中华人民共和国成立后，美国看出中国不可能保留帝国主义在华特权和改变社会主义建设路线，便迅速制订了敌视中国的对华政策。朝鲜战争后，美国加快组织反华包围圈的步骤。1950年4月6日，美国政府任命在野党的杜勒斯为国务院顾问，负责对日和约的缔结。6月，他访问了日本、韩国。在他访问远东期间，朝鲜战争爆发，美国加速了对日媾和的步伐。
在中日关系上，美国以对华政策为远东战略的核心来制约操纵日本对华政策。由于日本处于美国单独占领下，其内政外交都由美国来决定，加上美国当时能控制联合国的表决机器。从1950年起便加紧策划签订片面的对日和约。企图变对日军事占领为条约控制，这样既便于减少日本人民的反抗，减轻美国的经济压力，又有利于利用日本政府支持美国的远东战略。
9月17日，杜鲁门发表“对日媾和的七原则”，并指示国务院抓紧工作。10月20日，蒋介石政府的驻美“大使”在纽约成功湖听取杜勒斯对七原则的说明。1951年1月25日至2月1日，杜勒斯访日期间表示，“美国不想签订胜利者对失败者的和平条约，而是要签订作为友邦的条约”。3月，美国拟订的对日条约草案出台，30日分送给11个远东委员会成员国及印度尼西亚、锡兰、韩国等。
然而，中华人民共和国是代表中国的唯一合法政府。根据《波茨坦公告》所规定，对日和约必须先由美、苏、中、英、法五大受降国处理的原则，新中国自然要参加对日和约的会议。周恩来总理于1951年12月4日发表谈话指出：“中华人民共和国中央人民政府是代表中国人民的合法政府，它必须参加对日和约的准备、拟制和签订”，“如果没有中华人民共和国参加，无论其内容与结果如何，一概认为是非法的，因而也是无效的”。
日本人民和各阶层人士也反对旧金山片面对日媾和，要求缔结全面和约。国际上，苏联等社会主义国家、印度等国也要求新中国参加对日和约，认为美国所策动的对日和约，不仅不能缓和远东的紧张局势，反而会助长新的战争危险。
但是，美国不承认中华人民共和国，而和蒋介石集团保持着正式的外交关系。并对日本政府设置先决条件，“如果日本政府不和中华民国签订和约，美国国会就不批准旧金山对日和约。”1951年12月15日，杜勒斯到东京对吉田茂首相谈，“国民政府作为中国的合法政府。已被美国和其他国家所承认，台湾是远东的军事战略要地。日本政府同国民政府进行和约谈判，是符合日本利益的。”
日本政府当然知道中国的合法政府是中华人民共和国，他们也想和新中国建立联系。所以，最初几个月和美国之间在和中国大陆建立联系上有矛盾，但美国坚决切断日本政府和中国拉关系的想法，要其向美国对华政策看齐。12月18日，杜勒斯把一封信送交吉田茂，要他签字后送还杜勒斯。双方以此信为基础多次磋商，产生了所谓“吉田书简”，表明日本政府屈从了美国的反华政策，该书简主要内容如下：（1）日本政府希望最终同日本的邻邦中国建立全面的政治的和平与通商关系；（2）日本准备和中华民国签订重建正常关系的条约；（3）在两国间签订的条约中，有关对中华民国的条款，适用于现在中华民国国民政府控制下的或今后在其控制下的全部领土；（4）中苏友好同盟实际上是针对日本的军事同盟；（5）有迹象表明，中共政权支持企图颠覆日本宪法制度和现政府的日共；（6）鉴于上述情况，可以确认，我（吉田）没有和中共缔结两国间条约的意向。
针对蒋介石政权的担心，杜勒斯曾对顾维钧说：“如日本不遵守对美国之诺言，美国自有办法应付。我预料，日本即将于日内正式宣布它与贵方成立双边和约的愿望。”两天后，1952年1月16日，美日两国政府分别向国际社会公布了该书简。
2月16日，日本政府代表河田烈率团到达台北，日方所拟条约草案的名称为“日本国政府关于终止战争状态及重建正常关系的条约”，而没有和约的提法。这引起蒋介石集团的强烈反对，指责日方的草案并非和约而像是通商航海条约之类的。在僵持状态下，美国再次施压，要求日本必须在美国国会批准旧金山和约之前完成日蒋“和约”的签订程序。经过讨价还价，于1952年4月28日签订了日蒋“和约”，并在国会社会党、共产党、劳农党等在野党强烈反对的前提下，于5月14日强行通过了这项“和约”，并在8月5日“生效”。这是日本政府敌视中国人民的集中表现，反映了它妄图插手中国内政、重新染指台湾的企图，构成了两国邦交正常化的主要障碍。
对于片面的“旧金山和约”和非法的“日台和约”，中国政府是坚决反对的。1952年5月5日，中国政府授权周恩来外长发表声明指出：“美国政府包办制造的单独对日和约，决不是什么恢复日本主权、独立和改变日本的被占领地位的条约。恰恰相反，它是彻底变日本为美国军事基地和附属国的备战约和奴役条约。”“对于美国所宣布生效的非法的单独对日和约，是绝对不能承认的；对于公开侮辱并敌视中国人民的吉田蒋介石‘和约’，是坚决反对的”。
面对美日联合敌视中华人民共和国的政策，中国政府和人民确定的对日外交方针是针锋相对的，这就是：日本必须废除非法的日蒋“和约”，断绝同台湾蒋介石集团的所谓外交关系，中日邦交才能正常化。
但是，面对冷战格局的制约，在相当时期内美日难以改变反华政策，中日官方关系难以打开的情况下，中国如何开展对日工作，如何促进两国人民的了解和友谊，中国政府外长周恩来在同日的声明中说的很清楚：“中国人民深知，在美国占领下的日本以吉田政府为首的反动集团不能代表人民”，中国人民“愿意与日本人民和平相处，友好团结，互通贸易，互相尊重民族独立和国家主权，以保障远东和平，因为只有这样，才能对中日两个国家和人民都有利益的”。
虽然日本政府不承认中华人民共和国是中国的唯一合法政府，台湾是中国领土不可分割的一部分。根据国际法，在日本政府未与中华人民共和国政府签订和约之前，由日本军国主义侵略中国所造成的中日之间的战争状态并没有结束。但是中国政府和人民基于中日两国人民之间的传统友谊，从处理好中日关系有利于亚洲及世界和平的大局出发，以博大的胸怀和远见卓识推进中日关系的发展，为两国关系排除重重叠叠的人为障碍，虽艰难但仍不断地前进。
中日两国人民友好往来的历史渊源流长。虽然由于近代日本军国主义发动的侵华战争以及战后初期日本政府追随美国执行敌视新中国的政策，阻碍了中日两国之间正常的交往。但由于历史、文化、地理和经济等方面的原因，中日两国人民要求友好往来的心情与愿望是迫切的，任何势力都无法阻隔。日本各界人士强烈要求发展与中国的友好关系，最初表现是1949年促进日中贸易三团体和日中友好协会的相继成立。
这些团体的成立标志着在新中国成立前夕，日本已经存在要求同新中国进行贸易的社会阶层。这首先是由于日本经济在战争中遭到破坏，物质资源不足，粮食缺乏，失业率高，特别是中小企业尤为困难，他们要寻找出路；其次，国际上美国在欧洲和亚洲推行冷战政策，使国际局势趋向紧张。刚刚求得和平的日本各阶层人士对美国的冷战体制产生了危机感。为此他们展开反对战争、维护和平的运动，并要求同社会主义阵营，特别是同新中国对话，建立友好关系。所以不少进步人士，虽然与贸易无关，也参加到贸易团体中来。日本贸易团体的建立为日本与新中国进行贸易准备了组织基础，在他们的努力推动下，中日民间开始了最初的贸易往来。
二、中日民间关系的产生与发展
中国基于正确的对日政策，从处理好中日关系有利于亚洲乃至世界和平的大局出发，在开辟中日交往方面采取了主动措施，这首先表现在中国方面邀请日本民间经济团体参加莫斯科国际经济会议。
为打破西方国家“封锁禁运”与加强东西方经济交流为目的的莫斯科国际经济会议于1952年4月2日召开。会议的发起人之一中国人民银行行长、中国国际贸易促进会主任南汉宸曾于1951年12月8日向石桥湛山等日本政界、财界及学界的著名人士发出邀请函。为此，1952年1月27日，石桥湛山、村田省藏等人组成国际经济恳谈会，研究如何发展东西方贸易以及中日经济关系问题，并于2月25日推选代表及向外务省申请前往莫斯科参加会议的护照。但忠实执行美国对中苏封锁政策的日本外务省拒绝发给代表护照。但高良富、帆足计和宫腰喜助三位国会议员想尽办法，冲破重重困难，最终以访问其他国家的机会在会议开幕与闭幕之后先后到达苏联。
4月9日，高良富在国际经济会议上作为日本代表演讲，表示日本必须发展日中贸易。三位议员在莫斯科期间取得的最切实的成果就是就中日贸易的方针原则与中国代表南汉宸和对外贸易部副部长雷任民进行了会谈。中国代表看到日本朋友的友好意愿后，迅速报告给国内，中国政府决定正式邀请三位议员访问北京。
1952年5月15日，高良富、帆足计、宫腰喜助三位国会议员及其随行秘书共五人乘坐伊尔—14飞机抵达北京西苑机场。中国贸易促进委员会副主任冀朝鼎和负责接待工作的孙平化等去机场迎接，并安排他们居住在宣武门附近的头发胡同的一个四合院内。高良富、帆足计和宫腰喜助三位国会议员成为新中国成立后第一批日本客人。高良富等人到北京后与中国国际贸易促进委员会按照当时在莫斯科达成的共识进行半个月的谈判，于6月1日签订了中日之间的第一个民间贸易协议。协议规定了易货贸易方式和贸易总金额为3000万英镑。并针对禁运货单采取同类物资交换的原则。按当时双方供求关系的轻重程度，将双方出口货单分为甲、乙、丙三类，规定同类货物互换。
这个贸易协议后来在实行过程中由于受到美日反华势力的多方阻挠和破坏，经延期半年也只完成了规定贸易额的50％。但是它仍然具有巨大的经济意义和政治意义。首先，它开启了两国民间正常的贸易渠道，使中断2年的贸易交流重新启动，并为今后的中日经济交流提供模式与经验。其次，这个贸易协议在政治上打破美日政府对华的经济禁运，表达了两国人民要求友好合作、维护亚洲乃至世界和平的强烈愿望。高良富在签订签字仪式上发表的谈话中称这个协议“是中国人民与日本人民之间深厚友情的象征，是为了建设和平经过深刻考虑与长时间努力的结果所产生的。”（杨正光：《当代中日关系四十年》，时事出版社，1993年版，第17页。）另外，高良富一行在中国期间还到其他地方参观访问，了解新中国的情况。回国之后，受各方面的邀请，介绍中国的情况，使日本人民更准确地了解新中国，加深了中日两国人民之间的理解。
1952年10月2日，亚太和会在北京隆重举行，亚太地区的37个国家的378名代表出席了会议。日本代表团副团长、一桥大学教授南博在开幕式上致词中强烈表达了日本国民渴望和平与自由贸易的愿望。会议举行了12天，通过了11项决议及宣言。其中包括《关于日本问题的决议》，内容有以下四点：一、有关各国必须实行全面的、真正的对日媾和；二、反对、制止军国主义在日本复活，同时支持日本人民建设独立、民主、自由、和平的新日本；三、任何外国军队应立即从日本领土撤退，任何外国不得在日本保有军事基地，任何外国不得干涉日本内政；四、应完全取消外国政府对日本的和平建设及对外贸易的各种人为限制。（［日］岛田政雄、田家农：《战后日中关系五十年》，1997年9月第一版，东方书店，117页至118页。）会上日本代表先后发言，要求制止朝鲜战争，缔结全面对日和约，实现真正的和平。他们还从不同角度批评日本政府屈从美国执行亲美反华的对外政策。这种爱好和平、反对战争大无畏气概赢得了各国会议代表的赞同与支持。
鉴于第一次民间贸易协议经两次延长后又将期满，双方发展贸易的愿望又是共同的，所以经过20多天的谈判，第二次中日民间贸易协议于1953年10月29日签订。该协议规定商品总额和种类大致与第一次贸易协议相同，但比第一次协议更具有现实性，而且将政策上允许的部分及时的纳入新协议，有效期截止到1954年12月31日。协议后附的备忘录中首次提出了相互在对方首都设立贸易代表部的意向。
第二次中日民间贸易协议签订后，两国民间交流发展得比较顺利，到协议期满时，中日贸易实际成交额达到规定额度的38％，虽不及原计划的一半，但比起第一次协议的执行情况来，显然有很大的长进，说明中日交往在不断扩大。
随首中日民间交流的渐次展开，中日双方在解决战后遗留问题上迈出具有实质意义的一步，突出表现在中方协助日侨归国问题和中国政府宽大处理日本战犯问题上。
在日本侵华战争中来中国的日本平民很多，但随着战争的结束大部分被迅速遣返回国，而此后的遣返工作由于中国发生内战而中断，留在中国大陆的日本侨民大约有35000名。新中国成立后，尽管中日两国虽未正式建立外交关系，但从人道主义与区别对待日本军国主义和日本人民的角度出发，希望妥善并早日解决战争遗留下来的日侨归国问题。1950年夏天，中国红十字会会长李德全出席在摩纳哥召开的国际红十字会会议时，主动和出席会议的日本赤十字社社长岛津忠承接触，商谈在华日侨的归国问题。当时岛津忠承社长向中国红十字会表示，希望中国方面告知在华的日侨，红十字会会援助他们回国。1952年12月1日，中国政府有关方面就在华日侨的人数、生活状况等问题答新华社记者问时，明确表示：中国政府愿意协助自愿回国的日侨回国。关于具体事宜，日本的适当的民间团体代表可与中国红十字会协会进行协商解决。这一消息的发表被日本人称之为“渡船”。（［日］《战后日中关系50年》，第120页。）日本有关方面对此消息表示积极反映，12月25日日本在华同胞回国协商代表团派遣协议会决定组成以日本赤十字社社长岛津忠承为团长、日中友好协会的内山完造、平野义一太郎，和平联络会的田中政春等代表组成三团体代表团访问中国，就日侨归国问题进行协商。1953年1月26日，三团体代表团启程访华，这是第一个持有“中华人民共和国”国名护照的日本代表团。以廖承志为团长的中国红十字会代表团接待了日本三团体代表团的代表。双方进行了长达一个多月的谈判，于3月5日双方签署了《关于商洽协助日侨归国问题的公报》，商定由日本政府派船接运日侨回国，中方负担日侨到达港口以前的一切费用，并为归国日侨在携带物品和兑换外币方面提供方便。3月23日，日侨归国的第一船“兴安丸”满载1000多名日侨到达舞鹤港。此后，一直到1958年止，共分21次遣送了约35000名日侨归国。随着欢迎这些归国者的活动的展开，从1953年到1954年日本全国掀起了中国热。这些归国者以自己的亲身体验讲述了中国的实际情况，歌颂了无产阶级的人道主义，并和日本军队在中国进行了“三光政策”相比，唤醒了日本民众对日本军国主义在中国犯下的滔天罪行的深刻反省。
日本方面为了对中国人民为在华日侨归国问题所提供的帮助表示感谢，日本三团体经过努力，使一批在日华侨551人乘坐“兴安丸”于1953年7月2日到达天津塘沽港。同时还成立了“中国殉难者慰灵执行委员会”，调查和收集了从1943年到1945年被日本军国主义者强制劫往日本充当劳工、因受折磨而死的中国殉难者的遗骨3000多具，并于1953年7月2日开始，分10批从日本运往中国。
另外，在日本投降后，当时的远东国际军事法庭和国民党政府设立的法庭对大部分的日本战犯作了处理。关押在我国的日本战犯主要包括：被人民解放军俘虏的140名和1945年被苏联军队在我国东北俘虏并于1950年移交给我国政府的960名战犯。在几年中死亡347名，到1956年在华在押战犯共1092名。这些战犯绝大多数在侵华战争中罪行较轻，并且在关押期间有不同程度的悔罪表现，因此1956年4月25日，全国人民代表大会常委会作出了关于处理在押日本侵华战争中战争犯罪分子的决定。决定中明确表示：鉴于日本投降后10年来的情况的变化和现代的处境，鉴于近年来中日两国人民友好关系的处境，鉴于这些战犯在关押期间绝大多数有不同程度的悔罪表现，因此，决定对于这些战犯按照宽大政策分别予以处理。对于次要的或者悔罪表现较好的战犯，可以从宽处理，免予起诉；对于罪行严重的战犯按照其所犯的罪行和在关押期间的表现分别从宽处理；在日本投降后又在中国领土上犯有其他罪行的战犯，对于他们所犯的罪行，合并论处。
根据全国人民代表大会常委会的决定，最高人民法院特别军事法庭于1956年6月9日至20日，对17名罪行特别重大的日本战犯进行了审判，按照他们所犯罪行和在押期间的表现，分别从宽判刑。6月21日，最高人民检察院对335名次要的和悔罪表现较好的日本战犯，宣布免予起诉，立即释放，遣送回国。到8月21日，最高人民检察院在抚顺对在押的354名日本战犯宣布免予起诉，并立即释放。这是中国政府释放的第三批日本战犯。至此，在押的1062名战犯已经全部处理完毕。
中国政府对日本战犯的处理方式既明确了日本军国主义者在侵略中国时所犯的罪行，又体现了中国人民宽大为怀的气度，（吴学文：《战后中日关系》，第44页。）赢得了日本广大社会阶层的称道，为恢复和发展中日两国关系奠定了深厚的群众基础。
随着中日民间往来逐渐升温，1954年国庆节前夕，日本两个超党派国会议员代表团来北京访问。一个是出席斯德哥尔摩世界和平大会和访问苏联后来到中国的议员团，它们是由自民党的西村直己、改进党的中曾根康弘、樱内义雄、园田直等以及共产党的须藤五郎等。另一个是日本方面派来中国参加中国国庆节的大型代表团，他们是自民党的山口喜久一郎、小川平二、宇都宫德马，左派社会党的铃木茂三郎、佐佐木更三等。这两个超党派议员代表团共有40多名成员，其中包括各党派的实力人物和有影响人士。
10月11日，周恩来总理在中南海紫光阁会见了代表团，并就中日关系当前存在的问题发表了谈话。谈话重申了中国对日政策基本方针，并强调和平共处五项原则将成为以后中日两国关系正常化的重要指导方针，大致可归纳为以下几点：一、日本可以拥有用于自卫的军备，但不是美国指挥下的军队。二、希望日本人民团结自立，赢得独立。三、中日两国人民要加强友好往来，阻止日本军国主义复活的危险。四、妨碍中日关系正常化的主要原因是日本对美与对台关系问题。五、和平共处五项原则是处理中日关系的根本原则。六、只有两国共同实现工业化才能和平共处。（“农业中国、工业日本”是错误的。）七、中国即使强大了也不会威胁日本的发展。以上七个要点对日本各代表具有充分的说服力，给议员代表们留下很深的印象。
1954年10月30日，以李德全为团长、廖承志为副团长的中国红十字会代表团由香港乘英国航空公司的飞机到达东京羽田机场。日本各界人士对新中国第一个访日代表团给了热烈而盛大的欢迎。
1955年3月29日，由外贸部副部长雷任民率领的中日贸易代表团到达东京。这是新中国派往日本的第一个贸易代表团。以村田省藏为首的日本国际贸易促进会和以池田正之辅为首的国会议员促进日中贸易联盟组成了有各大党派议员和工商界的代表参加的代表团，同中方代表团就缔结新的中日贸易协议进行了为期一个多月的谈判，于5月4日在东京签订了第三次中日民间贸易协议。
进一步发展和扩大对华贸易是鸠山内阁的既定政策，因此这次贸易协议是得到两国政府支持的。尤其是协议规定同意在对方境内举办商品展览会，双方同意在对方设置常驻贸易代表机构，其代表享有外交官待遇的权利等。这就使协议具有了明显的半官半民的性质，体现了“民间贸易、官方挂钩”的特点。这种进步与鸠山内阁为促进中日官方接触而作的努力是分不开的。当这次协议签订之际，鸠山内阁表示为实现协议内容要给予支持和协助，显示了他希望发展中日关系的积极态度。但是由于受到来自美国的干涉，鸠山内阁并未在官方挂钩的方式下取得进一步的突破，其对华政策仍受到很大限制。
三、岸信介内阁破坏中日民间关系
1957年2月25日岸信介内阁代替了执政仅两个月、对华态度较为积极的石桥内阁。岸信介内阁上台后在外交方面碰到的大课题就是对华关系问题。因为作为当时中日之间交往主要窗口的中日第三次贸易协定，在协定期满延长一年后将于1957年6月到期。
岸信介上台后表现出比前两届政府更亲美的倾向。日本评论家岩村三千夫指出：“岸内阁比鸠山内阁更接近美国是事实。”然而岸信介还用讨好台湾当局的办法来取媚于美国。1957年6月初，岸信介做了前几届首相都不敢做的事：访问台湾，干涉中国内政。
中国政府的对日政策是：一方面，批评日本政府追随美国反华、不承认中国的政策；一方面，发展中国人民和日本人民的友好关系。以民间关系推动官方关系。周总理指出：“中国政府主张撤除人为的障碍，打开中日两国之间的贸易”。“先从民间的频繁来往并且达成协议开始。把两国的关系大大发展，最后就剩下在外交上宣布结束战争状态，恢复正常关系”。但是日本岸信介政府并不愿意和中国发展友好关系，一再拖延中日贸易协定的谈判，在既怕得罪美国又怕失掉和中国扩大贸易机会的两端徘徊着。对此，中国政府一直希望岸信介政府能从日本民族利益出发，作出明智的决定。但对岸信介访台、访美时的一系列反华言行，中国政府当然要予以驳斥。1957年7月25日周总理声明：“岸信介支持蒋介石‘收复大陆’，这就是岸信介不惜公开敌视六万万中国人民的表现”。“日本同美国友好我们并不反对。我们主张一切国家都应该互相友好而不应该互相敌视。问题在于岸信介跑到美国去拿诬蔑新中国来讨美国主人的欢心”。同时表示对中日新的贸易协定的谈判，中方的原则立场是：“我们甚至考虑同日方有关方面签订长期贸易合同，为了中日两国经济的发展，中日贸易应该发展得更好。但要我们的代表打手印，使通商代表团变成非正式的。这是对我国的侮辱，实际上是破坏通商代表团的设立。至于我国，我们从未设想过对日本通商代表团的设立附加任何条件。”
在日本人民发展中日贸易的愿望的推动下，9月14日，拖延了四个月的日本第四次贸易协定谈判代表团终于起程来华。在香港，团长池田正之辅说：“迟延并不是由于协定本身的原因，而是因为‘内部的纠纷’。”
“中日双方对国旗达成了谅解：日中双方关于国旗问题，在两国互相不承认的今天，给予悬挂国旗的权利和承认没有任何关系是当然的。”但池田想以收回修改要求换取中国方面同意改变原来协议的关于“双方商务代表机构”人数不加限制和双方可以根据工作需要选派人员的原则规定。对此，中国方面未予接受。尽管谈判进行得很困难，但中国方面力促谈判能够成功。日本代表团十名成员（自民党、社会党、共产党、日本国际贸易促进协会、日本输出入组合各两位代表）经过讨论，绝大多数人认为不应受自民党修改意见的限制，从国内贸易要求来看应达成协议；最后决定维持去年草签的协定，同意签字。3月5日，第四次中日贸易协定终于成立了。
由于美、台对日本政府施加的压力，促使岸信介政府对协定的态度起了重大变化，从拖延表态发展到公开破坏协定。岸信介当时的考虑是：“作为中共以此为手段，进一步发展在事实上的承认，由此使日本和国府的关系，进而使日本和美国的关系恶化；另一方面也使日本国内发生分裂混乱”。遂决定：“由于和中共贸易的比重还不大，将来再做各种各样的考虑吧”。
5月2日，在日本长崎中国邮票、剪纸展览会上，两名日本暴徒把中国国旗扯下来。长崎警察署简单调查后，叫两人行使沉默权，当晚9点40分释放，在此之前，对会场悬挂中国国旗，台湾驻长崎“领事”常家铠曾向长崎市政府提出抗议。另外在开幕时，台湾大使馆提出从会上撤去中华人民共和国的展品遭到拒绝。一连串的迹象显示长崎国旗事件不是偶然事件。
事件发生后，日本外务省说刑法第九十二条不适用于此一事件，换句话说，那两个日本青年将不致按“妨害外国国旗罪”处罚。这是日本政府公开纵容包庇罪犯。岸信介5月6日说：“日本的国内法不能保护中共的国旗。”日本政府很清楚中国对这次事件的重视，也知道应该如何解决。但是日本政府首先摆出对抗的架势，决心把中日关系恶化下去。日本政府决定：延缓缔结包裹及通邮、交换气象预告等协定，拒绝日本渔业界所提支持订立新渔业协定的要求。并扬言这次采取强硬态度。
“长崎国旗事件”激起中国人民极大的愤慨。新华社北京6日消息指出这两个暴徒的行动是岸信介屈从蒋介石、美国，敌视中国人民行动的一部分。5月9日陈毅副总理兼外交部长指出：“岸信介政府纵容暴徒在长崎侮辱中国国旗的事件，说明岸信介政府敌视中国的态度已经到了令人不能容忍的地步”。“他们反对的是中日贸易同中日两国人民友谊的结合，他们要的是使中日贸易为他们讨好美国、勾结蒋介石集团、敌视中国的政治服务。侮辱中国国旗的长崎事件就是在岸信介政府直接纵容和包庇下制造出来的。这些言论和行动是对中华人民共和国的侮辱，是蓄意向六亿中国人民挑衅。岸信介政府必须对由此而产生的一切后果负完全责任”。
岸信介的反华政策迫使中国政府不得不采取断然行动。5月7日侵入中国禁渔区的十四艘日本渔船被中国海军扣留。5月9日停止和日本进行的一切新的贸易谈判。同一天中国贸易促进会给日本三团体发了抗议电。10日，中国停止在东京的中日钢铁易货谈判。同一天中国宣布对武汉、广州日本展览会展品不予购买。5月12日，中日之间经济贸易关系全部中断。
在处理中断中日关系问题上，中国政府的原则立场是明确的。1958年7月7日人民日报的社论说：“就中日关系来说，中国人民的态度是非常明确的。中国人民对于日本人民始终表示友好……但是，如果岸信介政府继续敌视中国人民，继续制造‘两个中国’，继续阻挠中日两国正常关系的恢复，中日关系全面中断情况就会继续延长，对此中国是有思想准备的。”
但是，在具体的做法上，中国政府重视中日民间往来的态度仍是十分清楚的。中断关系两个多月后，1958年7月30日，日本社会党外事局长佐多忠隆访华回国时，带回中国方面打开中日关系的六项原则条件，即：（1）立即停止并不再出现敌视中国的言论和行动；（2）停止制造“两个中国”的阴谋；（3）不阻挠恢复中日两国的正常关系。此外关于长崎国旗事件，中国要求：（1）由日本政府代表团在现场重新升起中国国旗；（2）惩罚撕下中国国旗的犯人；（3）向北京派遣政府代表团表示道歉。中国方面认为只要这些条件能做到，重新打开中日关系是可能的。9月6日，人民日报评论员文章表示：只要岸信介政府能够立即放弃敌视中国的态度，停止制造‘两个中国，的阴谋，保证不再阻挠中日两国正常关系的恢复，那么改善岸信介一手造成的中日关系的僵局，还是有可能的。但是中国政府为解决中日关系而提出的六项条件遭到岸信介政府的拒绝。10月10日，中国人民对外友好协会仍然表示：如果岸信介政府彻底改变敌视中国的政策，并且采取必要的具体措施，那么，可以考虑在改善贸易、渔业等关系上予以协助。
日本政府在台湾海峡危机中支持美国威胁中国，10月又开始修改予头对准中国的“日美安全保障条约”，这理所当然地遭到中国政府的驳斥。11月9日，陈毅外长发表声明，严厉谴责岸信介的反华政策。指出：日美两国准备修改的“日美安全保障条约”的实质是美帝国主义奴役日本民族的、片面的不平等的条约。这个条约使日本越来越被美国带进它所制造的战争边缘。提出岸信介内阁一天不改变反华政策，中国一天不和日本政府发生关系，这表明由于岸信介反华政策所产生的恶劣影响，在岸信介任期内发展中日关系已不可能。
四、中国对日政策的发展
中国对日政策在1959年3月日本社会党委员长浅沼稻次郎访问中国时有了新的重大发展。在浅沼稻次郎和中国外交学会会长张奚若发表的联合声明中，中国方面第一次提出对日关系政治三原则：①停止执行敌视中国的政策；②不参加制造“两个中国”的阴谋；③不阻挠中日两国关系正常化的趋势。并指出只有采取与此相适应的措施，才能打开岸信介造成的中日关系的僵局。声明还指出，否则，重开中日贸易是不可能的。
1960年8月27日，周恩来总理在北京接待了日本贸易促进会专务理事铃木一雄。在会谈中，周总理提出了中国方面对日贸易的新原则。周总理提出，“过去中日双方曾经搞民间团体协定，想通过民间协定来发展中日贸易。经过岸信介政府这一段时期，证明这种做法行不通。岸信介不承认、不保证民间协定的实施，并且采取敌视中国的政策来破坏它。我们不能容忍这种行动，只好将中日贸易来往停了二年半。”接着周总理提出对日贸易的新原则是：（1）政府协定；（2）民间合同；（3）个别照顾。后来被称为经济三原则。周总理并表示：“根据中日两国人民的愿望，中日贸易如果能够恢复过来，对两国人民都有好处”。在这次谈话中，周总理还指出中日贸易三原则必须和政治三原则相联系，“政府之间的贸易协定总要在两国政府向着友好方向发展，并且建立起正常关系的情况下才能签订。在政府关系方面则坚持我们说过的政治三原则”。从此，在中日关系方面，我们坚持了“政治三原则”、“经济三原则”以及政治和经济必须结合的原则。这些原则对中日关系的正常发展有重大作用。
在上述政策的指引下，中国方面在政治上加强了和日本国内要求促进中日邦交的各派力量的合作。在坚持原则性的同时，方法上更加灵活，追求实际效果。事实上，早在1958年中国国庆节起，中国接待日本朋友来华访问就恢复了，并逐渐增多。中国方面和日本社会各阶层人士的接触增加，包括日本有势力、有影响，过去反对过我们的人士。特别突出的是从1959年起日本执政党自由民主党要员多次来访。1959年自民党顾问元老松村谦三来访。1960年10月高崎达之助访华（他后来为建立备忘录贸易作出贡献）。1962年9月松村谦三再次来访。在继续坚持和日本人民友好的同时，加强对日本政界上层的工作是很有意义的。通过中方耐心细致，以诚相待，摆事实讲道理，争取朋友的成绩很明显。如岸信介内阁的通产相高崎达之助、外相藤山爱一郎后来都成为促进中日邦交的友好人士，反对日本支持美国不承认中国的政策，并为中日邦交的实现贡献了力量。
周总理提出的中日贸易三原则是充分考虑了当时冷战形势下中日关系的现状，即坚持中国外交的原则立场，又为打开双边关系采取了灵活、合情合理和照顾日本人民的政策。所以，中日贸易三原则在日本得到了日本经济界的欢迎，日本政府也表示支持。中日贸易之门重新开启，势头很好。针对这种情况，中国决定采取两条腿走路方针，一方面继续同日本各友好公司打交道，以支持中小企业和进步友好人士；另一方面也同日本的大企业做生意，购买中国经济建设所需要的设备。
具体做法是：由日本企业向日中贸易促进会、日本国际贸易促进会、日中友好协会提出申请，经上述三团体向中国国际贸易促进委员会推荐，再由中国国际贸易促进委员会承认日本这些企业为“友好企业”，然后由这些“友好企业”直接同中国各贸易公司联系，进行洽谈，签订民间贸易合同，这一方法行之有效。到1961年底，日本就有包括大银行、大公司在内的181家企业与中国签订贸易合同。民间贸易日渐发展。
随着贸易的扩大，双方都产生了进一步强化渠道的愿望。1962年12月27日，达成了《中国国际贸易促进委员会和日中贸易促进会、日本国际贸易促进协会、日本国际贸易促进协会关西本部议定书》及附属备忘录。双方就进一步推动中日两国人民间的友好贸易问题取得完全一致的意见。在当天的签字仪式上，周恩来、陈毅、廖承志等中国领导人出席，该议定书确认中日关系政治三原则、贸易三原则、政治经济不可分原则精神，指出：今后两国贸易仍以民间贸易为主，在民间贸易基础上，两国有着广阔光明的前途。具体规定了两国贸易促进会团体的会务关系，包括代表团交流、技术交流、银行联系、互办展览会等诸多方面以及举办展览会的具体事项等。这些都为中日贸易进一步发展打下基础。
五、中日备忘录贸易的达成
1962年9月，松村谦三带着池田首相重托应邀来华访问。在中日贸易不断扩大的形势下，日本方面也希望寻求一个进一步稳定日中贸易的方法。日本方面设想了几个方案。如日本空运株式会社社长冈崎嘉平太为发展中日贸易，制定了一个“冈崎试行方案”，主张主要抓两件事：（1）要有长期计划；（2）向中国出口成套设备，日本技术人员到中国安装机器，同中国人一起工作可以改善中国的对日感情。这个方案被池田首相、黑金泰美内阁官房长官、佐藤荣作通产大臣接受，日方还设想如果找到“第三国担保”，可以使用延期付款方式。但找“第三国担保”难以办到，日方又设想由中日双方有名望的个人来担保，中国可请廖承志、松村谦三担保。日方的这些积极态度引起中国领导人重视，中方也希望扩大中日贸易。因此，邀请松村谦三访华，池田首相亲自出面请松村搭桥，并授以全权，还派日本长期信用银行专门董事田林政吉、国会议员小川平二随行，以示支持。
9月13日至24日，日本自民党顾问、众议院议员松村谦三访华。15日，周总理、陈毅副总理接见并宴请了他，并向他祝贺八十岁寿辰。16日、17日、19日连续三天，周恩来、陈毅同松村进行友好、坦率的长谈，双方认为中日关系不可能一日之内就实现正常化，但必须逐渐向前发展。松村提出了“积累方式”，从扩大贸易人手，逐步改善两国政治关系。中国表示赞同，周总理还补充说，中日两国的政治关系和经济关系既要能够结合起来发展，也要能够平行发展，双方既要用渐进的、积累的方式发展经济关系，又要用渐进的、积累的方式发展政治关系，并且应该使这两方面的关系互相影响，互相促进，而不是相反。这次会谈中，双方就如何扩大中日贸易问题，最后确定了四点内容：（1）采用以货易货的做法，以便使双方进出口基本平衡；（2）开列各自的出口主要商品，进行综合性的贸易；（3）双方贸易合同应是长期的，以5年为期；（4）日本采用延期付款方式向中国出口成套设备。由于松村是为打开中日扩大贸易渠道而来的，原则定下来，双方商定由前通产相高崎达之助另行访华，和廖承志商订一个具体方案予以落实。
由于松村谦三先生访华取得成功，并且就中日贸易的原则问题达成了一致。因此，日本政府认为签订新的贸易协定的时机已经成熟，决定立即派出以前通产相高崎达之助为团长的由42人组成的大型代表团访华，于10月26日到达北京。团里包括竹山佑太郎、野田武夫、松本俊一、冈岐嘉平太以及22家企业的负责人。29日，周恩来总理、陈毅副总理会见高崎达之助。11月2日，周总理会见高崎达之助时指出：“一切事物的发展大都是由小而大、由少而多逐渐地发展起来的。一件新的有发展前途的事情，在开始的时候，大多是简单的，而最后完成的时候却是巨大的。中日贸易的发展应该使用渐进的、积累的方式进行。毫无疑问，中日贸易发展的前途非常广阔，中日两国互通有无的需要是很多的。但是，在世界上、在日本，确实还有一部分人不愿意看到中日两国人民友好。因此，我们要对他们提高警惕。我们应该披荆斩棘，不把障碍看在眼里，为中日两国人民世世代代友好而努力前进。”
中共中央这时对国际国内形势作了认真的思考，在中国社会主义建设思想上有了一些新认识。在建设方针上仍然强调“自力更生、奋发图强”，但也认识到“关起门来搞建设不利”，要争取国外的先进技术。而当时可能争取的技术来源，美国坚决反华，对我国进行封锁。欧洲太远，没有联系途径，只有日本有可能。虽然日本跟着美国反华政策走，技术也是从美国引进的，但中日之间距离近，民间外交有基础，日本有对华出口的热情和需要（通过出口赢利）。所以，中央决策要争取使中日民间关系上一个台阶，为中国经济建设作些贡献。为达成新的贸易协议，中方在一些问题上比50年代签订第三、第四次中日贸易协议时作了灵活处理。这样，中日双方由于已就原则问题达成了一致，所以具体问题的会谈进行得十分顺利。11月9日，廖承志、高崎达之助分别在《中日长期综合贸易备忘录》上签字。这是一项具有长期的、综合的、易货的、采取延期付款方式特色的贸易文件，以民间贸易形式出现，但经过两国政府承认，已接近于一种政府贸易协定的性质，具有半官半民的性质。这是当时国际贸易中的一个创造。
中日备忘录贸易的成立使中日关系向前推进了一大步。1．这是由中日两国政府支持的贸易协定。形式上虽以有名望的个人担保，但廖、高都是政界大人物。还规定两国政府要对备忘录签订的有关协定给予保证，兼具政府协定的性质。2．使中日贸易纳入了长期、稳定的轨道。时间上以五年为一个贸易时期。从种类上，规定了综合的性质和品种，使双方贸易余地扩大，实质上突破了“巴统”的限制。3．从经济领域扩大，备忘录是在确认中方提出的政治三原则、贸易三原则，政经不可分原则基础上达成的。并为发展中日关系，最终实现中日邦交正常化找到了全面联系的渠道。4．开了引进西方先进技术的好头。日本当时的技术大多是从美国引进的先进技术。中国从日本进口成套设备、新技术对提高中国的技术水平有很大帮助。5．促进中日贸易发展。在以前双方民间贸易团体之间“友好贸易协定书”之外，又增加了半官方的备忘录，两者互相促进。6．设立了半官方的常设机构，廖、高办事处的相互设立其性质和职能都超出了经济领域。（首席代表1人，代表2人，随员2人）使双方在对方首都有了固定的联系机构，实质上起着不挂国旗的大使馆的作用。（但是其中规定，双方代表人员不享受外交特权，双方都不挂国旗，都不使用密码电报。）
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