“自然发生说”的信奉者，比利时的约翰·范·赫尔蒙脱(1577—1644)甚至断言，在容器里放一块脏亚麻布和一些麦粒或一块奶酪就能长出老鼠来。此人做过很多实验，其结果读者可以想见。人们虽然不相信老鼠和蛆能自然生成，但是对于像细菌和真菌这样的微生物，问题仍未解决。
17世纪中叶以后，人们做了一些实验，说明生命不能无中生有地自然发生。这一派叫“生命种生说”。“自然发生说”和“生命种生说”这两个学派激烈争论，争论波及了许多国家。1860年，法国科学院只好用悬赏来征求解决问题的办法。
就在这场国际性科学论战的高潮中，当时还不出名的巴斯德默默地在一间简陋的实验室里研究着。他用一团棉花塞在玻璃管里，然后抽气，空气微尘滞留在棉花纤维上，放在显微镜下，看到许多微生物，投进肉汤里，不久肉汤就腐败了。由此，他设想空气里的微生物种胚是使有机液体腐败的原因。但反对派驳斥道：这个实验并没有证明微生物是从空气中直接产生的，驳不倒“自然发生”说。
1860年9月，在荒凉的阿尔卑斯山上来了一个奇异的旅行者，这就是巴斯德。他在向导的带领下，牵着一头毛驴，驮着几十个装着有机液体的瓶子，沿着山路收集空气试样。结果发现，在山下采集的试样，有机液体发生腐败的较多；在终年积雪的山顶上采集的试样，有机液体发生腐败的极少，从而进一步证明空气中的微生物种胚是使有机液体腐败的原因。根据大量实验，巴斯德写成题为《论空气中所含有的微生物》的论文，把科学假说发展成为科学理论。
1864年4月7日，法国科学院在巴黎大学进行科学讨论会。巴斯德宣读了他的论文并当场做了表演。
他取出一个封了口的瓶子，里面装着有机液体(肉汤)，瓶里清洁明亮；
又拿出一个敞口瓶，装着同样的液体，里面混浊不堪，长满了微生物；
再出示一个敞口曲颈瓶，装着煮沸过的有机液体，瓶内没有显示任何变化。如果把曲颈瓶晃动几下，再静放几天，瓶内也会变得混浊不堪，长满微生物。
三个瓶子装的都是相同的液体，但是，第一个瓶子是封闭的，有机液体没有接触空气，没有腐败。第二个瓶子，有机液体接触了空气，发生了腐败。第三个瓶子，虽然敞口，接触了空气，但液体同样经过煮沸消毒，并且瓶子的曲颈细长下弯，空气中的尘埃进不到瓶子里边，也没有腐败。只是在晃动之后，滞留在瓶颈里的尘埃与液体相混，瓶内污染，才发生腐败。
一个实验解决了200年的争论。为什么巴斯德的上述实验会有那样强的说服力呢？
自然界里的现象，其产生的原因常常是复因。在自然条件下，很少能遇到除一个情况之外在一切情况上都相同或相似的这样两个场合。所以，在一般情况下，运用求异法来观察现象，把握性就不大，而要在实验当中得到符合求异法推理所必需的场合，就很容易做到。即在实验时逐个去掉个别的情况保留其他情况。
巴斯德开初从棉花纤维上发现微生物，提出微生物是使有机液体腐败的原因，这是运用从个别到一般的不完全归纳推理。验证这个假设，则是运用求异法推理于实验。
巴斯德所用的第一个封闭的瓶子与第二个敞口的瓶子，别的条件都相同，唯有一点不同，那就是第一个瓶子不能接触空气中的尘埃，而敞口的瓶子接触空气中的尘埃。这两个瓶子比较的结果告诉我们，能否接触尘埃是会不会变质的原因。
第三个瓶子实际上把第一个瓶子和第二个瓶子的情况集中在一起。摇晃之前不变质，摇晃之后会腐败，差别也只有一点。
巴斯德的实验可谓“决定性实验”。实验清楚地表明，引起有机液体腐败的，是空气中的微生物，而不是空气自身。微生物是微生物种子生成的，而不是无中生有、自然发生的。
经过200年的争论，生命种生说驳倒了自然发生说。但应指出，生命种生说还没有解决生命最初是怎样产生的。关于这个问题我们在假设专题中再作介绍。后来，巴斯德创立的微生物理论在酿酒业、养蚕业、畜牧业以及外科手术等方面，获得了广泛的运用。
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