当城墙上的守城军和睡觉的浩罕兵清醒后追杀而来时，黄万鹏早已带领大队骑兵冲进城， 把所有反抗的浩罕兵一个不剩地砍杀了。
那守城的浩罕长官和他的贴身侍卫趁乱， 想夺路逃出城门去，却被黄万鹏一连两刀，把俩人的脑袋砍掉了。刀法之快使他们无法还手，刀法之准使他们无法躲闪。
叶尔羌终于被收复了。区力和他的二十多名浩罕兵被分编在屯田军中开荒种地。那五百多精壮汉子由于冲杀有功，除了牺牲的人，所有活着的都被编入清兵队伍中为国效力。
刘锦棠正准备攻打英吉沙， 忽然得到总探长张胜宇在喀什噶尔汉城安排的密探的报告， 说喀什噶尔汉城的守将何步云准备献城投降。
刘锦棠便暂停进攻英吉沙，向汉城进军。此时何步云派心腹向刘锦棠送来了秘密情报，刘锦棠看后茅塞顿开。
何步云原本就是汉城的清兵守备， 当阿古柏攻进汉城后他被迫投降了阿古柏，而他的军师吕良谋趁乱逃走了。
吕良谋平时不肯露面，所以，浩罕人不认识他。他逃出城在农村种地为生。此时听说清兵要收复西四城， 他应何步云的邀请，又潜入汉城，隐入何步云的府中，为何步云出谋划策。
何步云投降阿古柏之后，忍气吞声，受尽了凌辱，但他却一直隐忍着。如今清兵收复西四城，他想投降清兵，但又担心清兵会以叛臣之罪处死他，便请来吕良谋商量此事。他怀着犹疑不决的心情对吕良谋说：“如今清兵就要收复汉城了， 你看我应该如何办才好？ ”
吕良谋思忖了片刻， 反问他：“你认为浩罕国好， 还是大清好？ ”
“当然是大清国好。”
“那你应该投诚大清才对。”
“可我犯有叛国罪，我的清廷不会饶恕我。”
“大可不必担忧。此一时，彼一时。当时是迫不得已，投降阿古柏暂做隐身，为的就是今天。今天你若献出城，主动投诚左宗棠，岂不将功赎罪吗？ ”
“依你之见，清廷可以免我死罪？ ”
“岂止免你不死，还可重用你。”
“重用我？ ”
“是啊！ 想当年勾践降了夫差，卧薪尝胆，隐而不发，不就是为的复国报仇吗？ 而今你灭了浩罕军，献城投诚，不也是为国复仇吗？ ”
“能这样比吗？ ”
“大同小异，实质一样，有何不可比的呢！ 问题的关键在于你如何消灭城内的浩罕军，献出此城。”
“依军事之见呢？ ”
“诛杀城内浩罕军，献城投诚刘锦棠。”
“我早有此意，但不知如何才能消灭城内的浩罕军？ ”
“你不是跟浩罕长官古托经常在一起喝酒吗？ ”
“你的意思是毒死他？ ”
“这是惟一的办法。”
“我明白了。”
古托是阿古柏派来监视何步云的。他在城内的浩罕军士不多，主要靠何步云的人马护城。何步云一直讨好古托，生怕古托给阿古柏进谗言，遭到灭顶之灾。讨好的办法就是常常请古托和他的手下人喝酒，通过喝酒，他们的关系密切了。古托对他也没有了戒心，关于城防的事由他去管。
这天天黑之后， 何步云把古托和他的亲信们请到自己的府上吃肉喝酒，古托和他的亲信们见酒眼开，在何步云说完几句讨好他们的话之后，敬他们每人一杯酒，他们痛快地喝下去。他们刚要抓起羊肉吃，却感到腹内一阵绞肠般的痛，他们挣扎着要走动，却口吐鲜血而死。
何步云和他的心腹侍卫们立即把他们抬进里屋藏起来。过了一会儿， 何步云和他的侍卫们锁好客厅的门， 向城门疾步走去。
他来到城门下，对他的将士们大喊道：“有无情况？ ”将士们听到他的暗号，一边回答没有，一边冷不防地把城楼上的十多个浩罕兵统统捅死了。与此同时，他的手下将士们打开城门，让埋伏在城外的刘锦棠的骑兵冲进城来， 把那些睡在军营里的一百多浩罕兵全都杀死了。
何步云从古托的密室里找出柏克胡里最近发给他的求援的银牌手令，派两名心腹侍卫手拿求援的银牌手令到英吉沙求援。
这银牌手令有柏克胡里的亲笔手迹和头像， 那上面刻着这样几个字：见此急救，违者斩。
何步云的两名侍卫快马加鞭赶到英吉沙把银牌手令交给守城的浩罕长官，那长官问清兵是否攻下城，侍卫们说没有。他又问救援来得及吗？侍卫们说完全来得及。又说古托将军请你火速增援，以解围城之险。那长官立即带领人马出城去增援。
他带领骑兵走到半路，在进入达牙山口的地方，突然从山上射下如蝗似雨的弩箭，把他的人马全都射死了。
何步云的两个侍卫在后面，他们没有进山口，他们事先知道这里有埋伏，所以，他们仍然活下来。
这里的伏兵是刘锦棠的骑兵。当两个侍卫前脚一走，他就带领骑兵和弓箭手们赶到这里设下了伏兵。
当英吉沙的援军一走，城内剩下的守城军不多了，城内基本上空虚了。此时， 早已隐蔽在城外的余恩虎指挥人马猛烈地攻城，并高声喊话说：“你们的长官和人马，在城外全被消灭了，你们快开城投降，可免你们不死，不然，攻进城去，格杀勿论。”
守城的浩罕军很少，他们知道守不住城，于是，为了活命，就开城投降了。
余恩虎轻而易举地收复了英吉沙。他把投降的浩罕将士分散遣入屯田军，让他们开荒种地。
刘锦棠配合何步云一计连得两城，心中十分高兴，他夸奖何步云智勇双全。但何步云指着吕良谋赞扬地说：“这一石双鸟的妙计出自我军师之谋划。”
刘锦棠又把吕良谋夸奖了一番， 吕良谋诚恳地说：“作为大清的臣民，我们应该呕心沥血，为收复国土献计献策。为了今天，我和步云将军卧薪尝胆了整整七年多啊！ ”
刘锦棠听了他的话，深受感动，仍让何步云以守备官职严守汉城，命吕良谋仍做军师。二人听后十分感动。
柏克胡里和邢飞虎龟缩在喀什噶尔回城，做垂死的挣扎。他们加固城防，准备好枪炮，准备拼死一搏。
原为浩罕奸细的巨商赖卡·帕克， 后来成为阿古柏的参谋长，他此时驻守在回城，为柏克胡里出谋献策。他对茫然不知所措的柏克胡里说：“眼下大势已去，回城难能守住，我们应当做好退走的一切准备。”
柏克胡里焦急不安地说：“依你之见，我们退往哪里？ ”
“俄国。”
“不！ 我不去俄国。”
“为什么？ ”
“俄国跟我们有仇，他们灭了我们的国家。”
“那么，你想往哪里退？ ”
“英属印度。”
“想得很好，但无法做到。”
“为什么？ ”
“因为清兵占领了整个新疆，你从何处去印度呢？ ”
“我从俄国去印度。”
“俄国会答应吗？ ”
“你说呢？ ”
“俄国绝会不答应你。与其得罪俄国，不如顺从俄国。俄国紧靠新疆，得到他们的扶植，你随时可以卷土重来。印度太远了，没有指望。”
“俄国会支持我吗？ ”
“会的。”
“为什么？ ”
“俄国对新疆有野心，他们需要你做他们的代理人。”
“既然如此，我只能去俄国了。”
“对，你别无选择。”
“你去吗？ ”
“我也别无选择。”
“那邢飞虎怎么办？ ”
“一同去，多一个人，多一份力量。俄国人看重的是我们的势力。”
“好吧！ 我们一同去俄国，但不知从哪里进入俄国境内？ ”
“你别发愁，路线我已经选择好，我们可以出城向西走，到达俄国的边境，然后从卡巴克里什山口进入俄国境内。”
“什么时候走？ ”
“今天夜里赶快走，晚了就来不及了。”
“把人马全部撤走吧！ 留下一座空城给他们。”
“不行？ ”
“为什么？ ”
“他们看到空城，会追击我们，我们无法退走。”
“那该如何办？ ”
“留下枪炮手和部分军队，跟清蛮开战，缠住清蛮，我们悄悄退走。”
“秘密行动。”
“对。连我们的守城军，也不能让知道。”
“好主意。我马上布置。”
“越快越好。”
刘锦棠会合各路人马，来到回城，喊话开城投降，但守城的浩罕军不仅不投降，反而开枪射击。刘锦棠指挥人马后退。
由于枪弹密集，刘锦棠的人马有十多个中弹倒地，刘锦棠立即命令士兵抢先抬走受伤的人。刘锦棠眼看无法靠近城，就命令炮手们架炮轰炸。他命令炮手们只炸城门和城墙，不准向城内开炮——他怕炸死了老百姓。
炮手们摆好两门开花大炮， 连发四炮， 便炸开了城门和城墙。刘锦棠指挥人马在炮火的掩护下准备冲进城去。
恰在此时，城内的火炮也猛然发出炮弹来，炮弹落在刘锦棠的阵地上，炸死了几十个人和马，刘锦棠只好指挥人马退后，无法带兵冲进城去。
他再次命令炮手开炮，打算在炮火的掩护中火速冲进城，但希望落空了。敌军的炮弹又不断地射来，炸得尘土飞扬，沙石乱溅，火烟弥漫，到处是深坑。
刘锦棠考虑了一下，决定炸毁敌人的炮架和炮车，炸死敌人的炮手。他命令士兵们在左右两侧垒起土石高台，再架两门开花炮，对准敌人的炮架和炮车开炮。
在轮番轰炸中，敌人的炮架和炮车被炸毁了，敌人的炮手们也被炸死了，但敌人又用枪射击。
刘锦棠也命令枪手们一起开枪猛射， 敌人的枪手有的中弹死去，有的受伤倒地。刘锦棠一马当先，带领骑兵冲进城内，把那些依然反抗的浩罕兵全都砍杀光。
正当刘锦棠指挥骑兵猛冲猛砍时，却发现城内再没有兵。被杀死的将兵也不过三百多人，再的人马到何处去了？
据侦察，回城的人马最少也有两万多，如今费了九牛二虎之力冲进城却不见人马的踪影，这究竟是怎么回事？
他命令将士们在全城搜查， 但发现柏克胡里和邢飞虎以及他们的人马都失去了踪迹。刘锦棠意识到他们逃跑了。他们从什么地方逃跑了？ 他问城内的百姓，回答说不清楚。他派密探到城外查看，回来报告说城外的村民看到他们好像向西边逃走了。刘锦棠立即派骑兵们分头往西追击，他们追到俄国的边境，远远看到有不少人马从卡巴克里什山口进入到俄国境内。
在俄国边境有不少的俄国士兵把守着， 接迎柏克胡里和邢飞虎进入俄国的境内。看来他们早已串通好了。
收复新疆的捷报传到清廷，慈禧非常兴奋，所有支持左宗棠的文武大臣俱都欢欣鼓舞，认为左宗棠立下了赫赫战功，应予隆重嘉奖。慈禧经过慎重考虑，决定给左宗棠以一等侯爵的爵位。
但在举行廷议时，却遇到了阻力，有人竟以种种借口阻挠他承受公爵之位，从而又引起一场风波。
掀起风波并不等于能够翻船。掀起风波的人在心里想：只有慈禧太后才能决定左宗棠会不会翻船的命运，于是，他决定通过慈禧太后的秘密情人说服慈禧改变对左宗棠的公爵之称。
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