由于长时间在军事上没有起色，曾国藩和湘军遭遇了组建之后的低谷。曾国藩以团练大臣的身份创建湘军，又用了很多乡绅读书人带兵打仗，无论怎么说，都被当时一些官员视为越轨行为。屡屡受挫的情况下，明枪暗箭不断向他袭来。当然，让曾国藩感到最伤脑筋的，还是来自于朝中的压力一一那些遗老遗少们不断向咸丰上奏折说他的坏话，说他如此一个迂腐的书生，哪里懂得打仗呢？只是以打仗之名，沽名钓誉，甚至心怀不轨。
在江西，由于战事的不顺利，湘军在给养上也遭遇到很大麻烦。最初’曾国藩筹饷的基本办法是留下比中央财会制度所能提供的更多的资源，也就是说，曾国藩会同地方大员制定一些新的收入政策，来保证军饷的发放，主要措施包括：一是设置一些不受户部直接控制的新的地方岁人项目，将这些所得截留；二是他的部属一旦就任抚督之后，便将岁入权集中在自己手中，避开户部的干预，将其中的一部分用于湘军的供给；三是卖官鬻爵一在湘军兴办之初，湖南巡抚胳秉章为了支持曾国藩，把这一项权力交给了曾国藩，这样，出售官衔所得成为早期湘军主要经费来源之一。随着湘军人数的增加，到了后来，这三项措施用到了极致，也无法保证军队的供给，湘军欠饷情况非常严重。因为欠饷，军士们士气低落，开小差的，甚至图谋不轨的都有。内部军心不稳，让曾国藩尤为担心。由于曾国藩没有地方大权，他所带的湘军在江西又属外来军队，所以，很多当地官吏都视曾国藩的湘军为额外负担，用得着时，供给还算及时，用不着时，供给就变得拖拖拉拉。打了胜仗没有奖励，如果战败，则备受讥笑，供给更是无从谈起。曾国藩虽然挂了一个兵部侍郎和团练大臣的头衔，但那些大大小小的地方官一直存有戒心，经常阳奉阴违，硬磨软抗。有时甚至还为曾国藩设计陷阱，让他自己往下跳……这些乱七八糟的事情叠加在一起，千头万绪，让曾国藩困顿无比。虽然曾国藩的意志一如既往地坚定，但每每遇到这样的麻烦，也感到束手无策，忍不住长吁短叹，甚至会激起愤怒。
最让曾国藩愤怒的是“彭寿颐事件”和“毕金科事件”了一说起来，话就长了一曾国藩初入江西时，巡抚是湖南人陈启迈，并且，跟曾国藩一样，陈启迈也曾为翰林院官，按说，对于曾国藩，陈启迈应该格外关照。但陈启迈却经常跟曾国藩过不去，动不动就以不给饷要挟。曾国藩为了大局一直忍气吞声。比如，陈启迈不经曾国藩同意，擅自调动湘军，忽东忽西，忽南忽北，朝令夕改；制造摩擦，羁押湘军营官副将周凤山于长江县，刑辱参将李成谋于芷江县……这些，曾国藩都忍了。孰料陈启迈越做越过分，有一次，万载县有一个叫彭寿颐的举人，在乡下办团练，对抗太平军很有成效，打过几次小胜仗。曾国藩很赏识此人，想把这支民间力量纳人湘军。陈启迈听说后，故意以一个“莫须有”的名义，将彭寿颐押进大牢，严刑拷打。曾国藩实在气极了，他很快收集了陈启迈许多罪名，向朝廷参了一本。罪证确凿之下，朝廷将陈启迈革职查办。不料，新上任的巡抚文俊仍跟曾国藩过不去一一事后看来，地方大员跟曾国藩的冲突，主要是利益上的冲突，巡抚是一个省的当家者，不当家，哪知收支的艰难呢！一个当家的跟一个要钱的人产生矛盾！也是最正常不过了一一湘军有一支驻守江西樟树一带！领军的叫毕金科！文俊很长时间不给这支湘军供给。眼看毕金科部弹尽粮绝，快支撑不下去了。文俊让人传话，如果毕金科部能拿下景德镇的话，马上就给他们发饷。在这种情况下，毕金科和他的部属只好以死相拼。在数万守城的太平军面前！毕金科带领一千多人攻城，无异于以卵击石，结果毕金科部全军覆没，毕金科本人也战死。消息传到曾国藩这里，曾国藩恨得咬牙切齿，这明显就是借刀杀人啊数年之后，曾国藩攻克景德镇！特地在毕金科丧命的地方立下石碑一块！亲自撰写碑文！文中！对于毕金科遭受陷阱一事，仍旧忿忿不平。
在江西长达两年多的时间里，曾国藩就是以如此的坚韧！全力地“挺”了下来。一般来说，个性在中等温度下显得暧昧，它藏在可测之镜的下方，只有在紧急时刻！才真正立体地显露峥嵘；而军事上的比拼！跟很多其他东西一样！在最关键的节骨眼上，往往浓缩成为个人性格的比拼一一在那段时间，一种决不放弃的精神支撑着曾国藩和湘军。在这样的对峙中，曾国藩将自己的操守和习性发挥到了极致，一种强大的张力支撑着他，让他如磐石一样顽强，直至转机的到来。
值得一提的是，在最艰难的这一段时间，曾国藩还亲自作了一首《水师得胜歌》，这种带有浓郁文人气的做法，可以看作是曾国藩对全体将士的鞭策，同时也是对自己的激励：
三军听我苦口说，教你水战真秘诀。
第一船上要洁净，全仗神灵保性命。
第二湾船要稀松，时时防火又防风。
第三军器要整齐，船板莫沾半点泥。
第四军中要肃静，大喊大叫须严禁。第七不可抢贼赃，怕他来杀回马枪。
第八水师莫上岸，只许一人当买办。
其余个个要守船，不可半步走河沿。
平时上岸打百板，临阵上岸就要斩。
八条句句值千金，你们牢牢记在心。
我待将官如兄弟，我待兵勇如子侄。
你们随我也久长，人人晓得我心肠。
愿尔将官莫懈怠，愿尔兵勇莫学坏。
未曾算去先算回，未曾算胜先算败。
各人努力各谨慎，自然万事都平顺。
仔细听我《得胜歌》，升官发财笑呵呵。
写完《水师得胜歌》之后，曾国藩又想起了自己的陆军，觉得同样也应该给他们写一首歌。当此之时，曾国藩想到军纪对任何一支军队来说都极为关键，于是把严明纪律的做法写进了歌曲：
三军个个仔细听，行军先要爱百姓。
贼匪害了百姓们，全靠官兵来救人。
百姓被贼吃了苦，全靠官兵来做主。
第一扎营不要懒，莫走人家取门板。
莫拆民房搬砖石，莫踹禾苗坏田产。
莫打民间鸭和鸡，莫借民间锅和碗。
莫派民夫来挖壕，莫到民家去打馆。
筑墙莫拦街前路，砍柴莫砍坟上树。
挑水莫挑有鱼塘，凡事都要让一步。
第二行路要端详，夜夜总要支帐房。
1856年6月以后，岌岌可危的曾国藩迎来了转机，太平军又一次失去了良机一一由于清军绿营的江南大营围攻金陵甚急，太平天国东王杨秀清命石达开领军东援解围，太平军的主力从江西撤回了江苏。湘军的危急局面得到了缓和，曾国藩又有了喘息的机会。这个时候，湖南又一次显示了它的后方基地的作用，在湖南巡抚胳秉璋和左宗棠的指挥下，刘长佑、肖启江统率五千湘军前来增援江西；不久，曾国华又从湖北率一支人马绕道湖南进人江西境内；曾国荃又从老家招募了一支湘军前来支持……身处绝境的曾国藩发自肺腑地感叹：天助我也！这样，曾国藩结束了自己被包围的局面，在江西，与太平军的战斗重新陷人胶着状态。
1856年9月，一个探子几乎狂奔进湘军南昌大营，带来的消息让曾国藩瞠目结舌：金陵内讧！韦昌辉杀掉了杨秀清一先是东王杨秀清逼宫，假托天父下凡降身，要求洪秀全封自己为万岁。洪秀全一气之下，秘密指令北王韦昌辉迅速从江西前线回到金陵，杀掉了东王杨秀清，并且大规模屠杀东王部属！太平军陷人内乱！
一向冷静无比的曾国藩这一回几乎控制不住自己的情绪了，他变得欣喜若狂，像一个濒临死亡的落水者，攀上了一根漂过来的树枝；又像一条本来已经上岸的鱼一样，一个翻身，又潜回了水中。曾国藩用颤抖的声音一个劲地刨根问底，一直问到探子张口结舌无言以对为止。中军大帐一片沸腾，所有湘军将士都幸灾乐祸兴奋无比，然后，都以一种鄙夷的口气谈论着太平天国。太平天国的争权夺利自相残杀，不仅削弱了自己的力量，也让命门暴露在光天化日之下，让人们对于这个政权有了更清楚的认识。湘军看到了希望的曙光，也增添了胜利的信心。不久，接二连三的消息陆续传来：太平天国翼王石达开从湖北前线赶回金陵，阻止韦昌辉的进一步屠杀；韦昌辉与石达开发生了争斗，石达开缒城出走；韦昌辉杀了石达开全家，进一步威逼天王洪秀全；石达开在皖南起兵讨韦，天王又杀了韦昌辉，太平天国另一员大将秦日纲死在纷乱之中；事件平息后，石达开又奉诏回金陵辅政，天王继续不理朝政，天王的兄长安王、福王对石达开猜疑特甚，翼王石达开再一次缒城逃往安庆……
太平天国在经历一番内乱后，大伤元气。更让太平天国感受到打击的，是他们对于洪秀全的个人崇拜遭遇到了沮丧，人们开始怀疑洪秀全的神话了。这个新成立的“政教合一”的组织不得不收敛起锋利的进攻态势！开始坚壁清野固守城池了。战事对于太平天国来说，已转入战略防御阶段。几个月后，形势逆转直下，在苏南战场，清军江南大营死灰复燃，1857年，清军张国梁部攻克镇江，威逼金陵。在江西，石达开回金陵之后，曾国藩开始全面反攻！江西太平军力量几乎全部瓦解，仅存湖口、九江等地，成为孤立的据点。在湖北方面，太平军武昌城的守将韦俊是韦昌辉的亲弟弟，兄长被杀，韦俊斗志完全丧失，弃城而逃后投诚了湘军。胡林翼重新占领了武昌，武昌的失守让战局立即得到改变。1856年底，湘军水陆两路再次顺江东下，连陷黄州、蕲州、大冶、兴国等；1857年1月，又攻下黄梅。在湖北，太平天国丢失了大量地盘，基本丧失了战斗力。紧接着，李续宾统率湘、楚军一万多人，直抵九江城下。很快，九江城被攻陷，太平军一万多人阵亡。
遭遇低谷（2）
1857年，洪秀全从香港招回了洪仁讦，又让李秀成、陈玉成、李世贤等青年将领挑起了大梁。李秀成、陈玉成等执掌军权之后，混乱的局面得到控制。双方的军事形势又呈对峙平稳局面。这段时间’双方就像互相搏击的野兽一样，一边舔着自己的伤口，一边绞尽脑汁寻找对方的破绽，谋划着给对手致命一击。曾国藩就像一条阴险无比的眼镜蛇一样，全力对自己的部队进行整编改进，补充了大量先进的枪支弹药。曾国藩一直是一个战略高手，虽然就具体战术的制定和执行而言，不是曾国藩的强项，但曾国藩有高屋建瓴的视野，能凭借敏锐的观察力和智慧，从大势上看到敌人的薄弱之处。在曾国藩看来，太平天国的本质还是“流寇”，对于这样的对手，一定要避其锋芒，消耗它的锐气。如果湘军能得到有效的坚持，太平天国肯定会不战自乱，因为它的实力和倚仗的信仰，无法支撑它去打持久战。也因如此，曾国藩在整个战略思想上，更接近于稳扎稳打、步步为营；更热衷于拼消耗，拼实力，拼时间。自此以后，湘军一直贯彻着曾国藩的战略思想：不轻易打浪仗，一旦扎下营寨之后，先把自己的防守立于不败之地，把营寨布置得固若金汤。曾国藩甚至对湘军营盘围墙建设都作了硬性要求，要求营盘的围墙一般要有八尺高、三尺厚，墙外面必须有一道深沟，深沟八尺宽、六尺深，墙外两道，墙内两道等等。这样的营寨扎在哪里，就是一道坚硬的堡垒。应该说，曾国藩的战略思想对于太平天国的打击是致命的，一支离开了本土，在组织路线和指导思想上一直支离破碎的军队，是很难保证长久的。
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