张信在接到朝廷发来的密令后，迟迟没有采取行动。原因是他母亲说出的一番话让他犹豫了。他的母亲说：“你的父亲在世的时候曾经说过，帝王之气在燕王这边，你不要轻举妄动，搞不好就会遭灭族之灾（汝父每言王气在燕。汝无妄举，灭家族）。”
本来张信在这件事上就表现得犹豫不决，母亲的话更是动摇了他对建文朝廷的信心。张信是这样考虑的：凭自己的本事想要抓捕燕王，几乎是一件不可能完成的任务。自己可不愿意这么白白去送死。既然不愿去送死，那就只有去送信。
主意拿定，张信就偷偷地跑去向朱棣告密。朱棣获知建文帝要对自己下手的消息后，惊惧万分。虽然说他早有预料，但是内心还存有一份侥幸。如今听了张信的告密，他才真正意识到，该来的已经来了。张信的临阵变节，使得僵持不下的削藩攻坚战在最关键的地方掉了链子。
朱棣在送走告密者张信以后，既喜且惊。喜的是张信的告密来得正是时候，正如他对张信所说：“生我一家者，子也！”惊的是他没有想到优柔寡断的朱允炆果真要对自己动手。朱棣找到自己的谋臣道衍和尚，与其商议对策。最好的进攻才是防守，朱棣已经别无退路，只有起兵对抗朝廷一条路可以选择。
张昺与谢贵调集城里的七卫士兵与屯田军，包围了燕王府，切断了燕王府与外界的联系。同时他们将北平的情况拟了一份奏疏送达南京，向建文帝报告情况。
就在双方剑拔弩张之际，建文朝廷在北平的衙门里发生了一起改变战局走向的怪事。建文帝下达给张昺和谢贵的密诏被人窃取了。
经过调查发现，窃取密诏之人是张昺和谢贵手下的小吏，一个是北平布政司吏奈亨，另一个是北平按察司吏李友直。两人将密诏献于燕王朱棣，以图换取荣华。皇帝的密令居然被衙门里的小吏轻而易举地窃得，并送给了对手。由此可见，建文帝在北平的战略部署是多么失败。既然建文君臣已经将朱棣视为最大的威胁，却安排张昺与谢贵两个不合格的军政长官来掌控北平的局势，这是最为失败的地方。
从两人的阅历、能力和威望来看，他们并不适合被安排在北平这样一个兵家必争之地。两人把持着北平的军政大权，一个是北平省长，一个人是北平军区司令。朱允炆看重他们的并不是治军理政的能力，而是他们的忠心。经过洪武年间的血腥清洗，帝国的权力系统并无多少可用之才。在这种情况下，忠心就成为皇帝用人的一项重要参考标准。说到底，建文帝朱允炆与燕王朱棣都是皇家血脉，他们之间的矛盾只是皇家内部的矛盾。对帝国的官员们而言，他们中的很多人对建文帝与藩王们之间的矛盾也是抱着无所谓的态度。在这种情况下，忠心就变得尤为重要。忠心往往决定自己所站的队伍，也决定着自己的枪口是冲着谁。
可忠心并不能转换为能力，张昺与谢贵虽然全力对付燕王朱棣，却疏于对官府内部的管理与防备。北平军政衙门接二连三出现告密者，这让朱允炆所下的密令毫无秘密可言。
当时有一个朝廷军队里的士兵，喝得醉醺醺的，到处找磨刀铺要磨刀。刚巧有个老婆婆看到了，就问他：“你磨刀要干什么？”那个士兵得意地说：“朝廷已经下了密令，要杀燕王府的人。”老太太赶紧托人将这件事转告给燕王朱棣。
皇帝所下的密令居然成了北平城里公开的秘密，可见北平的政府机制这时候已经千疮百孔。帝国上空的云层陷入一种凝固状态，建文帝与燕王朱棣谁也不清楚对方到底何时才会翻出那张决定输赢的底牌。
朱棣不敢贸然动手，双方的实力对比悬殊。燕王府的兵力基本上都被朝廷抽调走了，朱棣让他的死党燕山左护卫指挥佥事张玉和燕山护卫千户朱能，率领仅有的八百名护卫兵前来护卫燕王府。
为了忠实地执行建文帝的密令，不伤害朱棣和他的家眷，张昺和谢贵先下令给军中将士，将燕王府围得水泄不通，做好进攻的准备。然后又叫人将建文帝的诏令搭在弓箭上射入燕王府，上面写着朝廷要逮捕的燕王府官属。
明明是燕王朱棣谋逆，为什么朝廷不逮主犯而要先抓“从犯”呢？因为自朱元璋起明朝就形成了一种制度：一旦亲王犯事，就要惩治王府的官属。按照朱元璋的强盗逻辑，他的儿子没学好完全是因为王府里的官属没有好好引导和辅助，所以治罪要先治王府的官属。朱允炆忠实地执行了这一祖制，这才有张昺与谢贵射箭“劝降”之举。
此时燕王府内的朱棣着实被朝廷的这种阵势吓着了，他知道整个北平城已在张昺和谢贵的控制之下，自己现在是插翅难飞。如果以自己现有的力量与朝廷的军队硬拼，无疑是以卵击石，但也不能坐以待毙。
建文元年（1399年）七月初，朱棣突然对外宣称他的病好了。而在此之前，他已经派人将自己病愈的“喜讯”通报给张昺与谢贵，并告诉他们，朝廷要的“案犯”已经全部缉拿在案，请两位朝廷大员前去燕王府拿人。
张昺和谢贵怕其中有诈，不肯前往。朱棣又派人到张、谢的官衙，向他们出示了朝廷要缉拿的燕王府属员名单，并让他们前去将案犯带回去。张、谢二人虽然仍有疑虑，但最终还是跟着朱棣的来使前往。
当张昺和谢贵来到燕王府门口时，他们开始犹豫。燕王府的兵丁见此情景，赶紧迎接，十分热情地邀请两位封疆大吏进入燕王府内清点。张、谢大摇大摆地跨入了燕王府的大门，刚刚迈步进入第二道门，守护在此的燕王府兵士就挡住了他们的去路。
朱棣见张昺和谢贵进入府中，笑容可掬地拄着拐杖，颤颤巍巍地站了起来。他让人给他们敬酒，但张、谢以公务在身无法喝酒为名，执意不肯接受。于是朱棣又拿起西瓜，啃了起来，脸上渐渐地露出了狰狞的面目。
张昺和谢贵发现情势不对，连忙起身准备告辞。朱棣随即将手中的西瓜往地上一扔，破口大骂。话音还没落地，埋伏的刀斧手们就已经冲了上来。其实他们一直在等候朱棣事先跟他们约好的暗号。他们一拥而上，将张昺和谢贵捆绑起来。这时又有燕王府的护卫将葛诚和卢振也押了上来，原来葛诚和卢振这两位忠于朝廷的燕王府“内奸”早已露了马脚，朱棣一直装作浑然不知，就等着这时一起收拾。
燕王府内的大殿上，朱棣发出了令人毛骨悚然的冷笑，并下令动手。这边命令刚下，张昺和谢贵的两颗人头就滚落在台阶下。可怜这两位建文朝的重臣、北平军政要员还没完全弄明白究竟是怎么一回事，就已经命赴黄泉。
杀了张昺、谢贵，接着又将屠刀指向了葛诚、卢振等人，朱棣尚不解恨，又下令将他们灭族。
朱棣的暴行一下子震慑住了众人，但就在这节骨眼儿上有两个不怕死的书生站出来劝谏朱棣。一个是燕王府伴读余逢辰，安徽宣城人，因为供职于燕王府，他才来到了北平。此人不仅有学问，而且品行也端正。一开始朱棣对他很信任。余逢辰听说朱棣密谋造反，就竭力规劝朱棣不要干出那种大逆不道的事情来，但每次都被朱棣敷衍过去。
余逢辰终于明白，朱棣压根儿没把他的话放在心上。余逢辰在写给儿子的家书中谈了自己的想法：如果国家有难，他定会为国殉节。余逢辰的家信写好寄走没多久，就上演了这出“西瓜宴”。朱棣连杀朝廷命官，余逢辰劝他不要“君父两负”，惹得朱棣盛怒之下将其诛杀。
杀了一个书生余逢辰，朱棣以为可以镇住场面了，可谁也没想到又冒出了一个不要命的书生杜奇。杜奇是北平城里有名的才子，朱棣专门将他请到府里来，希望他助自己一臂之力。让朱棣没有想到的是，读书人杜奇是一个正人君子。虽然他也渴望有朝一日功成名就，但是他从未想过用造反的手段去获取功名。他不仅没有为朱棣出谋划策，反而竭力劝谏朱棣不要头脑发热，将来背上千古骂名。朱棣早就听够了余逢辰的“腐言”，没想到又来个不要命的“腐儒”，他顿时火冒三丈，气急败坏地将杜奇也给杀了。
在专制社会里，帝国的君王们往往是踩着别人的尸骨登上万人景仰的宝座的。朱棣就是这么一个杰出的政治家。杀了一个又一个，他正在兴头上，意犹未尽，于是就下令杀向燕王府外面。
再说燕王府外那些奉命包围燕王府的官军，和那些随同张昺、谢贵一起来到燕王府前的护卫兵士，他们一直在外等候着张、谢两位大员的命令，压根儿就不知道燕王府内发生的一切。等到太阳西下时，还不见张昺、谢贵出来，一些心急的兵士就开始偷偷地溜走了。留下来的兵士突然间看见燕王府的墙头上有人挑着两个血淋淋的人头出来喊话了：“张昺、谢贵假传皇上圣旨，谋害燕王。今已被燕王斩首示众！将士们，你们千万不要再受蒙蔽了，大家都没事了，赶快回去，燕王就赦你们无罪。如果有人胆敢抗令不遵，燕王说了，要灭他的九族！”
腾腾杀气一下子将燕王府外的朝廷官军给镇住了，有反应快的兵士赶紧逃命，也有的放下了武器，剩下一些想抵抗但还没来得及抵抗的，一刹那间全成了朱棣亲兵的刀下之鬼。
北平都指挥使彭二得悉朱棣公然举兵反叛的消息后，马上披上铠甲，跨上战马，奔驰在北平的街头，大声高喊：“燕贼谋反了，跟我杀贼者，有赏！”这一喊很快聚集了一千多号朝廷官兵，他们在彭二的带领下，向燕王府的端礼门发起了进攻，但因为是临时拼凑起来的队伍，组织性差，很快就被朱棣的亲兵打垮了。
此时天色已暗，尽管张昺与谢贵这两位北平的最高长官被杀了，但整个北平城还是掌控在官军的手中，尤其是北平城的九个门都被守得严严实实的，如果不把它们一口气拿下来，此前所有的努力都是徒劳。
朱棣与手下主要干将张玉、朱能等人商议后决定，乘着黑夜向九门守军发动突然袭击。一夜之间整个北平城的八个城门就像多米诺骨牌一样一个接一个地被攻陷，到天亮时只剩下一座西直门还在朝廷官军手里。一夜之间，建文朝廷在浑然不觉中丢了一个北方至关重要的军事重镇。
从洪武三十一年（1398年）八月废夺周王开始，到建文元年（1399年）七月初燕王朱棣公然反叛，建文帝的削藩政策宣告失败。经过历时一年的惊心动魄的削藩与反削藩之后，明王朝爆发了一场你死我活的皇位争夺大战——“靖难之役”。
朱棣起兵之初，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各个方面都占压倒性优势。战争初期，建文朝廷欲以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。而朱棣采取内线作战，迅速攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朱允炆的问罪之师。
然而在燕王大肆攻城略地的时候，朱允炆还觉得自己的布置不存在任何问题，北方军队不足为惧，还一心想着他那“锐意文治”的政治蓝图。前方战局的不断失利，让他感觉到了事态的严重性，于是召集大臣商讨对策，最后决定起用老将耿炳文。这时的耿炳文已是年近古稀。朱允炆何以用这样的老将？这是他祖父朱元璋杀戮功臣宿将的后果。建文朝廷无将可用，只能起用年近古稀的老将耿炳文为大将军，率军十三万讨伐燕王。
耿炳文并没有表现出一个老将的过人能力，反而被朱棣打了个措手不及。无奈之下，建文帝听从黄子澄的建议，任命李景隆（开国元勋李文忠之子）为大将军。此人是一个纨绔子弟，根本就不懂得用兵之道，“寡谋而骄，色厉而馁”。李景隆在几个月的时间内一败再败。燕王的军队长驱直入，不过在途中遇上了平燕将军盛庸的顽强抵抗，朱棣的亲信大将张玉也战死于东昌城下。
战争进行了两年的时间，进入一种胶着状态。正在朱棣为无计可施而苦恼之时，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城内防备空虚的情报。朱棣手下谋士劝其不要纠缠于一城一池，越过山东，以奇兵直取金陵。朱棣采纳了这一建议，整个战局由此改变。
建文四年（1402年），燕军出奇兵，一路南下渡长江攻入南京城。守卫金川门的李景隆和朱元璋第十九子谷王朱橞打开城门迎降。混战中皇宫起火，火势被扑灭后人们发现几具已被烧得面目全非的尸体，据说便是死去的建文帝、马皇后和皇帝的长子朱文奎。
四天以后，燕王朱棣龙袍加身，年号“永乐”，是为中国历史上声名显赫的明成祖。朱棣在大臣们的屡次“劝进”中才半推半就着即位。历来篡位者的好戏都离不开这一桥段，朱棣自然也免不了。既然自己是领兵打进京师才做了皇帝，要摆脱篡夺之嫌疑，堵住天下臣民的议论，首先要做的是否定前朝的合法性。
坐上了帝位的朱棣没有给建文帝应有的谥号，甚至不承认建文的年号，将建文四年改称洪武三十五年，表示他这个帝位不是从建文帝那里继承来的，而是直接继承自洪武皇帝朱元璋。他甚至还暗示，老皇帝在世之日，就很喜欢他，曾和大臣商议易储一事，想让他燕王取代皇孙承续大统，考虑到秦、晋二王在世，且比他年长，这才作罢。
其次是改出身。皇位继承，讲究嫡长之分。为了让自己的得位显得合法，他将建文帝时代所修的《太祖实录》修改了两次，称自己是太祖高皇帝的原配马皇后所生，与懿文太子朱标及秦、晋二王同母。因他的这几个兄长已经亡故，诸王中自己居长，所以从伦序上说，入续大统是理所当然。修《永乐实录》时，更是直接把“高皇帝生五子”写了进去。但后来修《明史》者不知是疏忽大意还是有意为之，在好几处都透露出朱棣并非嫡出。
他要将人们大脑中关于建文朝的一切记忆彻底洗去，于是建文时期的政府档案被大量销毁，宫廷档案和皇帝起居录等被涂写和修改，一切记载这一政变的私家记述和文献都被禁止。事实情形就像后世历史学家所说：“建文一朝之政治，其真实记载，已为永乐时毁灭无遗……成祖以为罪则罪之，既篡之后，谁与抗辩？”
在皇帝授意下，经一班文臣的遮掩粉饰，正统的官方历史对这场政变如是叙述：洪武三十五年六月（请注意年代的表述方式），靖难的军队打到了南京金川门外，“建文君欲出迎，左右悉散，唯内侍数人而已，乃叹曰：‘我何面目相见耶！’遂阖宫自焚。”称“建文君”而不称“建文帝”，暗示他不是合法的皇位继承人，又说他因无脸见人，惭愧而自杀，御用史家的春秋笔法昭然若揭。在他们的笔下，“今上”的姿态则要高得多。他摒弃前嫌，即命太监前往援救，施救不及，太监只好把“建文君”尸体从火中找出来，报告燕王，燕王哭着说：“果然如此痴呆？我来是为了帮助你做好皇帝，你竟浑然不觉，走上了绝路！”
这假惺惺的眼泪能骗世人一时，血的事实却任谁也掩饰不了。对以武力夺取帝位的朱棣而言，当务之急是继续用“枪杆子”来巩固其政权，铁血的政权也只有用铁血来捍卫。城破后，建文帝的几个弟弟无一幸免。小儿子圭甫，当时只有两岁，朱棣派人把他幽禁到安徽凤阳老家，直到三世以后明英宗时，这个废皇子才重新得见天日。那时他已五十有七，智力水平却像个孩子一样，连大街上的牛马都分不清楚。此是后话不提。
随即而来的是一场清除“建文奸党”的大规模血腥屠杀，朱棣要通过这种恐怖恫吓来堵住异见者的嘴。燕军一入南京城，就“大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣”，对他们展开了毫不手软的屠杀。这些人多遭灭族抄家，株连甚广，人称“瓜蔓抄”。
南京陷落时，齐泰正出外募兵。为了不被认出，他就把骑着的白马用墨涂黑。马跑得大汗淋漓，涂上去的墨汁被汗冲掉，露出白色。有人认出了他的马，大声呼叫：“这是齐尚书的马！”于是被燕兵逮住，押往京城处斩，他的从兄弟敬宗等皆坐死，叔时永、阳彦等谪戍，才六岁的儿子免死为奴。黄子澄还想图谋起事，被人告发抓住后，朱棣亲自审问，不屈，被磔死。族人无论年少年长全都问斩，姻亲全都发配戍边。
而最为酷烈的，莫过于方孝孺的“夷十族”。朱棣兵发北平时，姚广孝特地以方孝孺为托。他对朱棣说，南京城破之日，方孝孺一定不肯降服，不管如何千万别杀他，“杀孝孺，天下读书种子绝矣”。朱棣答应了他。
起草新皇登基的诏书对一个文臣来说可是至高的荣誉，朱棣认为，方孝孺设有理由，也不应该拒绝这样的美差。朱棣派了方孝孺的两个学生廖镛、廖铭去狱中劝说，结果惹得方孝孺破口大骂：“亏你们跟我学了这么多年，连最基本的道义和是非都不懂吗？”
方孝孺被召上殿来时，大放悲声，哭声响彻朝堂。朱棣不以为忤，为示礼贤下士，下榻亲自来迎接。以下这段朝堂上的辩论，向来被视作“方孝孺式硬气”的生动呈现。
成祖降榻，曰：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”
孝孺曰：“成王安在？”
成祖曰：“彼自焚死。”
孝孺曰：“何不立成王之子？”
成祖曰：“国赖长君。”
孝孺曰：“何不立成王之弟？”
成祖曰：“此朕家事。”顾左右授笔札，曰：“诏天下，非先生草不可。”
孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”
文皇大声曰：“汝安能遽死。即死，独不顾九族乎？”
孝孺曰：“便十族奈我何！”声愈厉。
从这段对话中我们可以看出，方孝孺自始便抱定必死之心。他的每一句回答都将朱棣逼向逻辑死角，同时也意味着不给自己留任何后路。按照我国古代制度，谋反是诛灭九族的罪名。这九族包括：父族四，即自己一族，出嫁的姑母及其儿子一家、出嫁的姐妹及外甥一家、出嫁的女儿及外孙一家。母族三，即外祖父一家、外祖母的娘家、姨母及其儿子一家。妻族二，即岳父的一家、岳母的娘家。
灭十族则为朱棣的独创发明，这里包括方孝孺的学生和朋友。朱棣下令将方孝孺投入大牢，并大肆抓捕其亲族朋友门生。每抓一人，都带来让他看一看。方孝孺看到他们非常难过。弟弟方孝友被杀前反劝道：“阿哥何必泪潸潸，华表柱头千载后，梦魂依旧到家山。”
十族全诛后，磔方孝孺于市。孝孺视死如归，就戮前作绝命词曰：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹，忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮庶不我尤。”
其门人廖镛、廖铭捡其遗骸，把他安葬在聚宝门外的山上。方孝孺的兄长方孝闻，先他而死，弟方孝友与他一同就戮，妻子郑氏，两个儿子中宪、中愈自刎死，两个女儿皆未成年，投秦淮河死。一门坐死者八百七十三人。
不少现代中国人或许会以一种居高临下的“进步心态”嘲讽方孝孺这样的人过于“愚忠”“迂腐”，但是这丝毫无损于这些忠良们的历史地位。每个时代都有其视为神圣的价值标准，如果拿我们今天的价值观去衡量过去的时代，那么看到的自然是不可理解的愚昧。而在那样一个年代，以武力推翻一位合法君主在人民心中的罪过，一点儿也不比今日发动军事政变推翻民选政府的罪过来得轻。
兵部尚书铁铉被捕后，宁死不屈，背对着朱棣不肯趋附。朱棣命人割去他的耳朵，煮熟后塞到嘴里逼着他自己吃，还问他“甘否”。铁铉说：“忠臣孝子之肉有何不甘！”朱棣下令将他凌迟处死，并将其尸骨丢进油锅炸成焦炭。
户部侍郎卓敬不屈，临刑时神色自若，灭三族；礼部尚书陈迪不屈，朱棣派人把他儿子捉来杀掉，并割其鼻，强塞给陈迪吃，陈迪唾向刽子手，骂得更凶，被凌迟处死，宗族被戍者一百八十余人；刑部尚书暴昭不屈，“先去其齿，次断手足，骂声犹不绝，至断颈乃死”；左佥都御史史景清，因刺杀朱棣不成，被“抉其齿，且抉且骂”，含血喷了朱棣一身，朱棣下令“剥其皮、草椟之”，“碎磔其骨肉”；右副都御史练子宁，被逮后语不逊，“命断其舌，磔死，宗族弃市者一百五十一人，九族至亲被抄没戍远方者数百人”。
建文帝朱允炆封为太子的大儿子虽然没有被处死，但被禁锢在一个没有门窗的房子里，每日只在一个碗口大的洞里递进去食品和水。五十多年后，此人被释放出来，已经成为一个全然不知鸡鸭猪狗为何物的废人。
后来的修史者故意为朱棣开脱，掩饰其残暴，并没有将屠戮方孝孺十族的事情写入十七世纪的官方史书《明史》。甚至在官方文件中，方孝孺被描绘成一个贪生怕死之徒。《太宗实录》卷九，“四年六月乙丑”条下载：“时有执方孝孺来献者，上指宫中烟焰，谓孝孺曰，此皆尔辈所为，汝罪何逃！孝孺叩头祈哀，上顾左右曰，勿令遽死，遂收之。”“丁丑”条下又载：“执奸臣齐泰、黄子澄、方孝孺等至阙下，上数其罪，成伏辜，遂戮于市。”
《太宗实录》修于仁宗朝，当时朝廷修三朝实录，对史事多有涂饰。负责这一编书工程的是史称“三杨”之一的杨士奇。史料并没有留下因受“建文奸党”株连而被处死、监押、流放和遭受其他迫害的无辜士大夫和老百姓的具体数字，但最保守的估计，此次清洗也在万人以上。
用历史学家的话说，与懦弱的朱标、朱允炆父子截然相反，朱元璋的四子燕王朱棣是一个孔武有谋、残忍暴戾的人，大有乃父之风。南京城破四天以后，燕王朱棣龙袍加身，年号“永乐”，是为大明王朝历史上声名显赫的明成祖。我们在阅读这位皇帝亲自下达的圣旨时，如果不知道这是出自皇帝的手笔，定会怀疑那狠毒与奸恶的安排，应该来自最坏的恶棍、流氓的肚肠。
历时三年多的战争最终以朱棣的胜利而告终。以正常的政治和军事常识来分析，这个结局是极其出乎意料的。朱棣起兵之时仅踞北平一府，也未得到其他大多数藩王的明确支持，朝廷控制的地盘数十倍于他，朝廷拥有至少三倍于他的常备官军，且有比后者充沛得多的财政资源和后勤补给。
如果拿汉朝景帝时代的“吴楚七国叛乱”作比较的话，可以说建文帝的朝廷掌握着对叛军的压倒性优势。然而故事的结局却与一千五百多年前恰好相反。这一方面是因为建文帝不具备汉景帝那样的韬略智谋，另一方面也充分体现了身经百战的朱棣的杰出军事才能。但说到最根本的原因，恐怕这位可怜的皇帝只能去怪自己的祖父了。
杀戮功臣，是明太祖朱元璋最为后人诟病的事迹。受宰相胡惟庸和大将蓝玉两个大案的株连，共计有四万五千人伏诛。他的亲侄子朱之正、亲外甥李文忠，以及战功卓著的开国功臣徐达、冯胜、傅友德等无一幸免。身为开国之君的朱元璋大肆剪除功臣，原本是为了避免这些手握重权的老臣子威胁到子孙的统治，不料这一暴行很快就报应在他的孙子身上。因为屠戮过甚，整个朝廷竟找不到一个有能力领兵平叛的称职将领，只能眼睁睁地坐以待毙。
朱棣的北方军队长驱直入攻进南京城，从此明朝的历史翻开了属于永乐朝的一页。终永乐一朝，“建文事”都是一道无人敢触碰的禁忌。但这并不意味着那些不义和残暴会被时间冲刷干净。相反，随着时间的推移，那些违背世道人心的罪行日益成为加诸王朝身上的一道诅咒，时不时地对它的合法性发起难以应对的严峻挑战。
报应很快降临到朱棣的孙子——明宣宗朱瞻基的头上。历史有时总是惊人的相似。同自己的父亲朱元璋一样，朱棣也有两个性情气质截然不同的儿子：太子朱高炽和汉王朱高煦。朱高炽（即后来的仁宗）仁厚良善，满心渴望将儒家经典中描绘的“王道”理想付诸现实。而朱高煦则强悍暴烈、精力旺盛，活脱脱就是又一位燕王。
与谨慎的朱元璋不同，朱棣从不掩饰自己对长子的不喜欢和对汉王的欣赏，并不止一次流露出想要立朱高煦为太子的念头。但在全体朝臣近乎团结一致的反对下，最终只得无可奈何地立了燕王时代就已被朝廷册封为“世子”的朱高炽。这里面恐怕还有一个更重要的原因，那就是朱高炽生了一个被朱棣视为掌上明珠的“好圣孙”，也就是后来的宣德皇帝朱瞻基。
但即便如此，朱棣仍不能忘怀他的那位次子。史载，有一次他竟然抚着朱高煦的肩膀对他说：“勉之，世子多病。”这就为日后的干戈埋下了伏笔。
体弱多病的朱高炽只做了十个月皇帝就病逝了。按照史书的记载来分析，身体肥胖的他应该患有严重的心血管疾病。在针对建文旧臣的问题上，他的继任者、开明务实的明宣宗朱瞻基基本上延续了父亲的宽松政策。由于他们父子任人唯贤、止戈休兵、体恤爱民，明朝出现了一段短暂的黄金时代，史称“仁宣之治”。
宣德元年（1426年）九月初，在朱瞻基登基一年后，他那迫不及待的叔父（虽然朱高煦对他的兄长、太子朱高炽素来不敬，但后者即位后对其宽大为怀，再说这位洪熙皇帝在位仅十个月，因此汉王与朝廷还算相安无事）终于跳出来发难。他指责自己的侄子败坏永乐皇帝朱棣立下的“祖规”，大肆任用“奸臣”。这些指控几乎照抄了二十多年前朱棣对自己侄子朱允炆的指控。
但是朱高煦没有他父亲那样的好运，因为朱瞻基并不是朱允炆那样的书呆子，他从小就既继承了父亲的开明睿智，又具备了祖父的英武强悍。（这是他深得成祖喜爱的根源，据说朱棣提到这位孙子时每每对人说：“此他日太平天子也。”）年轻的朱瞻基还从他那深受爱戴的父亲那里继承了一套忠心耿耿且精明强干的大臣班底。在经过一番犹豫和争论之后，宣宗御驾亲征，仅花了不到半个月的时间就击败叛军，将那位妄想效仿明成祖的造反叔父从山东封地抓回北京，处以极刑。
第二次“靖难”就这样在举国上下的同仇敌忾中失败了——有了上一次“靖难之变”的惨痛教训，从朝廷大臣到士大夫精英阶层，都决意阻止这样的不义和混乱再度重演。
然而，朱明王朝依然难以挣脱过往的历史包袱。永乐皇帝朱棣认为在其父朱元璋搭建的权力框架之内，不可能再产生出强有力的辅政机构。他决定不完全拘泥于朱元璋的那一套，他要再搞出点儿新的花样来。
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