李鸿章一直不发布增兵的命令，袁世凯意识到事态的紧急了。袁世凯当然知道日本人对自己的仇恨，如果自己再待在这个地方的话，只有束手就擒的份，因此得赶快离开朝鲜。袁世凯赶忙给李鸿章打报告，以自己生病发烧周身疼痛为由，让李鸿章速调自己回国内。同时，袁世凯又致电好友盛宣怀，让他劝说李鸿章调自己回国。在给盛宣怀的电报中，袁世凯打了个比方，妻子被人蹂躏，急呼丈夫，丈夫却无力相争，只有坐视，情何以堪！他请求调任自己回国，让别人来代理。
时间一天天地过去了，完全可以想象袁世凯心情的忐忑。到了7月中旬，鉴于俄、英调停的失败，光绪皇帝决定迎战。可能李鸿章还是想保留袁世凯这个人才吧，宣战的同一天，致电驻朝公署，将袁世凯调回国内，将其经手之事，交给唐绍仪。这个时候，汉城已战云密布，气氛紧张得令人窒息。有人告知袁世凯，日本方面正在布置一个刺杀他的计划，得先走为上。于是，在英国驻朝领事朱尔典的帮助下，袁世凯先逃到英国驻朝领事馆，然后易装从后门骑马离开。唐绍仪手持双枪，腰佩双刀，护送着袁世凯一直来到江边，登上英国船只返回国内。
在此之后的朝鲜形势风云突变：日军以朝鲜方面只承诺改革内政，不允诺与清政府断绝藩属关系为理由，攻入王宫，掳获朝鲜国王李熙和闵氏。之后，又将闵氏活活烧死。名义上以大院君李应为监国，实际上日本全权控制了朝鲜一切政治和军事，下令废除朝中一切条约，驱逐中国军队。同时，对清政府驻朝鲜总理公署进行了围攻。
紧接着，黄海大战爆发，日本海军突袭了牙山口外丰岛海面的中国运兵商船，击沉中国运兵船“高升”号，中国官兵两千人罹难。日本陆军又向牙山中国驻军发动进攻。
1894年8月1日，清政府被迫对日宣战。甲午中日战争正式爆发。
练兵还是抓权
甲午战争的溃不成军，对年轻气盛的袁世凯来说，打击是巨大的。清朝的军队由早期的八旗和绿营，到晚清时曾国藩湘军、李鸿章淮军，建制上发生了很大变化，装备和作战能力有了很大进步，在平定太平天国和捻军中，摧城拔寨，攻无不克，没想到遇到小小的日本，竟如此不堪一击。这一点，让清军上下感到震惊。熟读兵书的袁世凯感到怎么都不能理解，也咽不下这口气。
战争期间，袁世凯的差事是：前往山海关外处理前线军务，协助周馥向前线转送军需物资。因为不在前线，袁世凯有力使不上，只好给有关部门不停上书，谈及自己军事上的一些想法和策略。袁世凯的这些建议，大都石沉大海。
甲午战争失败后，李鸿章因为被朝廷认定为消极作战，同时又作为替罪羊签订了《马关条约》，引起朝野上下的不满，全国上下一片声讨。袁世凯也朝议不佳，有不少人将中日战争的爆发怪罪于袁世凯在朝鲜的肆意妄为。重压之下，李鸿章只好躲进北京的贤良寺避风头，袁世凯也灰溜溜地告假回河南省亲。
甲午风云的硝烟散去之后，袁世凯一方面招集了一帮幕友，静居于京城的河南会馆，参考一些现代军事著作，尝试撰写现代兵书；另一方面，袁世凯还有意拜访了不少富有名望的大臣。湘军名将刘坤一，就是在与袁世凯的交谈中，发现这个年轻的河南人是个人才。刘坤一很快向光绪皇帝力荐袁世凯，认为袁世凯堪用。很快，光绪正式召见了袁世凯，以示鼓励。袁世凯在见到光绪之后很激动，写了洋洋万言上书，想通过翁同递交给光绪。在万言书当中，袁世凯首先表明甲午战败并不可怕，只要能破除积习，因时变通，便是一个大的转机；袁世凯陈述了改革军制、采取西法的重要性；围绕着向西方学习的中心，对清廷用人、理财、经济、军事、外交等方面的改革，提出了一系列的设想。在文中，袁世凯无论对国际局势的分析，还是对改革方案的设想，都显出远见卓识，思路清晰，翔实具体。从这一部万言书可以看出，袁世凯当时对于西方政治、法律、军事和经济的了解，并不在康有为之下；而且袁世凯的措施和手段，远比康有为的想法更切实可行。遗憾的是，袁世凯的上书，并没有引起习惯于传统思维的翁同的重视，上书仍是石沉大海。
因为竭力主张变法，袁世凯对于甲午战争之后兴起的各种力量极其关注。
袁世凯上书后不久，康有为、梁启超在北京发起成立第一个维新政治团体——强学会。袁世凯积极参与其中，并为强学会捐纳了五百金。在当时，这是一笔不小的数目，由此可见袁世凯对于维新的热衷。当然，袁世凯对于康有为等的做派稍稍有点看不上，认为他们毕竟是书生意气，很难成大事。很快，天赐良机，袁世凯的钻研有了用武之地，清廷此时打算组建一支现代化部队，让各大臣推荐人才。在李鸿藻、翁同、李鸿章、张之洞、刘坤一等人的联合举荐下，光绪帝下旨，任命袁世凯为新建陆军督办大臣。
关于袁世凯的升迁，后来长期驻中国的日本记者佐藤铁治郎在他1909年出版的《袁世凯》一书中，曾经记述过这样一段轶闻：马关谈判时，李鸿章和日本首相伊藤博文在谈判之余闲聊，说到中国人才难得的话题。伊藤博文就问李鸿章：“袁世凯现任何事？”李鸿章说：“小差事无足轻重。”伊藤博文就说：“以袁世凯之才，仅任无足轻重小事，无怪无人才也。”如果这段谈话属实的话，从中可以看出，日本政界对袁世凯还是有敬畏之感，知道袁乃难得人才，清之能臣。
1895年底，袁世凯奉旨前往距天津六十余里、离北京三百里左右，素有京津南大门之称的潦水套，这里是天津与大沽口之间的一个小站，所以也称小站。后来，这个地方被正式命名为新农镇。在这里，袁世凯接管了旧式定武军，按照朝廷的旨意，督练清廷的第一支新建陆军。小站练兵的重任，让时年三十六岁的袁世凯意气风发。从少年起，袁世凯的志向就是带兵打仗，现在有了这个机会，袁世凯内心的激荡就可想而知了。当年编练朝鲜亲军，袁世凯主要以淮军操练法为主，吸纳了一些英美和德式操练法。此番小站练兵，袁世凯的目标是打造全新的现代军队，自然不能采取训练淮军的旧办法，而是全盘更新，以西方和日本现代陆军的方式，对这支军队进行改造。
一是编制上：新建陆军以过去4750名定武军为基础，又在河南、山东、皖北、苏北、奉天等地招募2250人，共计7000人，编为一军。聘请了十多名德国、日本、美国军事教官教学；成立了陆军督练处，下设参谋、执法、督操三个营务处及粮饷局、军械局、转运局、军医局、教习处等，订立各种章程，完善军队的组织制度；建制以德国和日本军队为准，分为步、炮、马、工程、辎重五个兵种。各兵种内部分工明确，职责分明。各基本战术单位既能独立作战，又能彼此协同；既能充分发挥机动性、灵活性，又能集中、统一应付大规模、复杂的战斗局面。
二是军官的使用与培养上：建军伊始，袁世凯“用人唯贤”，把大批北洋武备学堂毕业，受过系统西方军事教育的年轻人网罗到小站，比如段祺瑞、冯国璋、王士珍、曹锟、王怀芝、王英楷、王占元、何宗莲等，都被委以重用。
这样，新军的高中下级军官全是武备学堂毕业的。袁世凯的“同乡故旧”，只有徐世昌、阮忠枢、刘永庆、雷震春、江朝宗、沈祖宪等十数人，淮军旧人更是屈指可数。大量具有近代专门军事知识和技能的人充当军官，保证了新军指挥体系的科学化、职能化、正规化。袁世凯制定的《新军官制》，明确规定了军官资格、官阶、考核、晋升等条例，以培养和引导新军军官迅速成长。正是从他编练的新军中，走出了四个民国总统（袁世凯、冯国璋、徐世昌、曹锟），六个民国总理、陆军总长（段祺瑞、王士珍、段芝贵、唐绍仪、张怀芝、靳云鹏），以及三十四个督军。
三是士兵的训练和教育上：在提高新建陆军军官素质的同时，袁世凯也着力于士兵素质的提高，对士兵进行系统军事训练和思想教育。袁世凯根据中国国情，将西方操典、军规、条规进行认真筛选，制订和颁布了数十种章程、法规，如《操场暂行章程》、《夜战章程》、《行军暂行章程》等，通过规范化的军事训练，提高士兵的技战术和体能水平。为了激励士兵成材，袁世凯分别在炮兵、步兵、骑兵三营及军部开设了炮兵学堂、步兵学堂和德文学堂，选拔优秀的士兵入学，经过两年的学习，考试合格者，除获得相应的军阶职位外，成绩突出者还送国外留学。后来名噪一时的孙传芳就是由此送到日本留学的。针对新军士兵文化偏低的特点，袁世凯继承了前辈曾国藩与李鸿章的带兵经验，主持编撰了适合新军的《行军歌》、《对兵歌》、《劝兵歌》等，融军规、军令、军纪及教育于一体，通过通俗、易懂、易记的歌词，对士兵进行了潜移默化的教育。比如《劝兵歌》这样唱道：
谕尔兵，仔细听：
为子当尽孝，为臣当尽忠。
朝廷出利借国债，不惜重饷来养兵。
一兵吃穿百十两，六品官俸一般同。
如再不为国出力，天地鬼神必不容。
自古将相多行伍，休把当兵自看轻。
一要用心学操练，学了本事好立功，
军械是尔护身物，时常擦洗要干净；
二要打仗真奋勇，命该不死自然生，
如果退缩干军令，一刀两断落劣名；
三要好心待百姓，粮饷全靠他们耕，
只要兵民成一家，百姓帮忙功自成；
四莫奸淫人妇女，哪个不是父母生，
尔家也有妻和女，受人羞辱怎能行；
五莫见财生歹念，强盗终究有报应，
纵得多少金银宝，拿住杀了一切空；
六要敬重朝廷官，越分违令罪不轻，
要紧不要说谎话，老实做事必然成；
七戒赌博吃大烟，官长查出当重刑，
安分守己把钱剩，养活家口多光荣。
你若常记此等话，必然就把头目升。
如果全然不经意，轻打重杀不容情。
看得出来，这样的《劝兵歌》通俗易懂，也透露出袁世凯的喜好和性格。
四是武器装备上：袁世凯的做事还是有气魄的，新建陆军的武器装备，都是当时世界上最先进的，装备全部从德国进口，清一色的曼利夏步枪、马枪、手枪和格鲁森速射炮；装备了电台、手表、帐篷、雨衣、雨帽、毯子、军乐器、望远镜、指南针等；各营军官除配刀外，还配六发左轮手枪一支。
五是在新军饷银上：袁世凯认为充裕的军饷，是提高新建陆军战斗力的重要条件，此所谓重饷之下方有勇夫。新军的饷银标准很高：一个普通士兵的饷银足以养家糊口，而一个统带（营长）每月可领一百两白银。为了保证不欠饷，袁世凯规定饷银必须由粮饷局发放，严禁营官插手舞弊。每到发饷之日，袁世凯都会亲自抽查，保证让每一分饷银发放到普通士兵手中。新军的不欠饷，很鼓舞官兵的士气。
如果说袁世凯发迹于朝鲜，那么他真正起家，便是小站练兵。在几千年的中国封建社会里，谁握有军权，谁就能够左右政局，主宰天下。历经十多年的摸爬滚打，早已深谙官场之道的袁世凯自然深晓这个道理，所以，袁世凯十分看重这个机会，倾注了自己的全部心血。在培植军队对自己的忠心上，袁世凯比曾国藩和李鸿章更进一步——在新军的建立和训练过程中，袁世凯就向部队暗自输送了一套理念，这一支部队的绝对权威，就是他本人。新军各营都供奉袁世凯的长生禄位牌，每日上操、下操集合之时，将领都要大声问道：“咱们吃谁的饭？”士兵会回答：“吃袁大人的饭！”问：“咱们穿谁的衣？”答：
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