1903年3月，袁世凯主持撰写的《请递减科举中额专注学校折》正式出台，由北洋大臣、直隶总督袁世凯领衔，联合南洋大臣、两江总督张之洞，山东巡抚周馥，四川总督锡良等将奏折递交朝廷。袁世凯等人本以为此事会得到通过，没有想到的是，大学士兼军机大臣王文韶坚决反对这一改革。此项计划就被迫搁浅。
虽然遭遇到阻力，袁世凯仍是坚持不懈。两年后，王文韶军机大臣一职被罢黜，袁世凯再次联合湖广总督张之洞、盛京将军赵尔巽、两广总督岑春煊、两江总督周馥、湖南巡抚端方等联名上奏折“请立停科举，推广学校”。这一回，朝廷批准了袁世凯等人的建议，宣布从1906年科为始，所有乡、会试一律停止，各省岁科考试同时停止。这样，从隋唐以来实行了一千二百多年的科举考试制度终结。它的终结者，仍是袁世凯。
一切不出袁世凯等人的预料，废除科举在当时所引起的巨大震荡，对于全社会各阶层人士，尤其是对读书人来说，用天翻地覆来形容也绝不为过。不过好在袁世凯等人也为这些士子留下了一些出路——创设各种学堂，选派学生赴国外留学。对于已经取得举、贡、生员资格的读书人，分别不同年龄段，做不同安排：三十岁以下者，易于改业，均令入学堂学习深造；三十岁至五十岁，可入仕学堂和速成师范，以谋出路；五十岁至六十岁，以及其他年龄段，不能入速成科者，为他们宽筹出路；六十岁以上者，酌给职衔以示安慰；等等。对于新式学堂毕业的读书人，则分等次，让他们同科举出身挂钩，以满足当时的社会心理状态。设计共分五级：
第一级，通儒院毕业，给予翰林身份，按三等分别授以较优越的京、外官职。
第二级，大学堂及相应学校毕业，给进士出身，授翰林院编修、检讨、庶吉士、各部主事等官。升学可入通儒院。
变法还是投机（2）
第三级，大学堂预科，各省高等学堂、高等实业学堂，优级师范学堂毕业，给举人出身，授官知州、知县、内阁中书等，或相同级别的官职。升学可入大学堂分科。
第四级，中学堂、中等实业学堂，初级师范、初级简易师范毕业，给拔贡、优贡等贡生身份，除中学毕业者外，其他可授州县学官等。升学可入第三级学堂。
第五级，高等小学堂毕业，给廪生等生员身份，升学可入第四级学堂。
这种奖励新式学堂出身，将之作为得官条件的方式，后来一直为人诟病，认为这是科举制度的变相遗留，是“换汤不换药”。批评无疑是对的，但这种方式也是不得已而为之，社会转型过程中的阻力和震荡是巨大的，必须有充分的缓冲才行。
虽然袁世凯在废科举过程当中，竭力想造就变革的“软着陆”，但从实际效果来看，负面影响仍是巨大的——数量庞大的传统士子，在科举的大门封死之后，一方面造成了巨大的社会问题；另一方面，也引起了这一部分人的强烈不满。曾经有数百名读书人，集体聚集在翰林院门口绝食，以示抗议；在地方上，好几个举人自杀身亡。晚清和民国初年所引起的巨大动荡，应该跟这一部分人有很大关联。那些指望经科举鱼跃龙门的士子们，一旦无法从事他们的事业时，无所事事的他们自然将手中的笔对准朝野，尽显嬉笑怒骂之事，唯恐天下不乱。对于面临“断头路”的书生来说，废除科举的“始作俑者”袁世凯，自然成了首选的攻击目标。行伍出身的袁世凯也被想象因为无法及第，所以对1903年，袁世凯（前排正中）视察译学馆，二排右三为蔡元培，时为译学馆教师科举怀有刻骨仇恨，他的废科举自然成了“公报私仇”。在他们笔下，袁世凯俨然一个不学无术的纨绔子弟，因为不读圣贤书，故而声色犬马、丧尽天良、心怀鬼胎？完全可以想象出这股“集体无意识”给袁世凯带来的麻烦。历史本来就是在文字的道场里生存的，一个被大量文字玷污的形象，是很难恢复到本来面目的。袁世凯直到死，似乎也没明白这一点。
袁世凯所做第三项“石破天惊”的事情，就是创办了中国的警察。这也是袁世凯全面引进西方军事思想和制度这一思路的重要组成部分，袁世凯也因此成为中国警察的创始人。
1902年5月，袁世凯刚刚署理直隶总督及北洋大臣后不久，即着手建设地方警察部队了。袁世凯仿照西法，拟订章程，在直隶省城保定创设警务总局一所，分局5所，聘任日本警视厅警官三浦喜传为警务顾问，以原李鸿章淮军前敌营务处干员赵秉钧为警务总办兼警务学堂督办，从直隶地方各军中首批挑选500人组成巡警，分布城内外，按章程维持地方治安。为了提高警察的业务和个人素质，袁世凯还创办了保定警务学堂，对警察进行分批轮训。
对于警察的设置，袁世凯自有想法。袁世凯在奏请创设保定警务局、警务学堂的奏折中，根据现代国家概念的需要，建议把国家武装力量分成常备军和巡警军，前者“御外侮”保卫国家安全，后者“清内匪”维护地方治安。这样的观念，已跟当时西方国家接轨了。袁世凯审定的《警务章程》共分5章85节，吸收了西方特别是日本警察条例的主要部分。第一章招募，对充当警务人员的条件、服役年限、家属待遇等都作了具体规定。第三、四章参照西方警察条例，制定了较为完备的适合中国国情的职守准则。第五章为赏罚，对警官的处罚分为记过、撤职、详参三种；对警兵的处罚分为责、革、斩三类。奖赏的细则、章程也作了详细的规定。各级各类警务人员的薪水待遇，按照袁世凯一贯的思想，也十分优厚。
袁世凯创办的警务学堂也有详细的《章程》，对学校性质、任务、生源、机构、课程设置、休息时间、毕业年限等都作了细致的规定。章程规定：保定警务学堂是专为培养全省警察而设，实为全省警务基础。学堂分设警官班和警兵班。警官班旨在培养全省警务官长，学习警官的要义，限三个月速成，毕业后派往各局充当官长。普通班以培养警兵为方向。
袁世凯创办警察的初衷，是跟当时西方以及日本接轨，维护治安。与此同时，还有一个目的，那就是用这一支警察部队，全面接管天津。八国联军自攻占天津之后，一直迟迟不肯归还，并把总司令部设在这里。在清政府和袁世凯的一再敦促下，八国联军同意归还天津，但提出天津周围10公里范围内，不得驻扎中国军队，否则就不予归还。清廷被迫接受了附加条件。不让驻扎中国军队，警察总得驻入吧——按照西方军事设置，警察和军队是完全不同的概念。
袁世凯就把自己在保定刚刚训练好的2000名警察调进了天津，对天津进行接管。联军一下子吃了哑巴亏，不得不承认既成事实。袁世凯新建的警察部队派上了大用场。在此之后，袁世凯在天津成立了南北两个巡警局，又创办了天津巡警学堂以及水警、侦警，将西方警察制度全面引入中国。1902年10月，清廷发布上谕，命各省督抚仿照袁世凯所定的警务章程加以推广。于是，警察制度在全国推广开来。
除此之外，袁世凯还进行了一系列其他方面的改革，比如金融、邮政、商务、通讯等等。在金融方面，创办了第一家由中国人自己开办的银行——大清户部银行。户部银行1904年正式开业，1908年改为大清银行，1911年易名为中国银行。袁世凯又办了银元局、铜元局、天津银行等。在通讯方面，袁世凯于1907年将西方无线电技术引进到了中国，使中国的通讯业上了一个新台阶。
在直隶短短的数年时间，天津逐步恢复了华北商贸集散地以及金融和实业中心的繁荣局面，确立了在全国的经济龙头地位。袁世凯本人也获得了前所未有的声誉。即使是一些对新政有看法的人，也不得不叹服直隶的巨大变化。
1910年，第一次南洋赛会在南京举行，直隶地区共提供产品12000件，其中6件获得特别优秀奖，142件获得银奖。会后，直隶又有27件产品被选赴意大利参赛，129种产品被选赴德国。同年，直隶地区又以浩大的声势参加了南洋劝业会。这是一次具有相当规模的国际性实业博览会，博览会期间，当时著名的实业家，也是曾与袁世凯有近二十年龃龉的张謇，在参观了直隶馆之后，颇有心得。张謇在当天的日记中写道：“袁世凯确实能干事，此人与别人毕竟不同，在工业上尤有擅长过人之处，远远胜过了江苏。”后来，张謇在其《自订年谱》中，再次提到了这件事：“观看了劝业会直隶馆，深感袁世凯的才能在诸督之上。”
袁世凯的改革不仅在军事、经济以及教育领域上，在政治体制改革上，袁世凯同样不甘寂寞。这一点，袁世凯显然比李鸿章等走得更远。袁世凯认为，地方的改革，应该在中央改革之前进行；只有地方政府进行一系列改革，并形成经验之后，中央的改革才变得切实可行。围绕这个思路，袁世凯全力进行地方自治的改革，1906年，袁世凯派天津知府拟定自治章程，成立自治局和议事局，试办天津地方自治。次年，正式举行天津地方选举，成立了天津议会。这样的政治改革，在当时的中国，可说是破天荒之举，不管它的实质怎样，最起码，在形式上开辟了民主选举之先河。随后，袁世凯下令在直隶各州推行地方选举，要求自治三年完成。天津、直隶的自治选举运动几年后，虽然随着袁世凯的离任和下台而不了了之，但袁世凯的大胆行动，还是在某种程度上迎合和推动了民主潮流。从袁世凯在直隶的所作所为，可以看出袁世凯的政治思想，看出他在探索政治改革上曾经做出的努力。
袁世凯在直隶投入精力与物力最大的，还是练兵。袁世凯最懂得慈禧的心思，清军在外国军队面前越是不堪一击，这个老太太练兵的心情就越迫切。当年，慈禧把曾国藩从两江调任直隶，也是看曾国藩训练湘军有术；后来，让李鸿章担任直隶总督，同样也是为了练兵。这些，都是老皇历了。将袁世凯调任直隶，首当其冲，还是这个心思。从1902年1月，一直到1905年，在袁世凯的直接操作下，北洋六镇的编练计划全部完成。这样，在直隶的新式军队，已达到近十万人，这在当时的中国，可以算是首屈一指。1905年以及1906年，袁世凯分别调动数万新军，先后在直隶河间、河南彰德地区进行了两次军事演习。
河间会操总兵力达四万五千多人，彰德会操总兵力为三万四千多人。以如此大的规模在华北大平原上进行军事演习，对于清政府来说，是空前绝后的。这两次演习充分展示了北洋军的兵强马壮。会操期间，袁世凯和阅兵处的官员观操于高坡之上，跃马于两军之中，指点得失，评判优劣，出尽了风头。这两次军事演习，因为向西方媒体公开，集中向东西方展示了中国军事改革的成就，也使袁世凯的威望达到了前所未有的高度。可以说，这个时候的慈禧，就像当年离不开李鸿章一样，已离不开能干的袁世凯了。不仅仅因袁世凯能给她带来相对进步的信息，能做实事，还因为袁世凯能与外国人打交道，帮助她解决一系列棘手的外交问题，而这是当时诸多大员所不具备的。李鸿章之后，是袁世凯处理了一系列重大外交事件，诸如结束八国联军对天津的占领，日俄战争之后与日本签订的条约，还有大量路矿合同的签订，等等。在慈禧太后看来，年富力强的袁世凯还是值得信赖的：一方面他总能坚定捍卫国家的主权免遭直接侵犯；另一方面又能让那些列强接受他的方式，避免灾难性冲突的发生。国家的统治者是少不了实干家的，就如同少不了聪明可爱的弄臣一样。就这样，袁世凯凭着自己的精明能干，成了慈禧不可或缺的助手。
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