按照菲律宾的法律，总统一届的任期是4年，马科斯上任这年48岁，阿基诺33岁，正是而立之年。当时的阿基诺虽然和马科斯处于不同政党，但是他对这个新上任的总统并没有恶感，相反还有些敬佩，因为马科斯在菲律宾的抗日战争中是名声赫赫的英雄。而且十几年来坦荡顺利的仕途，也让阿基诺坚信自己的政治生涯会变得更加光明。所以当马科斯宣誓就职总统时，阿基诺已经开始为4年之后的总统竞选做积极的准备了。他要在4年之后，令菲律宾朝着他早就设计好的美好蓝图持续发展。
然而在1966年正月期间，当菲律宾参议院议长马科斯退出自由党而以国民党领袖的身份当选为总统后，阿基诺和马科斯之间就不可避免地发生了政治上的冲突。一年后，阿基诺正式担任自由党的秘书长，成为马科斯的政敌。
1967年，阿基诺担任打拉省省长6年之后，参加参议员竞选。结果他是自由党竞选人中唯一的获胜者，但是，因为当时他的年龄还差几天才到35岁，不够法定岁数，所以总统马科斯领导的国民党以此大做文章，对阿基诺的当选提出非议，参议院选举法官团不得不进行表决，最终证实阿基诺的当选是合法的。
阿基诺在全国参议院选举中得票仅次于马科斯，名列第二，因此被自由党推荐为总统的可能候选人。但是，在1971年9月，马科斯指责阿基诺为菲律宾共产党成员，从而阻止阿基诺参加总统竞选。
马科斯在执政之初，虽然颇有作为，实行了“土地改革”，发动“绿色革命”，注重教育，启迪民智，取得了一定的成绩。从1976年起，粮食已能自给自足，1977年起，粮食还能少量出口。这一切为他赢得了1969年连任的机会。但是1969年，马科斯蝉联总统职务时，菲律宾社会矛盾与他1965年初上任时的矛盾四伏、政治混乱、犯罪率高、世风日下相比，有过之而无不及。
而且60年代末到70年代初动荡的格局同样影响到了菲律宾。学生们在国会台阶上集会，要求重视学生权利，他们抗议菲律宾和美国卷入无休止的越南战争，他们反对马科斯派军队参加印支战争的决定。对这些，阿基诺都毫不犹豫地给予学生各种支持，他认为，不论是菲律宾人还是美国人都不应该干涉越南内政。
同时，人们对马科斯的经济政策也越来越感到不满，特别是对政府成员的贪污腐化更为痛恨。而马科斯此前已经连任了两届总统，根据菲律宾宪法，他是不能再参加下一届总统竞选的。因此，菲律宾人民都把希望寄托在了年轻的政坛后起之秀阿基诺的身上。
可是，就在这时候，一件令阿基诺和所有菲律宾人民都没有意料到的事情，发生了。
1972年夏天，马科斯眼看第二届总统任期即将届满，开始恋栈总统的职位。为了达到他长期统治菲律宾、建立马科斯王朝的目的，他于1972年9月21日签署“军事戒严令”，宣布在全国实行军管，并且逮捕了当时已经成为反对党领袖的阿基诺和数以千计的所谓“颠覆分子”，并禁止集会、游行和罢工。从此，马科斯开始了长达10年的军事管制。1973年，马科斯实施军管后的第二年又颁布了新的宪法，改美国式总统制为英国式责任内阁制，规定总统在军管期间兼任总理职务。
为维护专制统治，马科斯在1972年9月23日匆忙宣布解散议会，并且在随后的日子里任人唯亲，培植死党，试图将整个菲律宾打造成属于他一个人的马科斯王朝。在他的严酷统治下，议会形同虚设，政党活动绝对禁止，大批反对他的政界人士、记者、学生身陷囹圄，“国人莫敢言，道路以目。”
作为马科斯的头号政敌，阿基诺自然是马科斯不得不下手除去的第一目标。他当时被捕时被加身的罪名是“策划谋杀、颠覆以及非法拥有武器”。按照军管法，这些罪名只要有一项成立，就足以被判死刑。
为了证明自己的清白，阿基诺在狱中进行了顽强的斗争，其中一次绝食长达40天之久，最终导致体力崩溃，被送进了医院。1973年8月，在被关押了近一年后，军事法庭才开始审理他的案件。阿基诺首次被带到军事法庭接受审判，不过，他坚决否认该法庭的合法性地位，嘲笑这种做法是“极不公正的”，因而在整个审讯中一直都拒绝抗辩，以沉默应对各种审讯和栽赃。
经过长达4年的审判之后，1977年11月，军事法庭判定阿基诺“策划谋杀、颠覆以及非法拥有武器”罪名成立，按照当时的军管法，军事法庭宣判阿基诺死刑。阿基诺当时在法庭上的反应是：“如果马科斯先生真的认为我有罪的话，我希望明天就被处死。”后来，阿基诺又写了一封信给最高法院的法官。他在信中形容军事法庭对他的所谓审判是“下流而又不道德的”。他还说：“马科斯先生对我的指控是毫无根据的，因此我也是无罪的，不过我宁可被刽子手处决，也不会在这个法庭上为自己辩护的。”
阿基诺的律师向最高法院提出上诉，要求暂停执行军事法庭的判决，国际舆论对此的反应也极为强烈。迫于当时国内外的压力，马科斯被迫做出让步，下令重新审理此案。
1978年，因为马科斯的夫人伊梅尔达被非正式定为总统继承人，这种赤裸裸的“马科斯王朝”式的做法不但彻底激怒了国内的民众，同时也受到来自国际方面的不小压力。为了改善自己的形象，马科斯不得不宣布重新设立国民议会，开始新一轮的选举。阿基诺在狱中宣布竞选临时国民议会议员，其竞选结果几乎击败了马科斯的夫人伊梅尔达。
与阿基诺关系密切的日本国会参议员石原信太郎在他的回忆录中提到——在被马科斯囚禁的4年中的一个晚上，阿基诺在议员会馆见过一位日本商界名人，这位商人对阿基诺非常敬佩，他跟马科斯也有交往。阿基诺告诉石原，他之所以长期遭到关押，是由于他自己不愿走出牢门，他要让马科斯尝尝“请神容易送神难”的滥捕后果。
石原是在马尼拉郊外的博尼法西奥堡——一座西班牙旧要塞改造成的军事监狱里见到被囚禁的阿基诺的。而他之所以能够这么顺利地见到阿基诺，并不是马科斯突然良心发现，而是因为阿基诺被捕后，他本人虽然被关押在监狱中，但他的声望却并没有因为被关押而有所减弱，反而在菲律宾民众当中日益高涨。面对这种情况，摆在马科斯面前的，只剩下两条路：要么继续关押阿基诺，甚至是派人暗杀这位头号政敌；要么，就只有将他放出去。
在经过一番深思熟虑之后，马科斯觉得如果继续关押阿基诺或者是派人将他暗杀，只会加重自己在菲律宾民众当中的丑恶形象，加深民众对于自己的恶感；反而会白白便宜了阿基诺，让他成为菲律宾人民心目当中的英雄。只有放了他，让他出去，才能逐步想办法削弱他在民众当中的声望和影响力。
但是诚如阿基诺在见到石原时候对他说的，“请神容易送神难”，马科斯虽然轻而易举地就将阿基诺逮捕，并以莫须有的罪名几乎将他置之死地。但是现在，同样的，他想释放阿基诺，也变成了一件棘手的事情。因此，马科斯非常想找个人能劝阿基诺走出监狱，以便收场。
最后，马科斯从科拉松那里获悉，只有日本的石原信太郎议员可能劝说阿基诺。于是马科斯专程派人飞赴日本，邀请石原议员到马尼拉做客，并要石原探视狱中的故友阿基诺，见机行事，劝劝他接纳马科斯要释放他的“好意”。几经考虑后，石原最终还是接受了马科斯的邀请。
在博尼法西奥堡军事监狱中，石原和阿基诺经过长时间的交谈，最终不但没有劝说他离开监狱，反而严肃地说道：“我认为你应该留在这里，不管有多大的险恶和苦难，希望你能留在这间斗室，贯彻你的主张。你如果是一个政治家，更应该继续燃烧着希望的火把，让你的同胞有个向心依托的目标；即使死在狱中，也是值得的，我相信你的意志有实现的那天。”
阿基诺对于老友的这番话深表赞同，两人相互勉励，随后石原离开了军事监狱。石原离开监狱后去见了马科斯，但此时马科斯已经从狱卒口中得知了两人之间交谈的内容，面对石原，他并没有再提阿基诺的事。直到石原临走时，马科斯才附到他耳边悄悄地说：“你是不会知道的，阿基诺是美国中央情报局和共产党的双重间谍，我们有很多重要的证据。”
邀请石原来做说客的计划完全失败了，面对阿基诺这个不能杀、不能放、继续关着也不是事儿的“烫手山芋”，马科斯一时间也想不出更好的办法来处理。不过，三年以后，他一直苦等的机会终于来了。
作为政府对反对党采取和解的一个步骤，1979年12月，阿基诺被准许有三个星期的假期，陪他的家人一起过完圣诞节和新年。然而就在他的三周假期刚满不久，阿基诺突然在狱中两度心脏病发作，情况十分危急。
马科斯抓住这个机会，告诉阿基诺将会把他移往军方医院接受治疗，但阿基诺为防不测，主动提出要让他到美国接受心脏手术的要求，否则他宁愿死在狱中。阿基诺的这个要求，正中马科斯的下怀。
于是在1980年5月，马科斯的夫人伊梅尔达出面保释阿基诺出狱到美国进行手术治疗，条件是到阿基诺到美国后不准再从事反马科斯的政治活动，并且在手术后仍然要回到军事监狱继续服刑。阿基诺答应了这个条件，此时，他在狱中已经被关押了7年又7个月。
阿基诺的心脏治疗手术是在美国达拉斯的贝勒大学医疗中心进行的，手术十分成功。阿基诺恢复健康后，按照保释之前他和伊梅尔达约定的条件，决定回国。但是当他通知马科斯自己准备回国的消息后，马科斯却告诉他：“你可以留在国外，想留多久就留多久吧。”
为了甩掉阿基诺这个“烫手山芋”，马科斯等了足足三年之久，好不容才等到机会将他扫除菲律宾国门之外，当然不会那么轻易让阿基诺回国了。伊梅尔达当时提出的条件也只不过是走走过场的场面话而已，在马科斯心中，巴不得阿基诺从此以后一直待在美国，老死也不要再回菲律宾了。
马科斯原本还担心阿基诺硬要回来，不过这一次，他的担心显然是多虑的。不知是出于什么样的考虑，阿基诺这一次竟然接受了这位政敌的建议，并没有返回菲律宾，而是在美国开始了他的政治流亡生涯。
阿基诺在美国一共居住了3年时间，在这3年里，他先后接受了哈佛大学国际问题中心和麻省理工学院东南亚研究中心的资助，一面搞学术研究，一面仍发挥他反对党领导人的作用。
1980年，由于马科斯放宽了军事管制，恢复了部分政党的活动，8月，一些反对党组成了“统一民主反对党”，由前国会议员萨尔瓦多·多伊·劳雷尔任主席，但实际的领袖却是阿基诺。
1981年3月，马科斯宣布结束军事管制，同年4月7日，又通过公民投票再次修改宪法，决定采取法国式议会制，总统将由选民直接选出，任期6年，菲律宾国内政局的趋于缓和，这使得阿基诺萌生了要回国的念头。
1983年4月，50岁的阿基诺在麻省理工学院应邀出席一次午餐会时，他向在场的人们宣布：“我必须做出选择，是做美国人，还是做菲律宾人。”
同月，他看到一部电影——《甘地传》。讲述的是甘地凭着个人胆识和不屈的奋斗，唤醒整个民族，终于使国家获得独立的故事，这对阿基诺产生了强烈的冲击。看完电影后，他和他的朋友说：“如果我能回国，我将采取甘地式的非暴力斗争方式，以便把民主带回菲律宾。”
同年5月，阿基诺在麻省理工学院参加一个研讨会，他向以色列《国土报》的一位记者说，他过去曾想发动武装起义，推翻马科斯，但后来改变了主意。现在他要和马科斯对话、谈判——“我不想在美国活动，即使再次被捕，我也要回去。”他还说，他担心马科斯一旦死去，军人会接管菲律宾政权，到时候军管时代将会再次降临在自己的祖国。
阿基诺的话并非无的放矢，因为在1981年10月，马科斯前往墨西哥坎昆参加南北最高级会谈后，专程到美国做了一次身体检查。据可靠人士透露，马科斯患有白血病或恶性肾脏病等不治之症。《纽约时报》还登载了一篇新闻分析，指出伊梅尔达在纽约买下了一幢价值400万美元的豪华公寓，人们认为这是这位菲律宾第一夫人为了马科斯死后她能安度残年而做的准备。如果这个消息确实可靠，那么菲律宾极有可能再次发生如同1972年军管一样的“政变”。因此，阿基诺觉得他非常有必要在马科斯去世之前赶回菲律宾。
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