们展示自身才华的时刻，而是提心吊胆、惴惴不安的时刻。崇祯十一年（1638年）的一次春讲后，皇帝问礼部左侍郎顾锡畴等人，保举与考选二法哪种选人方法最可靠，结果顾锡畴等人又答不上来。由此可见，明代的一些官员，尤其是翰林院出身的官员，尽管对孔孟之道熟知于心，尽管辞章华丽，尽管满腹经纶，但一旦逆向行之，则显得捉襟见肘。
崇祯对于这些内阁阁臣的真实水平心里自然有一杆秤，所以崇祯一朝开始改变内阁阁臣选自翰林院的方式，开始注重选择一些有实际政务经验的人。崇祯认为这些由科举而选入翰林院的人，虽有才学，但不谙政务，脱离实际，坐而论道可以，但实际操作不行，尤其是应对突发事件不行。为了改变这种格局，朱由检一方面将地方上的知州、知县选入翰林院，另一方面让地方官经过吏部会推直接进入内阁。这种办法无疑使得内阁焕发出了一种活力。
崇祯七年（1634年）的三月，又是一个大比之年。当崇祯看到那些鱼贯而入的考生时，他完全没有李世民那种“天下英雄入吾彀中矣”的感想。对于他来说，这些考生都是废才。此次殿试是由朱由检亲自出题。朱由检改变过去殿试那种空而大的试题风格，出的全是针对时弊的题目。
在这次殿试中，崇祯一连提了八个问题：
一、跟朕共治天下的是士大夫，但如今士大夫品行不端，朕想让士大夫们恢复古道，有何办法？
二、女真人的地盘地窄人寡，一旦去攻打朝鲜，三韩不守，这是为什么？
三、如今三协和天津、登莱之处朝廷都有重兵把守，导致朝廷军费激增，有何办法消灭后金，恢复疆土？
四、现今流寇蔓延，朝廷缺钱缺饷，一些人不奉公体国，一味让朝廷减免钱粮，朝廷难道不知道抚恤百姓的道理吗？有什么办法既能抚恤百姓，又能充实军费？
五、屯田是解决军费的办法，为何总是不见实际效果？漕粮和马匹都是军队所紧缺物资，为何总是被拖欠？有什么办法杜绝此类问题？
六、如今有没有办法收复河套？对于归降的蒙古人如何安排？蒙古插汉部和河套部联合起来了，有什么办法将他们分开？
七、流寇势大，海盗也时常骚扰，加上水灾、旱灾频发，有什么方法应对之？
八、唐、宋之时文武分的不是那么细致，本朝太祖对人才的任用也颇为灵活，有什么办法提升武将的地位？
这八个问题涉及当前军政、外交、用人等亟须解决的问题。朱由检以“策问”的形式作为殿试试题提了出来，一是想获得一种解决现实问题的办法，二是也想发现一些人才。很可惜，这些参加殿试的贡士都回答不出个所以然来。在此种情况下，朱由检只能对科举考试日益失望。
无论是前面谈到的崇祯在经筵和日讲中对讲官的询问，还是在殿试中转换命题风格，都反映出了大明王朝的这些官吏只擅长就理学、心学发表清谈，难以将他们的知识转换成现实的生产力，其结果就是导致皇帝在用人上的变化。
除了重视有实际政务操作经验的官僚，皇帝还注重恢复洪武时期举荐官员的方法，而且在武举中也更重视考生的武功。他甚至还废除洪武成例，允许朱姓宗室子弟参加科举考试。
崇祯七年（1634年）同样是武选的大比之年。能舞动百斤大刀的只有徐彦琦、王来聘两个人，但发榜时却没有两个人的名字。崇祯一问，原来是因为两个人文场成绩不佳。崇祯不禁大怒。国家罹难至此，还如此重文轻武。崇祯亲自将王来聘点为武状元。后来王来聘在镇压孔有德叛乱时，身先士卒，不幸战死。
崇祯在用人上的确不拘一格。他厌恶科举制，厌恶进士出身制，厌恶四书五经制。他力图实行文武并重、科举保举并重、朝官外官并重的选人用人制度。与此同时，他还试图恢复洪武时代那种肃贪的局面。崇祯继位后，针对官僚贪污纳贿的情况，除了加强御史监察制度外，他还实行厂卫监察、办案的制度。在他的鼓励下，崇祯六年（1633年）、崇祯七年（1634年），厂卫狠办了几件案子。针对边疆军队统帅欺瞒皇帝的情况，崇祯重新恢复了自嘉靖以来被废除的太监监军制度。从崇祯四年（1631年）起，皇帝就陆续派出宦官前往各地监军。很快边关各地就布满了监军的太监，其程度甚至超过了前朝。
崇祯的这些新政措施无疑带有变法的味道，而且可以从刘瑾、汪直、张骢、张居正那里找到影子，所以，自然遭到了既得利益者的抵制。
崇祯九年（1636年），江苏山阳县的一位名叫陈启新的武举跑到宫门外向皇帝进言。他在那里跪了三天。皇帝听说后，便命人将他的奏疏呈进来。陈启新在奏疏上说：“天下有三病。士子写文高谈孝悌仁义，而做官后就恣意妄为，这是‘科目之病’；国初典史授都御史，贡士授布政使，秀才授尚书，嘉靖时还是进士、举贡、杂流三途并用，现在却只用进士一途，举人、贡生不能升至高官，以至于一中进士就行为放诞，这是‘资格之病’；旧制教官也可以作给事、御史，后来稍严，举人为推官、知县者仍可选任，如今只从进士中选用，这是‘行取考选之病’。”
陈启新的“三病论”完全说到崇祯心坎上去了。大概这个陈启新号准了皇帝的脉，崇祯有意将他任命为吏科给事中。虽然这只是一个正七品的官位，但是它掌管着帝国人事的纠察大权。崇祯违背了用人规律，陈启新既不是进士出身，也不是通过考选得此官职，自然刺激了全体官僚。从此，所有人都不跟陈启新来往，而且不断地收集、整理他的黑材料。虽然弹劾一波接一波，但都被崇祯顶了回去。
崇祯对陈启新的任用刺激了其他同样心怀此志的人。武举生员李璡向崇祯进言道：“缙绅豪富之家，大者家产千百万两，中者百十万两，以万计者不可胜数，应令他们以私产输官助饷，可以满足国家急需。”
李璡的言论可以说是捅破了大明王朝的最后一层窗户纸。李璡是想让崇祯学汉武帝那样实行盐铁酒专卖，通过打击富户来获取国家的营建资金，也就是通常说的削中间来补两端。李璡的提议也的确令崇祯心动。但是，此时早已不是汉武帝那个时代，“君权神授”早已遭到了否定，而是“天下非君王一人之天下”的时代。它不仅不是武帝那个时代，就是离洪武、永乐时代也早已遥远。虽然“天下非君王一人之天下”，但“国家却是众人之国家”，如果有富户肯捐资助饷，哪怕拿出家产的一小部分，国家也不会危难至此。当人们全凭个人信条行动，而国家又缺乏可以统一调动的行动资源时，那么帝国的灭亡也就在所难免。
李璡的言论自然引起士大夫们的恐慌。内阁大学士钱士升上疏要求将李璡拿法司问罪，崇祯还是以广开言路的名义将此事推脱了。
崇祯登基以后，的确看出了很多弊病的所在。这些弊病有些是长期的积习，有些是中国2000多年来的传承。虽然他正在试图纠正，但治国本就没有十全十美的方案。崇祯求治心切，旧的系统他试图打碎，新的系统又无法建立。他轻易用人，轻易罢人，这只能使整个国家变得更加动荡不安。
崇祯朝的经济问题比历朝都要突出。在气候冰河期的打击下，各地持续大面积的旱灾导致农业歉收。这种灾情不仅发生在北方，而且发生在南方，其结果就是导致各种税收的拖欠。不仅正税如此，附加税也是如此。崇祯整天拿着账本跟各地督抚算账。就是这种羸弱的财政还要应对巨额的军费和平叛开支，以及四处的赈济。缺饷的士兵和缺粮的饥民时刻会成为威胁帝国的不安定因素，一切似乎又回到了元末。
而此时外部经济也出了问题。随着德川幕府在日本的逐渐掌权，德川幕府开始实行闭关锁国的政策，从日本流入明朝的白银顿时中止。与此同时，整个北半球的气候冰河期使得从欧洲大陆到亚洲大陆的所有国家都陷入了干旱，农业减产。日本爆发了严重的饥荒和叛乱，许多人被饿死。欧洲形势也不容乐观，农民暴动和资产阶级革命此起彼伏。与此同时，海外探险以来所带来的世界贸易也急剧萎缩。这些都打击了中国的出口，导致了沿海手工业的破产。
从16世纪晚期开始，西班牙和荷兰在东方跟葡萄牙人的争夺中相继败北，因为葡萄牙人抢先跟中国的广东省建立了一种良好的合作关系。为了防止葡萄牙和中国的商人赚钱，马德里制定了一项新政策，那就是减少在秘鲁的白银开采。恰巧此时由于秘鲁白银开采量过大，导致白银的开采已经无利可图。所有的这一切交织在一起，使得从17世纪开始流入中国的白银开始剧减。而这对于货币白银化和赋税白银化的中国无疑是灾难性的。
当整个社会都缺银子的时候，农民需要拿更多的粮食才能够换取缴纳赋税的白银。而且白银的稀缺导致整个社会开始窖藏白银，这都会导致更严重的通货紧缩。一旦通缩发生，整个社会经济一片萧条，商户和手工业户开始倒闭，城市开始衰落。帝国从南到北，从城市到乡村都动荡起来，佃户反对地主，奴仆反对雇主，农户也开始抗税。白银的缺乏更是导致私铸铜钱激增，银钱比例扩大，通货紧缩和通货膨胀并存。经济作物的扩大种植和灾荒的持续延绵都导致粮价飞涨，这又进一步导致了人们对于大米的囤积。饥饿的人们开始在乡村和城市到处流浪觅食，很多房屋人去屋空，很多田地也是人去田荒。在江南以及其他地方，即便有钱买宅买地，也买不来大米。这个时候，人们所疑问的是帝国为什么还没有倒掉？
大规模的农民暴动从陕西这个地方开始。在持续干旱的打击下，陕北高原已经是颗粒无收。由于朝廷的财政危机，崇祯对于各地的赋税催促又十分急迫，破产的农村和官吏的催逼将帝国的农民带到了悬崖边上。
崇祯二年（1629年），行人司行人马懋才向崇祯描述道：“臣家乡陕西延安府，去年一年无雨，草木枯焦，八九月间，乡民争采山间蓬草而食。到十月以后，蓬草吃尽，则剥树皮而食。到年终，树皮又尽，则又掘山中石块而食。乡民中有不甘食石而死者，始相聚为盗。在这种情况下，官府仍严加催科，幸存的百姓只有一逃了之。此处逃往彼处，彼处又逃往此处，转相逃则转相为盗，这是盗之所以遍于秦中的缘由。”
天启七年（1627年），陕西澄县农民王二首先举起造反大旗。因为澄县知县张斗耀催缴税款，一个叫王二的人带领几百人冲进县城杀了知县。此事陕西巡抚不敢上报，只是私自处理了事。
农民似乎还不是起义的主力军。还有长期领不到军饷的士兵加入义军的队伍，这无疑对叛乱起到了推波助澜的作用。无论什么朝代，从来没有哪个朝代的财政像崇祯朝这般紧张。仿佛所有的问题都在此刻统统爆发。作为一名官军似乎还没有义军过得好。
崇祯元年（1628年）七月，陕西定边营士兵王嘉胤从边关逃了回来。他聚集饥民在府谷起义。不久，白水县的王子顺带领饥民来投，起义顿呈燎原之势。当陕西巡抚还想掩盖的时候，陕西巡按迅速地将这一情况报告给了朝廷。至此，明末的农民起义正式爆发。
无论崇祯皇帝如何殚精竭虑，如何力图中兴，在17世纪席卷全球的气候灾难冲击下，这所有的一切都只是徒劳而已，所谓的中兴之梦最终成为一场泡影。
体仁内阁
让我们还是把视点转到党争上来。
崇祯元年（1628年）的温钱互攻和崇祯二年（1629年）的“袁崇焕案件”基本上将朝中的东林人士斥退一空。经过短暂的恢复，东林党再次面临尴尬之局。事实表明，“后阉党”派成员也不是铁板一块。继东林人被斥退一空后，周延儒跟温体仁又互相咬了起来。
继周延儒、温体仁相继入阁后，温体仁认为在扳倒东林党的过程中自己出力最大，正是靠着自己弹劾东林党，才使得崇祯将东林党人全部罢斥。但是，如今周延儒却位居首辅，而且独断专行。所以两个人渐生龃龉。
崇祯四年（1631年），温体仁的机会来了。在这一年的会试中，周延儒的连襟陈于泰被选拔为会试第一名，周延儒老友吴禹玉的儿子复社领袖吴伟业也高中会元，而主持考试的就是周延儒。接下来，周延儒频繁出错。他任用的大同巡抚张廷拱、登莱巡抚孙元化都因犯事牵连到了周延儒。他的兄长周素儒冒锦衣卫籍，领取千户之职，他的家人周文郁被擢升副总兵。甚至京城出现谣言说周延儒收受江湖大盗的贿赂。
这些都令温体仁感到兴奋，他发动言官对周延儒进行弹劾。但周延儒深得崇祯的信任，此时还不是温体仁能够动摇他的时候。很快，周延儒授意言官弹劾温体仁引用私人闵洪学为吏部尚书。闵洪学和温体仁是同乡，这是众所周知的事情。崇祯皇帝接到言官的上疏便将闵洪学免职。
崇祯四年（1631年）的较量以温体仁暂时失利而告终，但双方都在暗中等待新的机会。
崇祯六年（1633年），周延儒指使他的连襟陈于泰打着陈时政四事疏的幌子攻击温体仁。而温体仁则指使宣府镇守太监王坤弹劾陈于泰盗取科名，而操作者就是周延儒。温体仁此招的确高明，他让太监出面弹劾。这样一来，反对者还不好说什么，因为崇祯此刻已经不大相信文官，只相信宦官。
周延儒不知道这里面的利害关系。他策动给事中傅朝佑上疏，傅朝佑指责王坤宦官干政。而且王坤的奏疏文辞练达，重点突出，背后必定有阴险小人在操纵。实际上这个时候崇祯由于不信任底下的大臣，已经将太监派到各个要害之地。此举自然遭到文官们的反对。所以“宦官干政”已经成了一个敏感话题。本来傅朝佑谈及此事已经有些不合时宜，紧接着都察院的三把手左副都御史王志道也上疏将矛头直指崇祯的用人制度。他说，近来内臣的举动几乎手握朝纲，辅臣终不敢问一句，以至于辅臣被弹劾，犹忍辱不言，如此有损皇帝圣名。
王志道的上疏终是触及了朱由检的敏感神经。本来大面积的任用宦官不符合官僚制度，朱由检对此也没有底气。他担心别人议论。如今此事由御史堂而皇之地提出来，朱由检自然认为这一切都是周延儒在背后授意。因为这件事，他对周延儒的好感顿时荡然无存。这个时候，皇帝感觉到只有温体仁才符合他的心意，因为温体仁也信任宦官。
温体仁的确有着很深厚的政治功底。他牢牢地把握住了朱由检的心思，从钱谦益开始，再到钱龙锡、周延儒，温体仁每次都能一击而中。对于钱谦益，他往党争上面靠；对于钱龙锡，他往袁崇焕身上靠；对于周延儒，他往“宦官干政”上靠。
虽然周延儒没有温体仁那般机敏，但此刻他也看出王志道犯了崇祯的忌讳。他连忙上疏申救，但为时已晚，崇祯将王志道削职为民。后来崇祯还就周延儒的辩疏对周延儒说了一句话：“卿之辩疏，日后录入史书，甚是好看。”
温体仁从这句话捕捉到了周延儒倒台的信息。他立即让刑科给事中对周延儒发动最后一击。崇祯六年（1633年）六月，周延儒终于离开内阁，温体仁如愿以偿成为内阁首辅。
崇祯皇帝斥退东林党，任用宦官，乃至将温体仁提拔为首辅，都可以看作加强中央集权的表现。的确，没有人比温体仁更听话，更对崇祯的心思。
从崇祯六年（1633年）六月起，一直到崇祯十年（1637年）六月止，帝国进入了温体仁内阁时代。那么，温体仁内阁基本上结束了前期纷纷扰扰的党争局面，一些政治上的事务开始趋于稳定。温体仁做事情颇为干练，兵马钱粮，官吏调配，一切都是有条不紊地进行。对于崇祯来说，似乎再也没有比温体仁更合适的人选。
但对于帝国的其他官僚来说，温体仁无疑是大明王朝有史以来最坏的人。虽然宦官也时常跟文官作对，但他们毕竟是宦官；虽然张居正也跟官僚们作对，但他毕竟是张居正；虽然王锡爵也不听从他们的安排，但王锡爵始终是他们詈骂的对象；虽然严嵩也不符合他们的理念，但严嵩没有让他们下不来台。唯独温体仁这个小人物，凭借着高超的政治手段，轻而易举地将他们击溃，而且给他们安上“结党”的罪名，令他们抬不起头来。他们不恨张居正，不恨严嵩，不恨王锡爵，他们只恨温体仁。所以对于明代的官僚来说，尤其是明末的官僚来说，温体仁无疑是第一“奸臣”。他们对于温体仁的恨甚至延续到清朝建立。明末的党争甚至延续到清朝建立后的100多年里。在清政权建立后，这些东林系的文人在修《明史》中仍旧延续党争的路线，对这些非东林系官僚进行大加诋毁。既然无法在现实中战胜他们，那就在史册中战胜他们，通过如铁的史笔将他们永远钉在历史的耻辱柱上。
温体仁终究不是万能的。在野的东林党渐渐地明白，若想扳倒温体仁必须“以其人之道还治其人之身”，那就是将温体仁也安上“结党”的罪名。如此一来，所谓皇帝对温体仁的信任也就自然荡然无存。而这一切将由跟温体仁棋逢对手的钱谦益来完成。
温体仁既担任了内阁首辅，他似乎仍然沿着那种惯性往前走，失败者的教训并没有引起这位首辅的警觉。当他失去了他那“孤介”形象的时候，一切已经是不可挽回。
崇祯一朝的确缺乏官吏，定“阉党案”斥退了300人，现在又将东林系官员一扫而空，温体仁上台后也面临着官吏的选用问题。因为这个事情，他开始走出了第一步错棋，因为他想从斥退的阉党分子中挑选适用的人才。
崇祯七年（1634年）八月，崇祯在平台召见朝臣，让群臣会推吏部尚书。崇祯年的会推和万历年的京察一样，都是朝臣、党派顷扎的时候，各种势力针锋相对，竞相角逐。而此次主持会推的吏部左侍郎张捷推举的竟然是已被定成阉党“逆案”的前兵部侍郎吕纯如。张捷将会推名单呈上去的时候，无论是现场参加会推的勋贵外戚，还是全体官僚顿觉愕然。因为这明显带有给钦定逆案翻案的味道，这在本朝是不多见的。本朝钦定的案子大多是在定案皇帝死后才由继任皇帝翻案，像这种定案皇帝还在世就进行翻案的，的确不多见。
张捷推举吕纯如不是一件孤立的事件。它一方面可以看作后阉党企图借此次会推事件卷土重来，另一方面它也可以看作温体仁的又一次政治运作。但无疑这次温体仁踩空了。张捷的提议不仅遭到全体官僚的反对，也遭到了崇祯的反对。即便朱由检想启用旧案成员，但他还不至于自抽耳光。
温体仁担任首辅期间，他能做到不动声色地将不符合他心意的人从内阁中去除，而这一切都不被崇祯发觉。虽然也有不少人弹劾他，但都被崇祯拒绝。因为崇祯知道这些人弹劾温体仁实际上是表达对自己的不满。例如工部侍郎刘宗周弹劾温体仁说：“这么多年来，皇上讨厌结党，结果众臣皆互相告奸；皇上喜欢清廉，结果群臣皆曲意逢迎；皇上想励精图治，结果群臣在下面皆碌碌无为；皇上崇尚考核，结果群臣皆在下面吹毛求疵。而这一切都是首辅温体仁造成的。”
刘宗周明说温体仁，阴诋崇祯，自然引起崇祯的不快。崇祯便下旨将刘宗周革职为民。崇祯九年（1636年），帝国发生了两件骇人听闻的事件，而且这两件事都跟温体仁有关。一个受到处分的知县的母亲连日来等候在长安街上，只要见到温体仁的轿子就在那里破口大骂，而且还用石块投掷。街上围观的群众齐声喝彩。这成为京师一景。崇祯皇帝也没有办法，只得给温体仁增派人手加以保护。紧接着，南京新安卫的一名千户杨光先拉着一口棺材来到京师。杨光先上疏猛烈弹劾温体仁，将国家出现的一切问题都归结于温体仁当政，要求温体仁引罪自去。崇祯说杨光先哗众取宠，便将他杖责后充军。
崇祯的信任和袒护似乎使得温体仁肆无忌惮。但任何事情都有一个限度。当温体仁想再次搞钱谦益的时候，这一切对温体仁来说已经不再那么美妙。
温体仁最恨的还是这个钱谦益，这个跟他一样性格阴险的家伙。此时钱谦益无疑成了江南的士绅名流。他在南方不断地阴诋温体仁。还有崇祯元年（1628年）跟钱谦益一起被打倒的瞿式耜，现在两个人勾结在一起，他们能做出什么事情可想而知。加之钱谦益本就品行不端，很快便有事犯在了温体仁手里。
当帝国步入晚年，在商品经济发达的江南，地方的事务已经由两种势力来管理，一是地方官府，二是缙绅名流。越到晚明，士绅阶层结社越厉害。他们通过结社的方式控制舆论、抨击朝政、受人请托、包揽诉讼。到了此时，帝国早已经不是洪武、永乐时代的帝国。而钱谦益、瞿式耜居乡干起此类事情无疑是手到擒来。
崇祯十年（1637年），常熟县民陈履谦因为田产被人霸占与人打官司。本来陈履谦有理，但对方比他富有。钱谦益、瞿式耜收受对方钱财帮助对方打赢了官司。陈履谦大恨，便找到了常熟县的书办张汉儒，让张汉儒帮忙搞掉钱、瞿二人。张汉儒平日里也憎恨士绅们为非作歹，把持乡里，一怒之下上疏弹劾钱谦益、瞿式耜五十八大罪状。
张汉儒的奏疏为《直陈江南之大害，预鸣天下之隐忧，一方涂炭已极，万姓水火不堪，为民请命，拼死报国，哀控圣明，迅除元憝，以救灾黎，以安重地事疏》。
张汉儒在奏疏中详细地列举了钱谦益、瞿式耜等缙绅名流通过操纵科考、隐漏钱粮、贩卖私盐、私设税目、包揽诉讼、冒顶骗饷、接受投献、奸人妻女、殴杀平民、敲诈本家等诸多的不法事件。张汉儒在奏疏的开篇中说道：
“窃惟江南财赋甲天下，为诚国家根本之重地，军糈血脉之要区，皇上御极以来，俯念民瘼，不啻三令五申，以安民为首务，以戢暴为宝训。其如元凶大憝，有常熟县原任礼部侍郎今问杖回籍之钱谦益、原任户科给事中今削籍为民之瞿式耜，两人皆不畏明论，不惧清议，吸人膏血，啖国正供，把持朝政，浊乱官评，生杀之权不操之朝廷而操之两奸，赋税之柄不操之朝廷而操之两奸，致令蹙额穷困之民欲控之府县，而府县之贤否，两奸且操之，何也？抚按皆其门生故旧也。欲控之司道，而司道之黜陟，两奸且操之，何也？满朝皆其私党羽翼也。以至被害者无门控诉，衔冤者无地伸冤。”
尤其是张汉儒所说的“士习之害”更是点出了问题的症结。他说道：
“朝廷崇儒养士，岂欲俯首从人。今士习之坏于吴下也甚矣。今有一等轻狂恶少，名借复社，势倚东林，借口士可杀不可辱，一夫填膺，群呼争赴；一事启衅，众怒强梁。或供私事泄忿，托名公呈，拥挤县堂，号为义举；或借同胞为名，指称义愤，嚷闹登门，咤为快事，即官府亦莫可谁何。”
尽管张汉儒强调“如一字涉虚，罪甘寸磔”，但这些罪状也多有夸大其词。不过这也从一个侧面揭露了缙绅名流对于国家社稷的危害。张汉儒在结尾处提到了这一点：
“夫二奸者，数其秽行罪状，不啻于余端，计其骗帑诈赃，不下三四百万。当此国家三空四尽之时，两奸剥民脂膏，恣饱贪壑，泣恳皇上，立震乾威，密拿廷鞫，按款究问，追赃助饷，除天下之大奸，弭江南之阴祸，亦足补军需之万一。”
温体仁看到这份奏疏，自然高兴得手舞足蹈。这份奏疏所呈内容也十分符合朱由检的治国理念。朱由检阅后立即让锦衣卫去江南将钱、瞿二人抓捕进京。
钱谦益入狱后，想到只有一个人大概能救他，那就是司礼监太监曹化淳。曹化淳是朱由检在藩邸的旧人，而且还是前司礼监掌印王安的门徒，曾受过魏忠贤的迫害。由于王安与东林党人关系密切，所以曹化淳自然同情东林党人。钱谦益想到这层关系，便让人拿钱托曹化淳营救。曹化淳一口应承下来。
温体仁了解到事情出现波折后，便指使此案的引起人陈履谦散布钱谦益“款曹击温”的言论。所谓“款曹击温”就是指钱谦益勾结曹化淳，让曹化淳打击温体仁。
温体仁此举的确踩偏了，他没考虑到曹化淳是崇祯信任的人。温体仁百密一疏，终于没有堵住曹化淳这个漏洞。崇祯看到案子牵扯到曹化淳，便有些动摇了。加上曹化淳要求彻查此事，崇祯便答应了。
得到崇祯允许的曹化淳连夜派东厂前往江南抓捕陈履谦。陈履谦进京后被关进东厂监狱。曹化淳突击审讯，陈履谦受刑不过，只得按照曹化淳的意思供出这一切都是温体仁在幕后指挥。
曹化淳拿到供词后便去见崇祯。至此，温体仁“孤臣”的形象彻底崩塌。崇祯发觉温体仁也是有党的。得到消息后的温体仁便以退为进，上疏乞归。崇祯便朱笔一批，从此，温体仁结束了8年的阁臣生涯，回到了家乡浙江湖州。
应社与复社
现在看来“东林党”的确是一个泛泛的概念。出身士绅阶层，提倡减税，具备广泛的结社特点，好以清议来约束君主的权力，具备这些行为的人都可以归结为东林党。天启、崇祯两朝都不是东林人的黄金时代，或许他们的舞台只在民间。经过天启一朝的严厉打击，东林党的精英损失殆尽。到了崇祯朝，这些人以一种隐蔽的方式存在，那就是结社。
复社最初的形式是应社，它于天启四年（1624年）杨涟弹劾魏忠贤二十四大罪状后成立。它是以文学社的形式存在，但私下里干的仍是政治勾当。
杨彝是江苏常熟县唐市镇人，为当地知名的士绅代表，常常召集文人在家中举办类似文学社的活动。另外，当时江南的文化名流顾梦麟客居在杨彝家中。还有江苏太仓人张溥、张采也是杨家的常客。天启五年（1625年），杨彝、顾梦麟、张溥、张采在杨彝家中的应亭召开应社大会。江南名士数百人到会，盛集一时。在文化崩裂的晚明王朝，应社的参与者们重举“尊经复古”的大旗，力图重塑儒家文明。
天启五年（1625年）东林六君子被杀。天启六年（1626年）东林七君子被杀。在苏州那场反抗税监的市民暴动中，应社无疑是重要的参与者与领导者。历史走到了这个时候，带有强烈的政治诉求的政党政治终于在帝国出现。当历史学家将视角聚焦在此点时，我们却又不知道它将走向何方。
天启六年（1626年）苏州市民和生员反对阉党的那场斗争被称为“开读之变”。正是“开读之变”将那些有着相同政治抱负的文人联结在一起，并推动应社这种文学社组织从文学结社向政治结社转变。在这种转变过程中，最终将应社与东林党联结在一起，推动了波澜壮阔的崇祯结社年代，并在清末民国时期达到了一种历史的高峰，最终影响了中国政治的走向。
应社的复古之说主要是反对程朱理学盛行以来的八股文之说。他们主张恢复儒家的本来面目。相对于并无明确政治纲领的东林党，应社有着明确的政治纲领，而且要求入社会员必须遵从这些纲领。
应社主张在家要遵从孝道，在官则要守官节，而且特别注重横向的朋友关系，力图以一种牢固的朋友关系作为建社的基础。应社最初创建者是11人，但很快在江南江北的其他省份开始建立起分社机构，成员数量也在不断增加。
天启七年（1627年），随着朱由校的逝世和朱由检的继位，形势发生了急剧的变化，东林人士纷纷回归内阁，民间的党社运动自然迎来了一个春天。随着潮流的涌动以及应社社员纷纷通过科举进入政界，民间的士子开始纷纷结社，几社、闻社、南社、则社、席社、章社、阳社、簪社、朋社、匡社、书社、大社、端社、邑社、超社、庄社、质社、隐社、金社等如雨后春笋一般拔地而起。这些社团的一些观点不尽相同。它们甚至不停地相互攻击，而且还攻击得十分激烈。
譬如经营章社的临川艾南英和应社的张溥等人就“尊经复古”的方法问题产生了分歧。艾南英认为应该沿着宋代文人，譬如欧阳修、韩愈的思路来进行，通过宋代的文章来改造今天的文章。而张溥等人则主张直接从秦汉时代汲取营养。对于这一点，艾南英攻击应社的人，说应社研究秦汉只是研究秦汉的民俗、器物、官职、山川、地理这些形骸的东西，而不是秦汉的精髓。艾南英进一步指出张溥等人尊经只是像朱熹一样对经典进行随意解释，就像剽窃古人文章的盗贼一般。
艾南英的话似乎揭示了应社的一些表象化的东西。这自然引来了张溥等人的不满。他甚至写信给已经成为江西临川知县的张采，要求对艾南英采取措施。无论应社的人如何威逼，艾南英始终不愿意放弃自己的观点。这最终导致章社跟应社的决裂，并使得张溥将章社从社团名单上除名。
崇祯元年（1628年）的秋天，艾南英听说应社的头头脑脑们齐聚已故王世贞在苏州的弇园，他便也赶到弇园跟这些文人展开了辩论。双方围绕着是否要复古、如何对待八股文进行了激烈的辩论。艾南英以一种人师的态度对提倡复古的前七子李梦阳等人进行谩骂。几社的领导人陈子龙上前去将艾南英刮了一巴掌。接着，应社的夏允彝与张溥等人也纷纷上前群起攻之。弇园的辩论并没有结束。其后双方以书信往来的方式进行辩论。夏允彝曾写信给艾南英，劝他暂时熄火，但艾南英毫不买账。艾南英接着攻击陈子龙所膜拜的《昭明文选》是“疽之含粪，以为香美耳”，进而又说陈子龙不知“古文”二字为何意，陈子龙读古人书潦草，为文浮荡，意卑语涩，没有法度，应该闭户十年再来跟自己辩论。
为了避免各社之间的分裂与攻击，增强社团的凝聚力，将所有社团合并的任务已经提上日程。崇祯二年（1629年）无疑是明末党社运动极具里程碑意义的年份。在这一年，吴江知县熊开元邀请张溥来吴江讲学。各地文人700多人闻风而来。张溥遂在吴江召开尹山大会。在这次大会上，张溥将所有的会社合并为复社。这的确是一个盛大的日子，各地赶来赴会的士子们乘坐的船只出现在吴江城外的河面上。这些船连成一片，长达六七里。全城的百姓，包括老人、妇女、孩童都出来围观。人们欢呼、吆喝，这的确是令所有人激动的时刻。
继崇祯二年（1629年）的尹山大会后，崇祯三年（1630年）对复社人来说又是一个欢喜之年。在这一年，复社的一些重要人物都在当年的乡试中大获全胜，譬如杨廷枢、张溥、吴伟业、陈子龙、吴昌时。这些参加科考的生员既有着考完后的轻松，又有着中榜后的喜悦。他们在秦淮河上荡舟。笙箫乐曲，佳人欢笑，才子吟诗，人们全都徜徉其中。这的确是一个充满温情的年代。
崇祯三年（1630年）的金陵大会使得复社开始崭露头角。因为参加科考的人越来越多，此种社团不可避免地跟政治挂钩，而且在政治上发挥着越来越大的影响力。崇祯三年（1630年）科考的胜利无疑增强了复社社员的信心。他们将这种喜信带回了各自的家乡，进一步增强了复社的影响力。
继崇祯三年（1630年）乡试中的崭露头角，在崇祯四年（1631年）的京城会试中，复社再一次一举夺魁，张溥、吴伟业进入翰林院。两次科举大盛使得士子们纷纷加入复社，各地的社员急剧膨胀。在这种情况下，复社领袖张溥已经酝酿有必要重新举行一次大的集会，以对新入会的社员重新登记注册，并刊刻社稿。崇祯六年（1633年）苏州的虎丘大会是复社成立以来最大的一次集会，云者数千人。大雄宝殿不能容纳，生公台、千人石都是鳞次栉比，往来如织，游人聚观，无不惊叹。家家户户都挂着“复社”的灯笼，连河中盗贼也挂着“复社”的灯笼从而逃避官府的追查。虎丘大会被誉为大明开国300年来从未有过之盛况。
复社浩大的声势，科举中的胜出，社稿的畅销，都预示着这个社团强大的生命力和无与伦比的号召力。无论中枢如何静默，到了此时已经不能对它等闲视之。中枢对于这样一个政治团体自然不会有好感。以温体仁为代表的新生派官僚开始对复社采取打压政策。而复社此时也在不知不觉中参与到周延儒与温体仁的争斗中来。
复社在崇祯四年（1631年）的会试中夺魁不是偶然的，它是因为身为会试主考的内阁首辅周延儒为了拉拢士绅名流所做的倾斜。而温体仁纠住这一点发动御史弹劾。崇祯四年（1631年）的周温斗法既是周温较量的开始，也是复社介入政局的开端。
从崇祯四年（1631年）到崇祯六年（1633年），温体仁先后迫使复社的张溥、吴伟业离开庙堂。当温体仁担任内阁首辅后开始正式向复社开炮。温体仁向复社开炮不是没有原因的，复社的社员科举录取率高也不是偶然的，大量的士子竞相投奔复社更不是毫无缘由。这一切都是因为复社操纵了科举。只有加入复社才有获取科举成功的可能，不入复社则很难实现这个目标。
当张溥离开庙堂之后，很快成为另外一个顾宪成。他不可避免地干涉朝廷的用人和科举。这是一种惯性，一旦启动就无法停止下来。
复社举荐人才分为三种，一种是公荐，一种是转荐，一种是独荐。公荐就是由张溥写信给朝中要员公开举荐；转荐就是让别的官僚出面推荐；独荐就是张溥给主管科考的大臣私下里写信，通过科场舞弊的方式将被推荐人列入上榜名单。
在这种情况下，帝国的考试权已经纳入张溥手中。很多主管各级科考的官员都是复社成员，在考试还没有举行的情况下，往往考生的名次就已经排出来了。而在这种过程中，入榜考生花钱也是不可避免的。若想获取生员资格120两白银必不可少，而在乡试、会试中考生所花的钱则更多。
关于这一点，当时的文人周同谷在《霜猿集》中说道：
娄东月旦品时贤，社谱门生有七千。天子徒劳分座主，两闱名姓已成编。
崇祯七年（1634年）的会试张溥仍旧加紧活动。张溥找到担任会考官的文震孟、项煜，要求给陈际泰、杨廷庶排个座次。会考结束后，温体仁立刻拿着复社刊印的《国表》来跟中榜名单进行对照，《国表》上有全部复社成员的名单。据井上进测算，崇祯七年（1634年）的会试，复社占中榜名单的比例高达35%。不久，礼部侍郎文震孟被温体仁从内阁中斥退出来。
崇祯七年（1634年）的确是复社发展史上的一个转折点。在这一年的甲戌科考中复社的政治野心暴露无遗，从这一年起温体仁对复社的打击也是接连不断。先是温体仁的弟弟温育仁指使宜兴吴炳作戏曲《绿牡丹传奇》来讥讽复社，并让梨园四处宣演，戏曲中尽显复社丑态。复社人也竞相还击，他们命令地方官销毁《绿牡丹传奇》的刻本，并将温育仁的家人逮捕下狱。
接着，又发生苏州推官周之夔借张采的《军储说》攻击复社张溥、张采事件。周之夔是崇祯四年（1631年）进士，本来也是复社成员，与二张交好。但其人比较清高，加上看不惯张溥、张采的专横霸道，于是与复社产生分裂。由于江南的商品化经济，很多地方种植了棉花，这导致大米的价格飞涨。为了减轻太仓本地百姓的负担，张采写了《军储说》，建议将太仓要运往北方的漕粮改为直接支付给本地的驻军。加上张溥也为《军储说》写了跋语，所以，周之夔以此弹劾复社“悖违祖制，紊乱漕规”。接着，张溥便指使应天巡抚将周之夔免职。周之夔去职之前刊印《复社或问》怒骂复社。
周之夔事件还没结束时，又发生陆文声弹劾复社事件。陆文声也是太仓人，任临西县知县。因为曾被张采鞭笞，陆文声便上疏弹劾复社道：“风俗之弊，皆原于士子。溥、采为主盟，倡复社，乱天下。”接到奏疏后的崇祯命江南学政倪元珙调查此事。眼看风声鹤唳，复社方面马上让陆文声的儿子陆茂贞对其父施加压力。陆茂贞说道：“复社之党占天下之半，迎其锋刃，恐对子孙不利。”与此同时，复社也对调查此事的倪元珙施加压力，最终倪元珙只得将此事草率了结。
若说这三件事弹劾复社还不是很激烈的，那么，崇祯九年（1636年）托名徐怀丹的佚名檄文更是对着复社猛烈开火。这篇文章列举了复社的十大罪状。
一曰张溥僭拟天王。张溥有何权力敢自称天王？
二曰妄称圣人之名。张溥、张采自称西南两圣人，仿孔子学派，以弟子赵自新等为四配，以吕云孚、吴伟业等称十哲，所到之处，拥弟子三千，虽口诵诗书，实多行无赖。
三曰煽聚朋党。他们在各地劝诱朋党，要求盟约。一开大会，人们不远千里来集，舟船号近万艘。推荐官僚名册满箱，用邮传递的推荐信，比军事信件还快。僧、道、优、倡只要入社，身价骤高。即使清流人望的君子，如果组党，也会给国家造成莫大的危害。如此之辈的朋党，只能使国家陷于丧乱。
四曰妨碍贤者的登用。赏罚之权，当由君主执掌。然后，还没有考试，合格的顺位就已经决定。如非张溥一党，就不会合格。考试官被无视，采否由党人决定。黜陟出于私门，恩威不出主上。
五曰召集非人。集于他们之下的有“名豪权贵之家”或“财虏雄势之子”，廉耻扫地，怀金挟刺。
六曰败坏风俗。他们群中，或士子而插盟当道，或缙绅而奴隶衣冠。成富贵则父逐其子，得名势则弟倾其兄。五伦之中，长幼、朋友、兄弟已失，只有父子和夫妇。其父子也是父不爱子，子不知父。夫妇也重离合。
七曰诽谤中伤官僚。他们党横议政治得失。政治得失，只有有言责者和职守者当议论。而党人不被采用，则以为是君主之恶。左迁党人，则是宰相之恶。总之，只有复社的社友才是好的，非党者都被排除。
八曰使士人品性堕落。复社的社友聚在一起，游博马吊之戏，谈话则专说女人和商人。
九曰窃取官位，丧失功业。由于复社专以党派的利益为优先，堂堂天朝，几无持廉颇、李牧之策者，至于持管仲、乐毅之略者，就更不用说。使得天子只能叹息。由于科举中得不到人才，天子只得把政治委托给宦官。由于文臣中得不到人才，天子不得不把军事委托给武弁。
十曰招来灾害。现在党社占据政界，覆盖朝野，主司都是社友，府县皆为朋徒。杯酒的庸才、贿赂的极恶都被登用，真正的人才在野感叹无聊。
如此十大罪状可以说将复社批判得体无完肤，但此时复社也正值当年。加上针对复社的主要打手温体仁正在打击钱谦益，对于复社则是力有不逮。而随后温体仁在钱谦益一案中败北，这标志着从崇祯七年（1634年）开始到崇祯十年（1637年）为止，反对派对复社的打压告一段落。
周延儒的二次组阁
当温体仁离开庙堂，代替他在内阁主事的是张至发、薛国观。无论是张至发，还是薛国观都是温体仁一手带出来的。所以，在温体仁离去后，帝国奉行的仍旧是温体仁的施政纲领。那就是全面贯彻崇祯的用人方针和钱粮赋税政策。既然如此，张至发和薛国观都避免不了跟温体仁一样尴尬的局面。
翰林院编修复社的吴伟业首先跳了出来。他说：“体仁不学无术，习性阴险，包庇小人，结党营私。然而首辅张至发对他百般赞美，说他‘孤执’，又说他‘不欺’。体仁执政期间，有唐世济、闵洪学、蔡奕琛、吴振缨之徒参赞密谋；又有徐履谦、张汉儒、陆文声之徒排斥异己，哪里谈得上‘孤执’？体仁家中窝藏盗贼，财产遍布湖州，幕僚中不乏亡命之徒，又哪里谈得上‘不欺’？由此可见张至发与温体仁是一丘之貉。”
紧接着，翰林院检讨杨士聪上疏弹劾吏部尚书田惟嘉贪赃枉法，卖官鬻爵。张至发看到这份奏疏后，立即誊写一份送给田惟嘉，让他预先做好申辩的准备。不料田惟嘉弄巧成拙，还没有等皇帝把杨士聪的奏疏批转内阁公开化，他就迫不及待地为自己辩解。朱由检感觉到这一定是有人将杨士聪奏疏的内容泄露给了田惟嘉。他便令田惟嘉交代此事，田惟嘉只得将事情的原委兜了出来。崇祯因此对张至发泄密极其不满。
接着，又有人举报张至发的秘书黄应恩受贿，崇祯将黄应恩下狱。这个时候，张至发感觉到崇祯已经不信任他了，便以辞去首辅了事。
张至发辞去首辅后，薛国观担任内阁首辅。薛国观在崇祯初年被定为阉党的漏网分子，他极受温体仁的赏识。事实表明，温体仁还是受皇帝眷念的。虽然温体仁离开内阁，但跟此事有关的司礼监太监曹化淳也受到了斥责。而且东林党人钱谦益始终也没有再被崇祯启用。所以，崇祯对薛国观寄予厚望，一直希望他能替代温体仁的角色，为国尽忠。但薛国观毕竟不是温体仁，他无法具备温体仁的那种治国才干，也无法做到温体仁的那种廉洁自律。渐渐地有一些关于薛国观违纪的劣迹传到朱由检的耳朵里。
由于财政空虚，薛国观让朱由检找宗室、外戚、勋贵捐资助饷。哪知这些勋贵外戚一毛不拔，崇祯一怒之下逼死了武清侯李国瑞。朱由检最终将此事迁怒于薛国观。在崇祯十二年（1639年）的考选中，行人司的复社官员吴昌时贿赂薛国观。薛国观答应授以吴昌时吏科给事中的官职，但到放榜之日，吴昌时却被授以礼部主事一职。吴昌时一怒之下检举薛国观收受贿赂。到了此时，薛国观的倒台已经是势所必然。
从崇祯十年（1637年）起，东林党和复社联起手来陆续干掉了温体仁、张至发、薛国观。这时，推举谁为首辅已经摆上了议事日程。崇祯和复社双方都有一个共同的人选，那就是曾经的首辅周延儒。对于崇祯来说，周延儒是自己信任的对象。时至今日，这种信任仍然没有衰减。对于复社来说，崇祯四年（1631年）的会试，正是首辅周延儒的袒护，才使得复社领袖张溥、吴伟业等人高中，所以周延儒也是复社人能够接受的对象。
倒掉薛国观的吴昌时也给张溥写信，让他帮忙运作周延儒复出。此时张溥也清楚地认识到，从东林或复社体系内部推举人选担任内阁首辅已经是不可能的，所以，只能退而求其次将力量集中在周延儒身上。于是乎，张溥、吴昌时四处为周延儒复出活动。涿州冯铨、河南侯恂、桐城阮大铖等六人各出资白银1万两入股，一共筹集白银6万两作为周延儒复出的活动资金。
复社对周延儒复出不遗余力地支持不是没有条件的。张溥跟周延儒达成的条件主要有三项：一是减免东南税粮；二是任用东林党和复社的人员；三是减少宦官对政治的参与力度。周延儒以这几项条件作为复出的条款向崇祯提出，而且崇祯都接纳了。就这样，因为周延儒的复出，暂时缓和了皇帝跟东林、复社清流之间的矛盾。东林和复社人又暂时迎来了一个短暂的春天。
在大明王朝已经进入生命垂危的时刻，周延儒的复出对于崇祯皇帝来说根本无法挽救这个王朝，对于复社来说也无法将开放的言路长时期延续下去。崇祯十四年（1641年），在周延儒复出后不久，复社的领袖人物张溥病逝。崇祯十五年（1642年），明廷对农民军的招抚政策失败，李自成和张献忠大举转向进攻。而周延儒内阁和被启用的东林党人刘宗周却拿不出任何有效的应对策略。在这种情况下，“阉党”路线卷土重来。无论是内部还是外部，崇祯十五年（1642年）都是崇祯一朝的转折点。
事实上，在国家濒临崩溃之际，复社的主张并不具备现实的可操作性，减免钱粮使得本就破产的财政雪上加霜；广开言路也终究会丧失政权的凝聚力。到了这个关头，已经是如何扑灭内忧的时刻，党派的征伐、赋税的免征、言路的开放与否，根本不是这个破败的帝国所应该考虑的议题。
赋税的减免必须建立在国家财政充裕的基础之上，官员的任用也必须建立在被任用官员能够为国家大计出谋划策的基础之上，但是，这些条件都不具备，帝国已经是积重难返了。它绝不会因为某项人事任命会突然变好或者突然变坏。
此时的状况对于崇祯来说似乎又重新回到了崇祯元年（1628年），因为东林党和复社人的复出，一群碌碌无为、惶惶不可终日的官僚占据了朝堂。朱由检放眼望去，竟没一人可用，没一策可出。
崇祯十六年（1643年），清军破关，深入到京畿附近劫掠。朱由检让周延儒出城指挥战斗。当周延儒赶到通州的时候，清军正准备撤走。周延儒既不敢追击，也不布置沿途拦截，只是待在通州闭门不出，而且不断地写战报给崇祯，里面都是报喜不报忧的话语。帝国衰落至此，任何人都仿佛开始作秀，在静等着它倒下的那一天。
朱由检知道周延儒的这些事情后，彻底失望，于是便勒令周延儒致仕。但是，事情远没有结束，周延儒的门生范志完被以纵兵抢掠罪判死。接着，周延儒的干儿子复社领袖吴昌时又被人交代出招权纳贿、泄露机密等诸多罪状。朱由检将吴昌时处死，又勒令周延儒自裁。这已经是崇祯十六年（1643年）十二月间的事，此时距顺军破城只有四个月的时间。周延儒是帝国第二位被皇帝处死的首辅，第一位是夏言。
两年时间的周延儒二次内阁就这样尴尬收场，周延儒最终逃脱不了自戕的结局。复社的梦想、周延儒的抱负、崇祯的尝试，都在这一刻灰飞烟灭。
杨鹤的主抚和洪承畴的主剿
自天启七年（1627年）王二在黄土高原上举起首义大旗以来，到崇祯二年（1629年）有王嘉胤、罗汝才、张献忠、高迎祥相继反叛。恁凭此时，崇祯也不得不对西北重视起来了。在原陕西巡抚无法应对叛乱的情况下，吏部会推左副都御史杨鹤担任三边总制，以刘广生为陕西巡抚，张梦鲸为延绥巡抚，协助杨鹤平叛。
事实上，崇祯仍然没有认识到问题的严重性。因为这个时候朝廷对陕西的政策仍然是以安抚为主，他认为这都是失去生路的饥民所为。而且这个时期，皇帝将重点也放在辽东问题和朝廷官员的任用上。
这时，陕西的王嘉胤部崭露头角，高迎祥、李自成、张献忠都成了他的部下，除此之外，还有颇为剽悍的王左挂、神一元。由于崇祯二年（1629年）的己巳之变，延绥、宁夏、固原、甘肃、临洮五镇兵马被调往拱卫京畿，所以对于杨鹤来说，平叛显得捉襟见肘。他便启用前宁夏总兵杜文焕从延绥、固原调兵3000人进剿。
杜文焕在对待民变问题上跟杨鹤截然相反。杜文焕在镇宁夏的时候就以凶狠著称，如今杨鹤主抚，而杜文焕主剿。督抚不合无疑是平叛的大忌。前面已经有魏学曾、叶梦熊和熊廷弼、王化贞的教训，杨鹤一方面对于王嘉胤猛攻延安、庆阳隐瞒不报，另一方面开始积极招抚王左挂部。在杨鹤加紧对叛军招抚之际，杜文焕则带领山西、陕西、临洮、宁夏四镇兵马对王嘉胤部进行猛攻，官军大败。接着，神一元所率义军攻陷宁塞，杀明参将陈三槐，还有杜文焕的家人十几口。
杨鹤任三边总制后两年时间内对于陕西的势态并无太大改观。在这种情况下，崇祯四年（1631年）关于对待民变的政策朝廷又开始了争论。陕西巡抚练国事说道：“边关缺饷，军心不稳，乞求发饷数十万两济之。”职方郎中李继贞说道：“朝廷以30万担米的价格在陕西附近购买粮食赈济灾民，这样造反的农民就会重新为民，而打算造反者则会打消这个念头。这样造反大军将会不攻自破，甚至还会有人主动献出贼寇首级。”
从这里我们可以看出，官僚们认为饥民为贼乃是饥饿所致，兵为贼者乃是缺饷所致。崇祯对此说也颇为赞同。他说道：“寇亦我赤子，宜抚之。”在这种情况下，主抚似乎成了帝国不容置疑的决策，而这一切都是缺饷所至。话说回来，没有钱不能够发兵进剿，但没有钱也同样无法安抚。
崇祯四年（1631年）义军最厉害的首领神一元在保安之战中阵亡，其弟神一魁担任义军将领。神一魁率领数万大军进攻宁夏，败明军指挥使王英，攻合州、庆阳，势不可当。在这种情况下，杨鹤开始将招降的重点放在神一魁身上。杨鹤对神一魁的招降获得了成功，神一魁被授予守备职衔，和其部众4000人一起被安置在宁塞，其他六七千人解甲归田。
对神一魁的招降成功无疑给崇祯的招抚政策树立了榜样，崇祯心中也甚慰。虽然如此，但延绥巡抚洪承畴显然并不认同朝廷的主抚方略。他率领曹文诏、艾万年对王嘉胤部发动猛攻，败王嘉胤于阳城，王嘉胤战死。西北最大的义军头子王嘉胤的战死对各路义军来说是一个沉重的打击，众义军领袖纷纷投降。
形势虽然看起来那么喜人，但问题并没有解决。对于反叛的士兵要将他们归还到军中，那么就要发饷。对于造反的农民要将他们遣返回乡，那么就要发给种子、农具，还有安置费用。这些对于朝廷来说都是不可能的。所以所谓的叛军归降实际上对于帝国的稳定没有任何实际的作用和意义。
很多已经归降的叛军聚拢在一起不肯散去。一些回乡的反叛者也还是依靠着过去的惯性不停地在家乡骚扰、劫掠。看似安静的陕北高原犹如一个随时会被再次点燃的火药桶。
不久，神一魁手下的头目茹成名由于对获得的封赏不满意，殴打杨鹤手下参将，结果杨鹤将茹成名擒杀。此举无疑动摇了本就蠢蠢欲动的降军的心。神一魁手下另两个头目张孟金、黄友才挟持神一魁再次发动反叛，攻占陕西北部重镇宁塞。
神一魁的再次反叛无疑标志着朝廷主抚政策的破产。这些反叛者在崇祯眼里再也不是什么皇帝的“赤子”，而是没有信誉的“恶贼”。皇帝为了保全自己的面子，立即让锦衣卫赶赴陕西将杨鹤缉拿来京。
朝廷安抚政策的失败绝不是杨鹤的责任，关键问题就在于朝廷剿抚不定。杨鹤虽然主抚，但洪承畴却主剿，甚至将投降的义军残忍杀害。这些都减少了义军对于投降的信心。对于他们来说，朝廷已经没有信誉可言。
杨鹤被免职后，崇祯任命洪承畴为三边总制，负责平叛事务。洪承畴上任后，完全抛却前期的主抚，对义军展开大规模的进剿。崇祯五年（1632年）春天，洪承畴率甘肃总兵杨嘉谟、固原总兵杨鹿其、临洮总兵曹文诏、延绥总兵王承恩、宁夏总兵贺虎臣五路大军围剿陕西义军。双方在庆阳西壕展开主力会战，农民军大败。此战将陕西境内的农民军势力基本上镇压下去了。
陕西境内的战火虽然熄灭了，但是义军首领王自用率领三十六营士兵避开陕甘的官军主力进入山西境内，开辟了晋东南战场。义军既进入山西，接着便以山西为跳板开始进入河北南部和河南北部，此举直接威胁到了帝国的心脏京师。到了此时，这场叛乱已经不是在陕西高原上那样只闻其声不见其人，而是一个俯冲就可以冲到京师来的实实在在的威胁。
为此皇帝调昌平副总兵左良玉进入河北跟农民军作战，接着调延绥总兵曹文诏入山西平叛，调四川副总兵邓玘率川军和土司兵入河南进剿，然后又派宦官陈大全、阎思印、谢文举、孙茂霖担任曹文诏、张应昌、左良玉、邓玘四支军队的监军。四路官军在河北的战况并不理想。朱由检又急调京营入河北作战，而高迎祥率张献忠、罗汝才乘着黄河冰封向南渡过黄河进入淮河流域。这已经是崇祯六年（1633年）十一月间的事情。
义军的主力终于转移到了南方，尤其是昔日聚集流民的荆襄之地。到了这个时候，无论是杨鹤的主抚，还是洪承畴的主剿，都被宣布破产。帝国需要制定新的应对策略。
针对农民军四处流窜，各地镇抚推诿观望的现象，有人提出来必须设立平叛总督负责一切平叛事宜。在这种情况下，崇祯将延绥巡抚陈奇瑜升为兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务。陈奇瑜上任后即马上着手此事。他令陕西巡抚练国事驻陕西商洛，从西北方向围剿义军；郧阳巡抚卢象升驻湖北房县，从西南面围堵；河南巡抚玄默驻河南卢氏县，从东北面围剿；湖广巡抚唐晖驻湖北南漳，从东南面围堵。
在四路大军围堵的情况下，陈奇瑜亲率大军进攻荆襄之地。崇祯七年（1634年）六月，陈奇瑜大军将高迎祥、张献忠、李自成的7万大军围困于陕西安康县的车厢峡达两个月之久。期间阴雨连绵，山洪暴发，农民军减员过半。在不得已的情况下，李自成诈降而出。此举无疑将陈奇瑜四路围剿的计划毁灭。崇祯免去陈奇瑜五省总督之职，重新以洪承畴代之。
崇祯八年（1635年），义军攻克中都凤阳，朱元璋的老家顿成一片火海。消息传来，举国哀悼。攻克凤阳后，义军分成两股，一股由高迎祥、李自成率领折回河南，另一股由张献忠率领转向南方。无论崇祯如何痛恨农民起义军，此时还真是得静下心来好好应对。在任命洪承畴为五省总督的同时，崇祯又任命卢象升为五省总理。洪承畴在陕西，卢象升在河南，两人互为犄角。
崇祯九年（1636年），继义军的头领王嘉胤战死后，义军的又一主要头领高迎祥被俘杀，但中原的流寇仍呈剿不灭的大势。崇祯十年（1637年）三月，崇祯在平台召见杨鹤之子杨嗣昌。杨嗣昌向崇祯提出自己的“四正六隅，十面张网”策略。具体说就是以陕西、河南、湖广、江北四个地区为四正，作为围剿农民军的主战场；以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为六隅，作为辅助战场，由这六个地方的巡抚协助围剿；“四正”加“六隅”构成“十面之网”，由总督、总理二臣重点进剿。“四正六隅，十面之网”策略对崇祯非常有吸引力。他似乎看到了农民军被绞杀的希望。他任命杨嗣昌为五省总督，杨嗣昌又举荐熊文灿为五省平叛总理。杨嗣昌议兵12万。由于户部无饷可拨，杨嗣昌又建议加征剿饷280万两。
杨嗣昌信誓旦旦地提出：“下三个月苦死功夫，了十年不结之局。”所谓的“三个月苦功夫”就是以崇祯十年（1637年）十二月到崇祯十一年（1638年）二月之间的三个月为期。杨嗣昌提出的“十面张网”颇为大手笔，但它遭到了陕西巡抚孙传庭的反对。孙传庭认为，各地边军已经抽调一空，再议兵12万已是空谈。连年增派加饷已至穷尽，再若加饷必无法征齐，而且还会导致更大规模的民变。孙传庭认为，应该集中兵力进攻陕西的李自成部，打歼灭战。到了此时，谁是谁非已经不是那么重要。无论是围还是剿，事实表明都难以奏效。也许根本没有人知道，下一步将会走向何方。
杨嗣昌的“十面张网”
被杨嗣昌寄予厚望的熊文灿上来就跟杨嗣昌对着干。在洪承畴、孙传庭、左良玉对农民军的进剿过程中，他却打起了招抚大旗。也许他仍是那么认为，天下的农民军是剿不尽的。在庐山的时候，熊文灿拜会了一位名僧，请求指点迷津。名僧说道：“吾料公必抚，然流寇非倭寇比，公宜慎之。”
崇祯十年（1637年）十月，李自成进逼成都，洪承畴亲率大军入川进剿。崇祯十一年（1638年），洪承畴在潼关包围李自成部，李自成仅率18人突围出去。与此同时，左良玉在南阳会战中击败张献忠，张献忠败退谷城。崇祯十一年（1638年）四月，张献忠在谷城投降。十一月，罗汝才在均州投降。这意味着从崇祯四年（1631年）神一魁二次反叛以来朝廷历经7年对农民军的围剿终于取得阶段性成功。天天吃不好饭、睡不好觉的朱由检似乎可以松口气了。
虽然杨嗣昌最初也不同意熊文灿的主抚策略，但自己既然已经夸下“三月平贼”的海口，如今三月之期早就过了，杨嗣昌为了兑现当初的诺言，也就不管是剿还是抚了。对于崇祯来说，他也乐于见到这个局面。只要天下安定，他是不管采取何种措施的。但招抚之路，崇祯四年（1631年）已经走过，这已经证明不是一条解决问题的道路。因为朝廷无法给叛军提供令他们满意的生活待遇，这些饥民一旦走上反叛、劫掠的道路，就再也无法停止下来。
正当局势看起来稍稍安定之际，由于以黄道周为代表的儒臣强烈反对跟清廷议和，崇祯十一年（1638年）九月，清军再次破关南下，攻入京畿之地。朝廷又急调参与平叛的陕西总督洪承畴、陕西巡抚孙传庭往辽东、保定，洪承畴随即发动锦州会战。
在此期间，杨嗣昌又提出以九边为主练兵73万的计划，为此再加派练饷730万两。到了如今，人们已经觉得杨嗣昌的脑子是不是进水了？这730万两的加派能收得上来吗？而令人匪夷所思的是崇祯皇帝居然答应了。
崇祯十二年（1639年）五月，张献忠重举反叛大旗。再次反叛的张献忠将进军目标锁定在官军统治力量薄弱的四川，在房县大败左良玉大军。八月，崇祯再次任命杨嗣昌为平叛总督，挂尚方宝剑南下平叛。
崇祯十三年（1640年）二月，左良玉、贺人龙于四川万源的玛瑙山大破张献忠，接着杨嗣昌移师重庆。由于农民军作战的流动性，官军常常找不到农民军的踪迹。加上四川境内多山谷，所以常常搞得官军疲惫不堪。由于官军已经进川，张献忠便开始率部出川。
崇祯十四年（1641年）正月，开县一战，农民军大败追击而来的左良玉，接着打下襄阳城，杀襄阳王朱翊铭。而在明军主力入川作战后，李自成也没有闲着。他从陕西进入河南，攻下洛阳，杀福王朱常洵，并打出“均田免粮”的口号。而张献忠部在南方也打出免征三年钱粮的口号。自此农民军已经具备了革命纲领，应者云集也就是这个时候的事情。
崇祯十四年（1641年）是那场农民起义的转折点。从此义军完全占据了中原战略据点，开始转向了反攻。二月三十日，杨嗣昌在湖北沙市徐园病死。随着杨嗣昌的合眼，“十面张网”计划，中原围剿，四川追击，都已经成了梦中之梦。
崇祯十一年（1638年）无疑是这场平叛战争的转折点。在这一年，帝国第一次陷入两线作战的窘地。虽然“攘外必先安内”是至理名言，但“攘内必先安外”同样是至理名言。但是，明王朝从上到下都没能放下高姿态跟外藩议和。当陈新甲跟清议和泄密后，换来了举国的骂声。在这种情况下，连皇帝都被这种舆情所绑架。所有的决策一开始都是建立在不利的环境以及偏激与冲动的情绪下。
杨嗣昌的“十面张网”政策无疑超越了明廷的物力、人力、财力。他在自知难以奏效的情况下，竟然重新举起招抚大旗。无论是主抚，还是主剿，在这种财政匮乏的状况下都是收效不大的。也许唯一的办法就是将河南、陕西让出来，实行割据，然后再凭借重要的据点固守，待朝廷恢复元气。
崇祯景山自缢
崇祯十四年（1641年），洛阳、襄阳的失守基本上定义了明廷14年来平叛战争的失败。经历了14年的战争，农民运动早就已经成型。在这场旷日持久的围堵中，帝国已经耗尽了最后一点儿资源。从此，不再是官剿民，而是民剿官。帝国已经是无兵可派，无饷可发，只是依靠开封严防死守。
崇祯十四年（1641年）二月，李自成第一次包围了开封。在开封就藩的周王朱恭枵拿出50万两银子助饷。由于其他地方的援军渐至，李自成遂撤了开封之围。李自成攻不下开封，又调转马头于十一月份攻下南阳，杀唐王朱聿镆、总兵猛如虎。打下南阳后，李自成于崇祯十四年（1641年）十二月份第二次包围了开封。眼见开封城第二次被围，周王朱恭枵又发钱自救。由于开封作为宋金曾经的首都，故而其坚固程度比北京城尤甚。李自成二攻开封仍没有得手，便包围了偃师的左良玉。
农民军经过浴血奋战，逐渐扫清了开封的外围，于崇祯十五年（1642年）四月第三次包围了开封。从李自成在河南两年来的表现我们可以看出，官兵根本不敢迎其锋芒，完全是官军跟在农民军后面疲于奔命。双方力量对比已经出现了转折。崇祯先后派出的傅宗龙、汪乔年皆败于李自成之手。所以当朱由检任用侯恂为平叛总督的时候，侯恂就建议道：“如今中原已成糜破之区，失地十之七八，如今之计不如放弃河南，以保定巡抚杨进、山东巡抚王永吉防守黄河以北；凤阳巡抚马士英、淮徐巡抚史可法防守江淮；陕西总督孙传庭防守潼关；臣和左良玉防守荆襄，困死李自成。”
应该说侯恂是个明白人，他所说的也许是唯一能抵制农民军的方法。但朱由检不听这些。他所想的就是如何尽快将农民军剿灭，他就像一个偏执而任性的孩子，全然不顾双方的实力对比。
接着，各路平叛官军跟李自成在朱仙镇展开崇祯十四年（1641年）以来最大规模的一次主力会战，官军再次大败。左良玉只带了几个人逃了出来，其他各路平叛总兵也都纷纷溃逃。朱仙镇会战的失败，说明开封已经无力再救。此时开封已经被围三个月，城内粮食殆尽，居民开始吃树皮、草根，或者捞河中小虫、小鱼，甚至开始食人。此时城内官军和黄河以北的守军共同制定了一个决策，那就是掘开黄河大堤，水淹城外农民军。六月底开封城北的黄河口被挖开，但是水量不大，只是沿着黄河泛滥的故道将护城河填满了，反而阻挡了义军对开封城的攻打。
开封作为老首都，这里的居民世代都有皇都气质。此次李自成围攻，此地居民和守军誓不投降。在这一点上跟洛阳形成了鲜明对比，故而李自成三围开封而不破。到了九月中旬，黄河发生秋汛，滚滚黄水直向开封奔来，首先从西北门冲入，接着从东南门冲出，连带下游的江苏和安徽也被水淹。城内一片汪洋，只剩钟、鼓两楼，相国寺、延庆观及周王府的屋脊在水中可见。盘踞在城西北的农民军当场被冲死1万多人，城内30万居民只余2万多人。由于开封被大水淹没，此时攻打开封已经没有意义。李自成遂向大本营南阳撤退，在郏县大败出潼关前来围剿的孙传庭部。
孙传庭遵朱由检旨意刚出潼关就遭到大败，只好又退回关内。此时，河南境内只剩保定总督杨文岳镇守的汝宁。李自成打下汝宁后，接着南下进攻退守襄阳的左良玉部，然后又陆续打下荆州、钟祥县。而左良玉带兵顺江南下守南京去了。
在如此形势下，崇祯为了边疆安全考虑，依然不愿意抽调边军，只是依靠着各省七拼八凑的军队来平叛。此时中原几省能打的将领只剩下陕西的孙传庭了。崇祯十六年（1643年），皇帝任命孙传庭为七省平叛总督，出潼关向河南进发，另外命左良玉从九江往河南夹击。
崇祯十六年（1643年）九月，孙传庭出潼关的大军在唐县战败，随后又返回潼关。此时，李自成已经不想再在河南、湖北跟官军纠缠了。因为这个地方毕竟处在官军的四处包围之中，不利于建立稳固的根据地。李自成想打回陕西去，再从陕西经山西直接进攻北京。十月份，李自成手下大将刘宗敏进攻潼关，孙传庭战死。
潼关一失，全陕再也无险可守。崇祯十七年（1644年）正月，李自成改西安为长安，建立大顺政权，建元永昌，自称大顺王。与此同时，张献忠在四川成都建立大西政权。二月份，李自成率十几万大顺军开始向北京挺进。一路由李自成率领，经大同、宣化、居庸关进攻北京；另一路由偏师刘芳亮率领，经真定、保定进攻北京。此时崇祯还是死爱面子，既不南迁，也不让宁远总兵吴三桂放弃宁远带兵入关。
从二月份到三月份，沿途总镇总兵、监军太监纷纷投降。北京城内一片光怪陆离，上至高官，下至百姓，都已经做好了开城请降的准备。十七日，大顺军兵临城下，李自成让投降太监传话，让朱由检让位。十八日，大顺军开始攻城，太监曹化淳打开彰义门。十九日清晨，兵部尚书张缙彦打开正阳门，自此农民军蜂拥而入。
在这一天，崇祯逼迫皇后、嫔妃上吊。他杀死了自己的女儿，接着对天启张皇后说道：“你也死去。”
随后崇祯跟宦官王承恩赶到故宫北面的景山自缢身亡。临行前皇帝写下了这样一段话：“朕凉德藐躬，上干天咎，然皆诸臣误联。朕死无面目见祖宗，自去冠冕，以发覆面，任贼分裂，无伤百姓一人。”
虽然京城内的官僚、百姓都打开城门，喜洋洋地迎闯王，但事情往往不是人们所想的那样。此时，李自成的队伍面临跟官军一样的问题，那就是军饷。在皇宫里并没有搜到预想的军饷，李自成便把目标对准京城的官僚、缙绅。接连不断的拷问和斩杀让人们对这个新政权失去信心。这个时候，帝国的精英集团已经跟这个新政权决裂。一个既没有决然的手腕，又不懂得如何跟士绅合作的政权是没有生命力的。
二十日，吴三桂带领他的4万关宁军抵达京城附近，但此时京城已经陷落。早在元月份，崇祯就命吴三桂弃守宁远，带领他的关宁军进京勤王。但内阁辅臣不愿意承担弃地责任，他们不愿意拟票；崇祯又不愿意绕过内阁乾坤独断，导致机会一再错失。等到吴三桂三月十六日抵达山海关的时候，离京城陷落仅剩三天了。
李自成自率7万大军出城迎战吴三桂。吴三桂见占不着便宜，便回到山海关搬来了清廷救兵。四月二十二日，双方于山海关外爆发石河大战。农民军失利，李自成被迫撤出北京城，退往陕西。自此清廷开始了进鼎中原的历程。
当这些明朝官僚投降了清廷后，他们发现投降这个政权是对的。此时的清政权已经在关外成熟运作了30年，他们懂得如何与上层官僚阶层合作，以换取士绅们的支持。而农民军还没有从战争的惯性中脱离出来，这正是吴三桂没有选择投降大顺政权的原因。因为他知道自己一旦投降，面临的将会是跟他的同僚们一样的下场。
令人无奈的崇祯王朝终于成为过去，但留给人们的思索却总也不会停止。僵硬的政策，对峙的君臣，连绵的灾害，自私的人群，都会将这个王朝推向不归路。
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