秦始皇二十六年（前221年），有童谣“阿房、阿房，亡始皇”流传。
史书记载，秦始皇三十六年（前211年）发生了荧惑守心的凶兆。同年，有颗陨星坠落在东郡，落地后变为石块，有个“黔首”（老百姓）在那块石头上刻了“始皇帝死而地分”。始皇听说了，就派御史前去挨家查问，没有人认罪，于是把居住在那块石头周围的人全部抓来杀了，焚毁了那块陨石。
秦始皇三十六年（前211年）深秋的一天，秦始皇还在巡游，前面忽然出现一个陌生人，拦住马车。这人手里拿了一块玉璧，不声不响地塞给使者。使者狐疑接过，未及开口，对方就抢先说了一句话：“今年祖龙死”！掷地有声。使者吓得够呛。“今年祖龙死”，祖，就是始祖，人之先；龙，君之象。意思是说今年秦始皇要死。陌生人撂下这句石头般冷硬的话，掉脸儿飞快走掉，使者回过神再想找，人早已不知去向。
秦始皇让卢生四处求访神仙，他从海外带回图书，说“亡秦者胡也”。秦始皇以为“胡”是胡人，派三十万人北去击匈奴。却没想到的是秦朝在他儿子胡亥手里灭亡的。
秦始皇上泰山封禅祭山，下山时忽遇暴风雨，只得在松树下躲避。始皇认为松树有功，于是封树为五大夫，是为五大夫松的典故。
《史记》记载，秦始皇出巡时，在湘山祠遇到大风，几乎不能渡河。秦始皇问博士（一种官职）说：“湘君是什么神？”博士回答说：“听说是尧的女儿，舜的妻子，埋葬在这里。”秦始皇对这个湘君非常生气，认为是在故意与他作对，就派人把湘山上的树全部砍光。因为当地是红土，湘山也变成了红色的秃山。不过出土的秦代简牍记载与之相反，秦始皇在巡游湘山时赞叹“其树木野美”，明令“皆禁勿伐”。
秦始皇巡游海上，方士徐市（徐福）等入海求长生不老药，几年也找不到，害怕始皇责罚，谎说：“蓬莱仙药可以求得，但海中有大鱼阻碍，到不了那里，希望派善射的武士一同往，用弩箭射它。”始皇又梦见与海神作战，博士官解梦，说：“水神常化做大鱼蛟龙的样子，这种恶神应当除去，善神自会来临。”于是始皇命令海船带上捕大鱼的器具，自己亲自带上连弩，等大鱼出现射杀。船行至之罘时，射杀一条巨鱼，是为始皇射鱼的典故。
传说秦始皇作石桥，想东渡大海，观日出之处。当时有神人，能驱赶石头下海自动成桥，嫌石头行得慢，神人就用鞭子抽打，石头都被鞭得流血。到晋代时石头还向东倾斜，颜色还是红的，是为鞭石入海的典故。
据说秦始皇有一面宽四尺、高五尺九寸的方镜，人正面来照，镜里映像却是倒的。
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